زندگینامه آیت الله سید مصطفی خمینی

روز اول آبان سالگرد شهادت آیت الله حاج سید مصطفی خمینی اولین فرزند حضرت امام خمینی (ره) است .
شهید مصطفی خمینی‌ در 21 آذر 1309 ه‍ ش برابر با 21 رجب 1349 ه‍ ق در محله الوندیه شهرستان قم در منزل اجاره‌ای متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدری‌اش «شهید سیدمصطفی موسوی‌» او را نیز مصطفی نامیدند. مادر گرامی‌اش خانم خدیجه ثقفی در انتخاب این اسم برای فرزندش می‌گوید :
«من خیلی دوست داشتم که نامش مصطفی باشد و نمی‌دانم آقا چه دوست داشتند، ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است‌، بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را محمد گذاشتیم‌، لقبش را مصطفی و کنیه‌اش را ابوالحسن گذاشتیم‌، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول (ص‌) نشود.2» سید مصطفی دیرتر از کودکان دیگر زبان باز کرد، به‌گونه‌ای که تا چهار سالگی فقط چند کلمه را می‌توانست بگوید؛ اما دیری نپایید، او را به مکتب‌خانه‌ای در نزدیکی منزلشان گذاشتند. این اقدام تأثیر فراوانی در حرف زدن وی بر جای گذاشت و نگرانی اطرافیانش برطرف شد.3
او در دامن مادری با تقوا و پدری دانشمند و در محیطی آکنده از معنویت و عرفان رشد کرد. گرچه در بسیاری از رفتارهای فردی و اجتماعی مانند سایر کودکان بود، ولی گه‌گاه با رفتار و کردارش که از نبوغ و استعدادی سرشار حکایت می‌کرد، دیگران را به شگفتی وا می‌داشت‌. مصطفی کودکی لاغر اندام ولی شجاع و جسور بود. پس از طی دوران کودکی راهی دبستان شد. تا پنجم ابتدایی در دبستان «باقریه‌» و «سنایی‌» قم به تحصیل پرداخت‌.4 در چهارده سالگی به تحصیل مقدمات علوم و معارف دینی پرداخت‌. او دارای نبوغ و هوش سرشاری بود و بدین جهت به سرعت از همردیفان خود پیشی گرفت‌. آیة‌الله حاج شیخ جعفر سبحانی از اساتید بنام حوزه علمیه قم و یکی از مراجع تقلید درباره نبوغ او چنین می‌گوید:
«از جمله خصوصیات ایشان در درس‌، در درجة اول استعداد قویشان بود؛ حافظه‌ای قوی هم داشت‌. بیشتر اشخاص خوش فهم و خوش فکر، از حافظه‌ای قوی برخوردار نیستند؛ ولی ایشان در عین حال که فهمی خوب و دقتی بسیار داشت‌، دارای حافظه خوبی هم بود؛ به همین دلیل با اصرار من ؛ ایشان همة الفیة ابن مالک را حفظ کرد و نه تنها حفظ می‌کرد، بلکه خوب هم می‌خواند. گاهی که من مطلبی درباره زندگی علما نقل می‌کردم‌، ایشان علاقه‌مند شد که آن بخش از کتاب نخبة‌المقال را (کتابی در موضوع تراجم و رجال‌) که راجع به علما بود، حفظ کند. بعدها که معقول را نزد دیگران می‌خواندند، قسمتی از اشعار منظومه را هم حفظ کرده بودند و می‌خواندند. هم عمق فکری و هم ذکاوت داشت و در کنار این دو، دارای حافظه‌ای قوی بود. یکی از مواهبی که ایشان داشت‌، فکر زایا بود. گاهی در یک مسأله‌، اگر طرف مقابل هم مثل ایشان حال و حوصله داشت‌، شاید یک ساعت و نیم بحث می‌کردند. ایشان می‌توانست مسأله را به صورت ممتد با طرف مقابل بحث کند.5» به علت علاقه و استعداد درخشان توانست طی مدت دو سال و چند ماه کتابهای سیوطی‌، حاشیه ملاعبدالله، معالم‌الاصول‌، شمسیه‌، مطول و بخشی از شرح لمعه را به پایان برساند.6
در هفده سالگی‌، پس از پایان دوره مقدمات حوزه معمم شد خانم فریده مصطفوی‌، خواهر ایشان در این مورد می‌گوید: «... به یاد دارم در روزی که ایشان ملبس شد، حضرت امام در یک مجلس مهمانی‌، عده‌ای از دوستان را برای ناهار دعوت کردند تا ایشان تشویق شود و با تشریفات خاصی عمامه بر سر ایشان گذاشتند. این برای ما یک خاطره جالبی بود که می‌دیدیم‌، او با شادی و خوشحالی زیادی با لباس جدید از مهمانها پذیرایی می‌کند.»7
دوره سطح حوزه را به مدت پنج سال نزد حضرات آیات‌: مرتضی حائری یزدی‌، محمدجواد اصفهانی‌،شهید محمد صدوقی و سیدمحمدباقر سلطانی فرا گرفت‌. ضمن اشتغال به فراگیری فقه و اصول‌، فلسفه را نیز نزد آیة‌الله سید رضا صدر آغاز کرد و منظومه حکمت سبزواری را نزد وی فرا گرفت و خود نیز به تدریس آنها در مدرسه حجتیه قم پرداخت‌. پس از آن جهت فراگیری «اسفار» به حوزه درس آیة‌الله سیدابوالحسن رفیعی قزوینی و علامه سیدمحمدحسین طباطبایی روی آورد.8
سید مصطفی در بیست و یک سالگی در درس خارج آیات عظام سیدحسین طباطبایی بروجردی‌، و سیدمحمد حجت کوه‌کمری حضور یافت‌. نزدیک به سیزده سال فقه و اصول را نزد والد گرامی‌اش فرا گرفت‌. از محضر درس آیة‌الله سیدمحمد داماد نیز بهره گرفت‌.9 در آن زمان مرحوم آیة‌الله العظمی بروجردی امتحانی را در سطح طلاب شاخص حوزه علمیه قم گذاشته بودند که پس از اعلام نتایج‌، حاج آقا مصطفی یکی از چهار نفر طلبه ممتازی بود که معرفی شد.10
برفراز کرسی اجتهاد
حاج آقا مصطفی پس از تلاش فراوان در 27 سالگی به درجه اجتهاد نائل آمد، اجازه اجتهاد او از طرف امام خمینی (ره‌) بود. عارف واصل آیة‌الله حاج سیدرضا بهأالدینی که سالیان طولانی با ایشان حشر و نشر داشت‌، در خصوص مقام علمی او چنین می‌نویسد: «بسمه تعالی‌. الحاج مصطفی آیة‌الله جمع بین‌المعقول و المنقول و السیاسة الاسلامیة و الدینیه فی شبابه و بلغ مابلغ من نوادر زماننا بل من نوادر الاعصار و الازمان‌...»
«آیت‌الله حاج آقا مصطفی دانش‌های عقلی و نقلی‌، سیاست اسلامی و دینی را در جوانی کسب کرد و به آن مراتبی که باید برسد، رسید. او از نخبگان زمان ما بود، بلکه از شخصیت‌های برجسته روزگار به شمار می‌آمد» در مدت توقف دوازده ساله در حوزه نجف سیدمصطفی خمینی به بهره‌گیری از حضور آیات عظام و مراجع تقلید حوزة علمیه نجف‌اشرف آقایان‌: سیدابوالقاسم خویی‌، سیدمحمود شاهرودی و سیدمحسن حکیم پرداخت‌. از محضر درس آیة‌الله سیدحسن بجنوردی نیز استفاده کرد. مرحوم آیة‌الله سیدعباس خاتم یزدی در این باره می‌گوید: «مرحوم بجنوردی تعبیر فوق‌العاده‌ای در خصوص آقا مصطفی داشت و آن این بود که‌: من از ایشان استفاده می‌کنم ؛ درست همان حرفی که مرحوم نراقی در مورد شاگرد خود، شیخ انصاری دارد.12» سیدمصطفی در سال 1340 ش در مدرسه حجتیه قم به تدریس اصول‌، فقه و فلسفه (منظومه سبزواری ) پرداخت‌.13 و اسفار ملاصدرا را برای جمعی از طلاب تدریس نمود و حاشیه‌ای نیز بر آن نوشت‌.14 آیة‌الله العظمی خامنه‌ای در خصوص حوزة تدریس حاج آقا مصطفی می‌فرمایند:
«او یک مدرس معروف بود. فلسفه درس می‌داد، فقه درس می‌داد و به‌عنوان یک چهره برجسته در میان طلاب حوزه و فضلا و مدرسین معروف بود.15»
در دوران تبعید، پس از انتقال از ترکیه به عراق‌، در نجف‌اشرف بخشی از وقت خود را به تدریس خارج اصول اختصاص داد. حجة‌الاسلام سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور می‌گوید:
«در سال 1346 ش‌، عده‌ای از طلاب مبرز و فضلای سرشناس حوزه نجف از جمله مرحوم حجة‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ علی‌اصغر طاهری (کنی‌) و حجج‌اسلام آقایان علی‌پور، سجادی‌، روحانی‌، برقعی و... و اینجانب با توجه به اینکه جای درس و بحث اصول فقه حضرت امام در حوزه علمیه نجف‌، خالی بود و با عنایت به فوق‌العادگی‌ِ مراتب علمی و سیطره و تسلط کامل آیة‌الله حاج آقا مصطفی خمینی به علوم و مباحث عقلی و همچنین فقه و اصول و شناخت دقیق ایشان از مبانی ارزندة حضرت امام و سایر فرهیختگان حوزه تصمیم گرفتیم تا در کنار حضور در محفل درس فقه حضرت امام‌، از حاج آقا مصطفی درخواست کنیم تا درس خارج اصول را در نجف برای طلاب و فضلا شروع کنند که این درخواست مورد اجابت معظم‌له قرار گرفت و از آن تاریخ تا پایان عمر شریف و پر برکتشان به مدت ده سال‌، یک دورة اصول فقه را با سبک تحقیقی نوین‌، تدریس فرمودند که درخشش علمی ایشان بیشتر روشن گردید و محصول آن‌، مجلدات کتاب «تحریرات فی‌الاصول‌» است‌.16»

تألیفات
با اینکه حاج آقا مصطفی هنوز جوان بود، ولی دیری نپایید که در زمینه‌های تحقیق و تألیف نیز توجه همگان را به خود جلب نمود. مرور اجمالی بر تألیفات ایشان‌، بهترین گواه بر نبوغ و فقاهت پویای آن محقق و فقیه فرزانه است‌.17 1ـ القواعد الحکمیه (حاشیه براسفار ملاصدرا)
2ـ حاشیه بر شرح هدایه ملاصدرا
3ـ حاشیه بر مبدأ و معاد ملاصدرا
4ـ کتاب البیع (این کتاب در سه جلد بوده‌؛ ولی در حال حاضر فقط جلد اول و بحث ولایت فقیه از جلد دوم آن موجود است‌) 5ـ کتاب الاجاره
6ـ مستند تحریرالوسیله
7ـ الحاشیة علی‌العروة الوثقی
8ـ کتاب الخیارات
9ـ المکاسب المحرمه
10ـ الواجبات فی‌الصلاة
11ـ کتاب الصوم
12ـ تحریرات فی‌الاصول (8 جلد)
13ـ کتاب الطهارة
14ـ القواعدالرجالیه
15ـ حاشیه بر مستدرک مرحوم میرزاحسین نوری
16ـ شرح زندگانی ائمه معصومین
17ـ تطبیق هیئت جدید بر هیئت و نجوم اسلامی
18ـ تفسیرالقرآن الکریم (4 جلد)
19ـ الفوائد و العوائد
20ـ الخلل فی‌الصلاة

ازدواج
حاج آقا مصطفی در سال 1335 شمسی با خانم معصومه حائری دختر آیة‌الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی ازدواج نمود. خانم خدیجه ثقفی همسر امام خمینی (ره‌) دربارة چگونگی این ازدواج می‌گوید: «یک وقت شایع شد که با آقا مرتضی حائری وصلت کرده‌ایم‌، به‌طوری که مصطفی می‌گوید: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می‌آید، رفقا می‌گویند که پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید که دختر آقای حائری را دیده‌ای‌؟ من هم کمی توضیح دادم‌. آقا گفت‌: چطور است این دروغ را راست کنیم‌؟ گفتم که هر طوری صلاح می‌دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود که همان شب بروند برای صحبت‌؛ بعد به ما خبر دادند که مردها رفته‌اند و ما زنها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد.18»
اولین فرزند آنها محبوبه بود که به جهت ابتلا به بیماری مننژیت درگذشت‌. دومین فرزند حسین‌، نام داشت که هم‌اکنون در کسوت روحانیت است‌. سومین فرزند آنها مریم است که تا دوره دکترا تحصیل کرده است‌. یورش ناگهانی مأموران ساواک در روز 13 دی 1343 به منزل امام برای دستگیری حاج آقا مصطفی سبب ترس و وحشت همسر او شد که با سقط جنین و از بین رفتن فرزند چهارم ایشان همراه بود.19

مبارزات و فعالیت‌های سیاسی
فداییان اسلام
شهید مصطفی خمینی قبل از شروع نهضت امام خمینی (ره‌) تا حدودی با جریانهای سیاسی جامعه آشنایی داشت و نسبت به جریانهای مذهبی همفکری و گرایش داشت یکی از مؤثرترین تشکلهای سیاسی و مذهبی‌، جمعیت فداییان اسلام بود که با تکیه بر مبانی فکری دینی به مبارزات دامنه‌داری از سال 1320 تا 1334 دست زد. سید مصطفی با رهبر این جمعیت‌؛ یعنی شهید سیدمجتبی نواب صفوی آشنا بود و در جلسات آن شرکت می‌کرد. با نفر دوم این جمعیت نیز که شهید عبدالحسین واحدی بود، ارتباط دوستانه و نزدیکی داشت‌. آیة‌الله صادق خلخالی در خاطرات خود در این خصوص می‌گوید: «]سیدمصطفی‌[ هیچ‌گاه حاضر نبود زیر بار ظلم و ستم برود و از این جهت ایشان‌، بی‌اندازه به مرحوم نواب و مرحوم واحدی علاقه داشت و با آنها در جلسات خصوصی شرکت می‌کرد. مخصوصاً در منزل آیة‌الله شهید صدوقی (قدس سره‌)، که شهید واحدی مدتی در آنجا مخفی بود.20»
آشنایی و ارتباط سیدمصطفی با بنیانگذاران جمعیت فداییان اسلام‌، موجب شد که از همان دوره جوانی توجه خاصی به مبارزه با رژیم پهلوی داشته باشد. خود حاج آقا مصطفی خمینی در این باره می‌گوید: «جمعیتی در ایران معروف بودند به فداییان اسلام‌، رئیس آنها مردی بود به نام نواب صفوی (مجتبی‌) که واقعاً دلیر و توانا و از روی احساس‌، سنگ اسلام را به سینه می‌زد و نمی‌توان او را دور از حقیقت دانست‌؛ و مرد شماره دو آنها، دوست عزیز خودم‌، شهید عبدالحسین واحدی بود. این طایفه‌، دیر زمانی در قم زیست می‌کردند و آن وقت ما قم بودیم و از دور آنها را می‌پاییدیم‌. تا آن که شبانه‌، عده‌ای با چوب و چماق‌، در پیش چشم چند صد نفر طلبه‌، بر آنان هجوم بردند و آنان را زدند که دیگر کار به آخر رسیده‌، دیگر نتوانستند در قم بمانند و در نتیجه رحل اقامت را به تهران بردند.... سرانجام به دست پسر رضاخان جلب شدند و با سکوت مرگبار علما، آنها را تیرباران کردند، گرچه دوست من عبدالحسین را در جای دیگر از بین بردند و داغش را به دل ما گذاردند21...»

لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی
آیة‌الله سیدمصطفی خمینی‌، در زمان تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی (شانزدهم مهر 1341) که طی آن توطئه اسلام‌زدایی و مذهب‌ستیزی رژیم پهلوی‌، وارد مرحله نوینی شد و در واکنش به آن‌، مبارزات جدی و رسمی امام علیه رژیم پهلوی آغاز شد به همراه مادرش در عراق به سر می‌برد و سرگرم زیارت عتبات عالیات بود. ساواک در سند شماره‌: «103 تاریخ 17/3/42» آورده است‌:
«آیت‌الله خمینی برای آن که مبارزه خود را حادتر نماید زن و بچة خود را به اتفاق پسرش مصطفی خمینی به نجف‌فرستاد و در شهرهای ایران با پیک‌هایی که می‌فرستد با علمای زیر تماس دارد...»22 در یکی دیگر از گزارشهای ساواک کرمانشاه به اداره کل سوم در تاریخ 27/11/42 آمده است‌: «محترماً برابر گزارش مأمور ویژه به طوری که فرزند کوچک آقای سیداحمد زنجانی اظهار داشته سال گذشته مصطفی خمینی به اتفاق مادرش (فرزند آیت‌الله خمینی‌) به کرمانشاه آمده و چند شب در منزل سیدزنجانی بوده و سپس به عراق رفته‌اند و اضافه نموده که مصطفی خمینی مخالف دولت است و تعدادی نوار ضبط صوت که سخنرانی‌های آقای خمینی روی آن ضبط شده با خود به عراق برده و در نجف و کربلا به وسیله بلندگو آن را پخش نموده‌...»
سیدمصطفی پس از بازگشت از سفر عتبات عالیات‌، در کنار امام قرار گرفت‌، و به فعالیت‌های سیاسی علیه حکومت پهلوی مشغول شد. حجة‌الاسلام تقی درچه‌ای در خاطرات خود راجع به فعالیت‌های ایشان می‌نویسد: ]در ایام قبل از 15 خرداد 1342[ آن زمان که در منزلی ـ جنب مدرسه حجتیه ـ به راهنمایی ایشان‌، با جمعی از دوستان طلبه به‌طور خصوصی و مخفیانه در تنظیم متن سخنرانی‌های امام (ره‌) کار می‌شد، یکی دو نفر از افراد، صفحات چاپ شدة سخنرانی را تفکیک و تنظیم می‌کردند و یکی منگنه می‌زد و دیگری جزوه‌ها را شمارش و دسته‌بندی می‌نمود و آن دیگری برای پخش و توزیع در شهرستانها (بویژه تهران‌) فعالیت داشت و هر یک به نوعی در کمال آرامش و سکوت که صدا از منزل خارج نشود و خدای ناکرده اتفاقی از ناحیه ساواک پیش نیاید و زحمات هدر نرود، شاهد بودیم که شهید حاج آقا مصطفی (ره‌) چون یک مدیر و مدبر و یا یک فرمانده عملیاتی‌، گاهی شجاعانه می‌نشست و گاهی اطراف دوستان طلبه قدم می‌زد و راهنمایی می‌کرد، افراد را به شوق بیشتر وامی‌داشت و چون به اصل کار معتقد بود و آن را اسلامی محض می‌دانست‌، با سخنان متناسب و جملاتی از احادیث ائمه اطهار (علیهم‌السلام‌) به افراد اعتقاد بیشتری می‌بخشید. گاهی برای رفع خستگی و تجدید ذائقه‌، طنزی را بیان و ادیبانه‌، بازگو می‌کرد... در کار مبارزاتی بسیار با علاقه‌، دلسوخته و عاشقانه تلاش می‌کرد.24»

قیام پانزده خرداد
به دنبال سخنان تاریخی امام خمینی (س‌) در عصر عاشورای سال 1383 ق برابر با سیزدهم خرداد 1342 ش‌، در مدرسه فیضیه‌، رژیم شاه تصمیم به دستگیری و بازداشت آن حضرت گرفت‌.
مأموران رژیم نیمه شب 15 خرداد منزل امام (ره‌) را به محاصره در آورده‌، ایشان را دستگیر و بلافاصله به تهران منتقل کردند. در تهران ابتدا به باشگاه افسران بردند و در سلولی انفرادی زندانی کردند و ساعاتی بعد به پادگان قصر (بی‌سیم‌) انتقال داده و با صدور قرار بازداشت موقت‌، زندانی کردند.25
امام خمینی شب‌های محرم در منزل آقا مصطفی می‌خوابیدند؛ بنابراین نخستین کسی که در جریان دستگیری ایشان قرار گرفت‌، حاج آقا مصطفی بود. او ابتدا سعی کرد که از بردن امام ممانعت کند، اما تلاش او بی‌فایده بود؛ زیرا مأموران او را تهدید کردند که اگر پیش بیاید، به سویش شلیک خواهند کرد. امام خمینی نیز وی را از آمدن نهی کردنددستور پدر او را از تلاش برای همراهی با ایشان منصرف کرد.26 سیدمصطفی با مشاهده این وضعیت با تمام نیرو فریاد زد : «مردم‌! خمینی را بردند...»27
آقای محمود بروجردی (داماد امام‌) در خاطرات خود از آن روزها، ضمن تأیید مطالب ذکر شده‌، یادآور می‌شود که سیدمصطفی پس از دستگیری امام آرام و قرار نداشت و دنبال راه چاره بود و به نزدیکان می‌گفت‌: «چه باید کرد؟».
گرچه آقا مصطفی از ابتدای نهضت امام با ایشان و در کنار ایشان بود؛ ولی از این پس حضور وی در صحنه نهضت امام‌، وارد مرحله نوینی شد. از ساعات اولیه بامداد، مأموریت سنگین خود را در غیاب رهبر نهضت شروع کرد. آقای محمود بروجردی که از نزدیک شاهد فعالیت‌های او بوده در ادامه خاطراتش از آن روز، می‌گوید:
«مردم گروه گروه جمع شدند و پس از ساعتی حاج آقا مصطفی‌، پیشاپیش مردم قم به طرف صحن مطهر [حضرت معصومه (س‌)] حرکت کردند. ساعت نُه صبح‌، صحن مطهر مملو از جمعیت شد. شعارهای مختلفی به گوش می‌رسید. از قبیل «یا مرگ یا خمینی‌!»، «خمینی بت‌شکن آزاد باید گردد!»، «ما مرجعمان را می‌خواهیم‌»... شهید حاج آقا مصطفی روبروی ایوان آیینه در صحن‌، روی یک منبر کوتاهی نشسته بود و مردم او را احاطه کرده بودند. تا اینکه‌، نیروهای نظامی از هوا و زمین در خیابانهای قم به مردم حمله کردند و رفت و آمدها به بیت آیت‌الله زنجانی برای تعیین تکلیف‌، مرتب ادامه داشت‌، تا اینکه یک نفر از مدرسین حوزه به نام حاج شیخ اسماعیل ملایری از طرف مراجع آمد و پیام داد که مردم به خانه‌ها بروند. تا دستور بعدی‌، حاج آقا مصطفی در اینجا با سخنانی همراه با شدت ناراحتی و گریه از مردم سپاسگزاری کرد و چنین بیان کرد: «من از شما مردم خوب و غیرتمند قم که به مناسبت بازداشت پدر پیرم این همه ناراحت و نگران هستید و این احساسات را ابراز می‌دارید، تشکر می‌کنم‌. این ادامة حضور شما در صحنه سبب می‌شود که پدرم‌، زودتر آزاد گردند و به خدمت شما بیایند.28»
پس از بازداشت امام (ره‌) مسئولیت‌های گوناگونی پیش‌روی سیدمصطفی خمینی قرار گرفت‌؛ از یک سو باید برای آزادی امام تلاش می‌کرد و از دیگر سو شبکه نهضت اسلامی را فعال نگه می‌داشت و افزون برآنها مدیریت بیت امام را برعهده بگیرد. گزارشهای ساواک کاملاً گویای این مطلب است‌:
«الف‌: در شهرستان قم پسر آیة‌الله خمینی که معمم می‌باشد به جای وی نشسته و دستورهای او را مورد اجرا می‌گذارد. و اعلامیه‌هایی تهیه و برای روحانیون می‌فرستد.29»
ب‌: «بعد از دستگیری و بازداشت آیة‌الله خمینی پسر وی به نام سیدمصطفی که معمم نیز می‌باشد امور جاریه را انجام می‌دهد و پولهایی هم توسط بازاریان تهران جهت پرداخت شهریه طلاب رسیده که شهریه ماه جاری طلاب حوزه علمیه قم وسیله نامبرده پرداخت گردیده است‌.30»
در دوازدهم مرداد 1342 امام خمینی (ره‌) از بازداشتگاه خارج و به منزلی در داوودیه تهران و پس از مدتی به قیطریه انتقال یافت‌. از این تاریخ به بعد بود که سیدمصطفی اجازه ملاقات و ارتباط مستقیم با امام را یافت‌. ساواک تهران در گزارشی چنین آورده است‌: «طبق اطلاع واصله اخیراً پسر آیة‌الله خمینی با افراد متنفذ و مخالف دولت در تماس می‌باشد، چون مشارالیه می‌تواند با پدرش ملاقات نماید از این لحاظ رابط بین پدرش و افراد مخالف دولت است‌.»31 ساواک شمیرانات در نامة دیگری به تاریخ 31/5/42 جزییات بیشتر و دقیق‌تری از فعالیت‌های حاج آقا مصطفی برای ریاست ساواک تهران ارسال نمود که متن آن به شرح ذیل است‌:
«محترماً به عرض می‌رساند به طوری که در اطلاعیه‌های مربوطه مشروحاً به عرض رسانیده اغلب اشخاص وسیله تلفن با نامبرده بالا قرار ملاقات در نقاط مختلف که با علائمی به یکدیگر می‌فهمانند گذارده و با این ترتیب تماس‌هایی به راحتی بین آنان صورت می‌گیرد که چون خارج از منطقه این بخش بوده به علاوه مقدورات و امکانات اجازه مراقبت بیشتری به این بخش نمی‌دهد....32» ساواک بیش از این نتوانست نظاره‌گر تلاشها و اقدامات حاج آقا مصطفی باشد به همین جهت طی دستوری شهربانی را موظف به احضار ایشان نمود:
«به قرار اطلاع روز شنبه (16/6/42) سپهبد نصیری رئیس شهربانی کل کشور و فرماندار نظامی تهران و حومه مصطفی خمینی فرزند آیة‌الله خمینی را به دفتر کار خود احضار و خطاب به نامبرده اظهار داشته اخبار و اطلاعاتی می‌رسد مبنی بر اینکه وی دارای فعالیت‌های مشکوکی است و با برخی از روحانیون مخالف تماسهایی دارد و به همین جهت اخطار می‌کند چنانچه مشارالیه در رویه خویش تجدیدنظری به عمل نیاورد و تماس و مراوده خود را با روحانیون مزبور و افراد ناراحت قطع نکند با عکس‌العمل شدیدی از طرف مقامات و مراجع مربوطه روبرو خواهد شد.33»
در بسیاری از شهرستانها در اعتراض به دستگیری و بازداشت امام خمینی (ره‌) گروههای مختلف به پاخاسته و با تشکیل جلسات سّری مذهبی ـ سیاسی‌، فعالیت‌های دامنه‌داری را علیه رژیم و در جهت پیشبرد نهضت دنبال کردند. در تبریز نیز مبارزات گسترده‌ای به وجود آمد. به همین جهت عمال رژیم در سیزدهم آذر 1342 اقدام به دستگیری عده‌ای از علمای تبریز نموده‌، آنان را به تهران انتقال دادند.34
حاج آقا مصطفی در اعتراض به این اقدام به ملاقات آیة‌الله العظمی سیدمحمدهادی میلانی رفت‌: «طبق اطلاع واصله پس از دستگیری عده‌ای از علمای تبریز سیدمصطفی خمینی فرزند آیة‌الله خمینی شدیداً برعلیه دولت فعالیت می‌نماید و چند روز قبل گویا برای تماس با میلانی به مشهد رفته است‌.35» مأموران ساواک کلیه تحرکات و اقدامات آقا مصطفی را تحت مراقبت شدید قرار داده و گزارش می‌کردند. حتی ساعت مسافرت وی به قم و نوع وسیله نقلیه را در گزارش خود، آورده‌اند.36 ناصر مقدم مدیرکل اداره سوم ساواک طی نامه‌ای به ساواک تهران در تاریخ 10/11/42 ضمن تأکید مجدد بر مراقبت بیشتر از حاج آقا مصطفی دستور می‌دهد بیوگرافی کامل وی را به همراه یک قطعه عکس او، تهیه نمایند.37
در همین ایام و در حالی که اهالی قم زمستان سخت و طاقت‌فرسایی را طی می‌کردند امام خمینی (ره‌) علیرغم اینکه خود در محاصره مأموران امنیتی رژیم قرار داشت‌، از وضعیت اسف‌بار و تأثربرانگیز فقرای قم غافل نبوده‌، طی نامه‌ای به حاج آقا مصطفی وی را مأمور رسیدگی به وضعیت آنان نمود:
«جناب نورچشمی به قراری که مطلع شدم وضع فقرای قم بسیار بد است‌. این معنی اینجانب را کاملاً ناراحت کرده است‌. مع‌الوصف با وضع حاضر آن طوری که باید و شاید نمی‌توانم به بندگان محترم خدای تعالی خدمت کنم‌. شما از قول من پس از اظهار تشکر از اشخاصی که کمک کردند به اهالی محترم و ثروتمندان معزز تذکر دهید که خدای تعالی این روزها را برای امتحان پیش می‌آورد خوب است که از امتحان الهی سرفراز بیرون بیایید و هر کس به مقدار مقدور خود به سادات محترم و سایر فقرا کمک کند اگر خدای نخواسته کسی در این سرما تلف شود، همه مسئول هستیم و از انتقام خدای تعالی می‌ترسم‌. والسلام علیکم و علیهم و رحمت‌الله؛ مقداری وجه فرستاده شد این مبلغ که شصت هزار تومان است با وجوهی که اهالی محترم می‌دهند در تحت نظر معتمدین محل هر طور صلاح است تقسیم شود چه خاکه ذغال و چه آذوقه و لباس‌.
روح‌الله الموسوی الخمینی‌»
ساواک در تاریخ شانزدهم فروردین 1343، با آزادی امام خمینی (ره‌) موافقت کرد و ایشان روانه قم شدند. سید مصطفی با درایت و تدبیری کم‌نظیر به ساماندهی امور مختلف در مسیر پیشبرد نهضت پرداخته‌، برای رسیدن به اهداف موردنظر تلاش می‌کرد. نمونه‌ای از اقدامات وی‌، سازماندهی و پشتیبانی از نهضت امام خمینی (ره‌) در منطقه خلیج فارس است که ساواک توانست به آن پی ببرد: «طبق اطلاع واصله شیخ رضا ناطق فرزند مجید که از مریدان خمینی است مبلغ چهارصد تومان وسیله سیدمصطفی خمینی (پسر خمینی‌) جهت هزینه سفر به شیخ‌نشین قطر دریافت نموده ضمناً برای آن که کسی نفهمد مشارالیه از مریدان خمینی است نامه‌ای از آیت‌الله گلپایگانی گرفته و اقدام به گرفتن گذرنامه و برگ خروج از کشور نموده است و تا چند روز دیگر از فرودگاه مهرآباد تهران یا فرودگاههای آبادان و شیراز عازم قطر می‌شود. نامبرده اظهارنظر نمود که‌: مقرر است پس از رسیدن به قطر رساله و نوشتجات خمینی را ایادی او برای خیرالله لشگر بندرعباسی به قطر بفرستند تا وسیله من میان اهالی قطر توزیع شود.39» مجموعه گزارشهای ساواک در مورد مسافرت حاج آقا مصطفی به شهرهای اصفهان‌، مشهد41 و خمین‌حاکی از حساسیت ساواک نسبت به ایشان است‌.

لایحه کاپیتولاسیون
براساس لایحه کاپیتولاسیون‌، رئیس و اعضای هیئت‌های مستشاری نظامی و کارمندان اداری و فنی امریکایی و خانواده‌هایشان در ایران از مصونیت و معافیت قضایی برخوردار می‌شدند. این لایحه را در خرداد ماه 1343 دولت حسنعلی منصور مطرح کرد و سوم مرداد همان سال در مجلس سنا به‌عنوان یکی از بندهای الحاقی به قرارداد وین به تصویب رساند. این لایحه یک بار هم در 21 مهر 1343 در مجلس شورای ملی مطرح و تصویب شد. امام خمینی (ره‌) پس از اطلاع از قانون مزبور اعلام نمودند که در این زمینه در چهارم آبان 1343 سخنرانی خواهند نمود.
مقامات دولتی وقتی از این تصمیم با خبر شدند فردی را به نام «حسن مستوفی‌» به قم فرستاده تا ایشان را از این حرکت بازدارند. ولی امام حاضر به دیدار با آن شخص نشدند ـ او بناچار با حاج آقا مصطفی دیدار کرد و گفت‌: «... امریکا به منظور کسب وجهه در میان مردم با تمام قدرت فعالیت می‌کند و پول می‌ریزد و از نظر قدرت در موقعیتی است که هرگونه حمله به آن به مراتب خطرناکتر از حمله به شخص اول مملکت است‌! آیت‌الله خمینی اگر این روزها بنا دارند نطقی ایراد کنند، باید خیلی مواظب باشند که به دولت امریکا برخوردی نداشته باشد که خیلی خطرناک است و با عکس‌العمل تند و شدید آنان مواجه خواهد شد. دیگر هر چه بگویند ـ حتی حمله به شخص شاه ـ چندان مهم نیست‌.43» در برابر این تهدیدات مصطفی با قاطعیت پاسخ داد :
«آیت‌الله خمینی (ره‌) به وظیفه خودشان هر جور که صلاح بدانند عمل می‌کنند، این‌گونه حرفها هم نمی‌تواند ایشان را در اجرای وظیفه و رسالتی که برعهده دارند به تجدیدنظر وا دارد.44»
امام خمینی در موعد مقرر نطق تاریخی خود را در برابر جمعیتی نزدیک به شش هزار نفر ایراد نمود. همچنین با انتشار اعلامیه‌ای از کاپیتولاسیون به عنوان «سند بردگی ملت ایران‌» نام بردند. سخنرانی و اعلامیه امام واکنش‌های خشم‌آلود مقامات سیاسی و امنیتی رژیم را برانگیخت‌. آنان تصمیم گرفتند، امام را به ترکیه تبعید کنند. بنابراین در نیمه شب سیزدهم آبان 1343 ایشان را دستگیر و پس از انتقال به تهران‌، بلافاصله به ترکیه تبعید کردند. حاج آقا مصطفی در ساعات اولیه روز سیزدهم آبان 1343 راهی خانه علما و مراجع گردید. ابتدا با آیة‌الله میرزاهاشم آملی دیدار کرد. سپس راهی ملاقات و گفتگو با آیة‌الله شهاب‌الدین نجفی مرعشی شد. شهربانی قم هم‌، با هماهنگی ساواک در ساعت 1015 صبح ایشان را دستگیر45 و همان روز روانه ساواک قم نمود. ساواک قم هم‌، طی نامه‌ای به ریاست ساواک تهران چنین نوشت :
«چون نامبرده فوق پس از دستگیری پدرش (آیة‌الله خمینی‌) در صبح روزجاری با جمع‌آوری اشخاص و مراجعه به منزل آیات و تحریک بازاریان ایجاد تشنج می‌نمود لذا توسط مأمورین ساواک و شهربانی قم دستگیر و به همراه این نامه اعزام می‌گردد.46» شهید مصطفی پس از انتقال به تهران در زندان قزل‌قلعه بازداشت گردید.47 روز چهاردهم آبان 1343 شعبه 7 بازپرسی دادستانی ارتش‌، قرار بازداشت موقت وی را صادر نمود.48 حاج آقا مصطفی پس از رؤیت حکم صادره در ذیل آن چنین نوشت : «بسمه تعالی‌. به اصل قرار و کیفیت بازداشت و به قرار بازداشت‌کننده شدیداً معترضم‌. سیدمصطفی خمینی‌» اما، به اعتراض ایشان توجهی نشد و شعبه 7 بازپرسی دادستانی ارتش در تاریخ 23/8/1343 قرار بازداشت را که توسط دادگاه عادی شماره یک اداره دادرسی ارتش مورد تأیید قرار گرفته بود، به ریاست ساواک اعلام و بدین ترتیب بازداشت ایشان ادامه پیدا کرد50 و به مدت 57 روز در زندان قزل‌قلعه به سر برد.51 ابتدا در تاریخ 14/8/43 یعنی در بدو ورود به زندان‌، بازجویی مختصری از وی به عمل آمد؛52 پس از آن از تاریخ 19/8/1343 الی 28/8/1343 بازجویی‌هایی مفصل به عمل آمد که در آن به تفصیل به مراتب فعالیت‌های تحصیلی و علمی‌، فعالیت‌های سیاسی و روابط خود با امام خمینی (ره‌) و سایر افراد پاسخ داده است‌.53 هنگامی که امام خمینی (ره‌) در شهر بورسای ترکیه استقرار یافت‌، بدون اینکه از دستگیری فرزندشان مطلع باشد در تاریخ 19/8/43 وی را به‌عنوان وکیل تام‌الاختیار خود تعیین نمود. حضرت امام در این راستا مرقوم داشته‌اند: «بسم‌الله الرحمن الرحیم
الحمدالله علی السرأ و الضرأ والسلام علی محمد و آله الطاهرین‌. و بعد، نور چشم محترم که مورد وثوق اینجانب است‌، وکیل است از طرف حقیر در کلیة امورم‌. آنچه از وجوه از قبیل سهمین مبارکین‌، مُطالب هستم به ایشان بدهند برای تأمین شهریة طلاب محترم‌؛ و وکیل هستند در اخذ و دستگردان سهمین مبارکین و هر نحو وجهی که باید به من برسد، و در اعطا به محاّل مقرر خود. و وصی اینجانب هستند. و وصیتنامه‌ام در یکی از دفاتر موجود است‌. قضای چندین سال صوم به‌عهده دارم احتیاطاً، و دو ـ سه سال هم نماز احتیاط کنند. کتب من از مصطفی است‌. اثاثیة خانه مطلقاً از مادر مصطفی است‌. بقیة وصیتنامه‌ام عمل شود. مراد از «نورچشمی‌» که در صدر ورقه نوشته‌ام‌، فرزند بزرگم‌، آقا مصطفی خمینی ـ ایّده‌الله تعالی ـ است‌، «و أُوصِیه‌ِ بِتَقوَی‌اللهِ و إِطَاعَة‌ِ أَمرِه‌ِ ؛ و أرَجُو مِنه‌ُ الدُّعَأَ فِی الحَیوة‌ِ و الوَفَاة‌ِ».54 5 رجب المرجب 1384
روح‌الله الموسوی الخمینی‌»
رژیم پهلوی قصد داشت با زندانی کردن حاج آقا مصطفی در میان مبارزان و مجاهدان نهضت امام خمینی رعب و وحشت ایجاد نماید و ارتباط آنان را با حضرت امام (ره‌) و فرزند گرامی‌اش به یک‌باره قطع کند و ادامه نهضت را با مشکل مواجه سازد. در مقابل حاج آقا مصطفی نیز با هوشیاری و درایت در تلاش بود تا به طرق مختلف این اتصال و همبستگی را حفظ نماید. بنابراین در تاریخ 4/9/1343 وقتی از حکم پدر اطلاع می‌یابد، طی نامه‌ای از زندان حجة‌الاسلام والمسلمین شهاب‌الدین اشراقی را از جانب خود برای انجام مسایل مقلدین امام‌، وکیل و نماینده خود معرفی می‌کند، و این‌گونه حضور معنوی امام خمینی را در میان مردم همچنان پابرجا و مستمر نگاه می‌دارد.55
حاج آقا مصطفی در مدت بازداشت در زندان هیچ درخواستی جز رفتن به نزد امام خمینی (ره‌) در ترکیه را مطرح نکرد. هدف وی از این درخواست عزیمت نزد حضرت امام (ره‌) و کسب تکلیف از ایشان بوده است‌. ضمن اینکه در آن شرایط همگان به ویژه ایشان برای سلامت حضرت امام (ره‌) و احتمال خطر جانی برای ایشان جداً نگران بودند. بنابراین از هر طریق ممکن می‌کوشید اطلاعی در این خصوص به دست آورد. گزارشهای ساواک حاکی از این است که ایشان از مراجع و روحانیون در این زمینه استمداد جسته است‌: «در ظرف چند روز اخیر آیة‌اله‌زاده‌، فرزند آیة‌الله خمینی به اطلاع بعضی از علما و روحانیون حوزه علمیه قم رسانیده که پس از تبعید آیة‌الله خمینی مشارالیه (آیت‌الله‌زاده‌) کوچکترین اطلاعی از سرنوشت و حتی سلامت و حیات نامبرده ندارد و بدین طریق از آنان بالاخص از آیة‌الله خوانساری برای به دست آوردن خبری از آیة‌الله خمینی استمداد نموده است‌...56» مقامات ساواک فکر می‌کردند که دور شدن سیدمصطفی از کانون نهضت یعنی قم و حتی تهران‌، به احتمال زیاد به روند نهضت لطمه جدی وارد خواهد کرد و از مقام و منزلت امام خمینی (ره‌) نیز کاسته خواهد شد. به همین جهت با آزادی سیدمصطفی از زندان به شرط تبعید به ترکیه موافقت کردند. سیدمصطفی در ساعت شش بعدازظهر، تاریخ 8/10/1343 از زندان قزل‌قلعه آزاد گردید.57 همزمان اداره دادرسی ارتش نیز قرار بازداشت ایشان را به قرار التزام عدم خروج از حوزه قضایی تهران تبدیل و طی نامه‌ای به ساواک اعلام نمود.58
حاج آقا مصطفی بلافاصله پس از آزادی عازم قم شد. حسن بدیعی رئیس ساواک قم گزارش ورود فرزند ارشد حضرت امام خمینی را این چنین به ساواک تهران گزارش نموده است‌:
«... سیدمصطفی خمینی ساعت 10 صبح روز 9/10/43 به قم وارد شد و پس از زیارت مردم در مجلسی که به مناسبت خاتمه درس طلاب‌، آقای نجفی ترتیب داده بود، رفت و سپس به منزل خود عزیمت نمود. اهالی در منزل از مشارالیه دیدن می‌کنند. اتفاق قابل عرضی نیست‌.59»
روحانیون‌، طلاب علوم دینی و مردم پس از اطلاع از آزادی وی به سوی خانه ایشان رفتند و از وی دیدن کردند.60
تبعید به ترکیه
چنان که پیش از این نیز اشاره شده‌، شرط آزادی وی از زندان این بود که بعد از دیدار با خانواده‌اش در قم‌، در ترکیه به امام خمینی (ره‌) ملحق شود. وی پس از ورود به قم و مشورت با برخی از آیات عظام‌، از این سفر منصرف شد.61 آیات عظام به این دلیل که این تبعید براساس خواست و مصلحت حکومت پهلوی و به منظور دور کردن حاج آقا مصطفی از کانون نهضت و جلوگیری از تداوم آن در غیاب رهبری نهضت و فعالیت مؤثر وی بود، با آن موافق نبودند. ضمن اینکه حاج آقا مصطفی پس از اطلاع از جریان اعزام نماینده روحانیون مرحوم سید فضل‌الله خوانساری به ترکیه و ملاقات با حضرت امام و مکاتبه امام با مراجع و خانواده‌، تا حد زیادی نگرانی‌هایش نسبت به شرایط جسمی و امنیتی امام برطرف شد.
مأمورین ساواک به دستور ریاست ساواک تهران‌، حاج آقا مصطفی را از لحظه آزادی تحت‌نظر داشتند. آنها از این نکته مهم آگاه بودند که اگر وی به مدت طولانی در قم بماند، چون ماه رمضان نیز نزدیک بود، در این ماه تبلیغات گسترده‌ای به نفع امام خمینی (ره‌) صورت خواهد گرفت‌؛ بنابراین در متقاعد کردن وی برای تغییر تصمیم و رفتنش به ترکیه سعی بسیار کردند، اما چون به نتیجه‌ای نرسیدند، در سیزدهم دی ماه 1343 یعنی پنج روز پس از آزادی از زندان‌، دوباره او را دستگیر و بلافاصله به تهران منتقل کردند. او شب را در باشگاه نخست‌وزیری سپری کرد و فردای آن روز در ساعت 30/5 بعدازظهر با هواپیما به استانبول اعزام گردید.62 از استانبول نیز به محل تبعید امام (ره‌) در شهر بورسا انتقال یافت‌. در اولین برخورد امام (ره‌) با سیدمصطفی در بورسا، قبل از همه چیز از او پرسیدند: «با پای خود آمدی یا شما را آوردند؟» ایشان پاسخ می‌دهد که مرا آورده‌اند. امام می‌گویند: «اگر با پای خود آمده بودی‌، همین الان شما را برمی‌گرداندم‌.63»
خبر تبعید حاج آقا مصطفی به ترکیه به سرعت پخش شد و نگرانی‌هایی در مجامع حوزوی قم‌، نجف‌، کربلا و کاظمین ایجاد نمود.64 تحرک و جنب‌وجوش جدیدی مشاهده و این امر سردمداران رژیم را به تکاپو واداشت‌. ساواک در گزارش شماره «26378 تاریخ 12/12/43» گفته است‌:
«طبق اطلاع اخیراً مجدداً در شهرستان قم بین روحانیون ایجاد تشنج و ناراحتی شده و به روحانیون تهران از طرف آنها نامه‌هایی نوشته شده دایر بر اینکه ما هر چه تحقیق کردیم از فرزند آیت‌الله خمینی اطلاعی در دست نیست و در کشور ترکیه هم دیده نشده و این فکر در روحانیون قم قوت گرفته که امکان دارد او را از بین برده باشند. گفته می‌شود آیات‌اله نجفی و حائری و چند نفر دیگر از روحانیون درجه اول قم مراتب را به آیات‌اله نجفی‌، آملی‌، آشتیانی و تنکابنی نوشته‌اند و از آنها خواسته‌اند که از دولت خواسته شود محل فرزند آیت‌الله خمینی را اعلام دارند. ضمناً قرار بوده روز پنج‌شنبه 29/11/43 آقای هیراد رئیس دفتر مخصوص شاهنشاهی نزد آیت‌الله آملی برود و ایشان از او خواهد خواست که محل فرزند آیة‌الله خمینی را اطلاع دهند تا برای روحانیون از وجود و سلامت او یقین حاصل شود و جلوی تشنج فعلی گرفته شود.»
از یک سو جّو حاکم بر کشور ترکیه و نظام تحمیلی لائیک برآن و از سوی دیگر، عدم امکان ارتباط آسان مبارزین ایرانی با امام و حاج آقا مصطفی در آنجا، شاهد کاهش فعالیت‌های سیاسی و افزایش فعالیت‌های علمی آنها می‌باشیم‌. که ثمره آن تدوین چند کتاب فقهی است که قبلاً به آنها اشاره شد. حجة‌الاسلام محمدرضا ناصری به نقل از حاج آقا مصطفی در این زمینه خاطره زیر را بازگو کرده است‌: «حاج آقا مصطفی (ره‌) در ترکیه یار و همراه امام (ره‌) بود. وقتی امام (ره‌) کتاب تحریرالوسیله را می‌نوشتند، مسایل آن را با ایشان بحث می‌کردند. حاج آقا مصطفی (ره‌) می‌گفت‌: در آن موقع‌، گاهی سر بحث‌، قیل و قال ما به حّدی بالا می‌گرفت که ساواکی‌ها می‌آمدند و می‌گفتند: آقا دعوا نکنید، پدر و پسر که با هم دعوا نمی‌کنند. بعد از آن که بحث ما تمام می‌شد و با هم می‌نشستیم و چای می‌خوردیم‌، می‌گفتند: «این چه دعوایی است که بعد آن با هم می‌نشینند و چای می‌خورند؟65» پس از چند ماه توقف در ترکیه‌، به تدریج بازگشت حاج آقا مصطفی به ایران مطرح شد. باتوجه به دوری امام خمینی (ره‌) از ایران و ویژگیهای منحصر به فرد سیدمصطفی برای پر کردن خلأ ناشی از عدم حضور امام خمینی (ره‌) و لزوم فعال نگهداشتن نهضت اسلامی و حفظ گسترش شبکة اطلاع‌رسانی و ارتباطی آن‌، بازگشت سیدمصطفی به ایران اهمیت بالایی داشت‌. امام خمینی (ره‌) نیز به‌طور کامل با این کار موافق بودند.
در این زمان‌، حکومت پهلوی تحت فشارهای فزایندة افکار عمومی و اعتراضات روزافزون مبارزین‌، به ویژه روحانیون در مورد پایان دادن به تبعید امام خمینی (ره‌) و سیدمصطفی‌، قرار داشت و در جستجوی یافتن راه‌حلی برای دور شدن از این بحران بود. سیدمصطفی با درک این موقعیت‌، سعی کرد از طریق رئیس سازمان امنیت بورسا، مقامات ساواک را برای بازگشت به ایران متقاعد کند. ساواک نیز، هم به دلیل فشارهای داخلی و هم مکاتبات و گفتگوهای رئیس سازمان امنیت بورسا؛ ابتدا با درخواست سیدمصطفی با تعیین شروطی موافقت نشان داد؛ البته آنان با پیش کشیدن شرطهای دشوار، سعی می‌کردند سیدمصطفی را منصرف نمایند. برای روشن شدن بیشتر این مسأله به مکاتبات سیدمصطفی با مأمورین امنیتی ترکیه و گزارشهای ساواک در این راستا توجه فرمایید: «بسمه تعالی
جناب سرهنگ چنتر
متمنی است لطفاً اقدام فرمایید که بنده بتوانم به ایران مراجعت کنم چه آن که از اوضاع خانوادگی هیچ اطلاعی در دست نیست و بدین جهت هم آقای والد ناراحت هستند البته از بذل لطف دریغ نخواهید فرمود و ناراحتی من هم برای بچه‌هایم موجب ناراحتی ایشان می‌باشد البته هر چه زودتر اقدام خواهید فرمود.
تاریخ 29 اسفند 43
سیدمصطفی خمینی‌»
البته آنچه در این نامه به عنوان بی‌خبری و نگرانی از خانواده عنوان شده است‌، تا حدودی صحت داشته‌؛ ولی واقعیت این بود که ایشان می‌خواست با توسل به این بهانة مؤثر اجازة بازگشت به ایران و یا رفت و آمد آزادانه بین ایران و ترکیه را از مقامات ایرانی به دست آورد. شایان ذکر است که همزمان با تلاشهای سیدمصطفی در ترکیه‌، در ایران نیز از سوی روحانیون تلاشی در حال انجام بود. در یکی از گزارشهای ساواک استان مرکز به تاریخ 7/6/1344 چنین آمده است‌: ساواک قم گزارش می‌نماید:
«آیة‌الله نجفی‌، نامه به آقای نخست‌وزیر نوشته و تقاضا نموده که خمینی آزاد شود و اگر امکان ندارد، آقا مصطفی پسر خمینی آزاد و اجازه رفت و آمد بین ترکیه و ایران به وی داده شود. در غیر این صورت اجازه داده شود دو نفر به ترکیه عزیمت نموده و در شهر بورسا (نه آنکارا) با خمینی ملاقات نمایند.67»
به دنبال گفتگو و مکاتبة مقامات سازمان امنیت ترکیه با دولت ایران‌، رئیس ساواک در واکنش به درخواست سیدمصطفی در ذیل گزارش نوشت‌: «آمدن او مانعی ندارد؛ ولی اگر کوچکترین عمل خلافی بکند و یا تماسهایی غیرمعقول بگیرد، یا اشخاص ناباب را بپذیرد، در مناطق جنوبی ایران زندانی خواهد شد.»68
همچنین در ذیل گزارش دیگری نوشت‌: «به دوستان ترک توجه داده شود که نامبرده بایستی به خط خود تعهد بنماید و محل توقف او هم باید در قم نباشد در خمین یا جایی که سازمان تعیین می‌نماید می‌تواند سکونت نماید.69» بخش 321 ادارة کل سوم ساواک نیز برای محکم‌کاری و پیشگیری از هرگونه عواقب ناشی از بازگشت سیدمصطفی به ایران‌، خطاب به مقامات ساواک‌، به ترتیب سلسله مراتب توضیحات زیر را نوشت‌: «ضمناً لازم می‌داند به عرض برساند که چون سید مصطفی از طرف پدرش وکیل در توکیل می‌باشد که در اموال منقول و غیر منقول وی به هر نحو که صلاح بداند دخل و تصرف کند. چنانچه به کشور مراجعت نماید، سیل وجوه شرعیه که تاکنون به علت عدم حضور آیة‌الله خمینی و سیدمصطفی در ایران راکد بود، مجدداً به حساب خمینی سرازیر خواهد شد و معلوم است که این وجوه به وسیلة سیدمصطفی به چه مصارفی خواهد رسید. مضافاً براینکه تعهدنامه ضمیمه نیز، هیچگونه ضمانت اجرایی نخواهد داشت‌. منوط به رأی عالیست‌.70»
سید مصطفی برآن بود، با توجه به خلاء حضور حضرت امام در کانون مبارزه «حوزه علمیه قم‌» و برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی و منویات امام خمینی حتی‌الامکان به ایران برگردد، لذا با عنایت به اهمیت فوق‌الحد موضوع‌، ایشان به برخی از شرایطی که از سوی به اصطلاح مقامات امنیتی طرح شده بود موافقت نمودند، این در حالی بود که رئیس ساواک برای ممانعت معظم‌له برای ایران شرایط بسیار سختی را در فرا روی ایشان قرار داده بود، از جمله در سند شماره «46551/231 تاریخ 16/5/44» رئیس ساواک دستور داده است‌:
«می‌تواند بیاید، مشروط برآن که در دهات خود در نزدیکی خمین زندگی نماید و باید دو نفر ژاندارم و دو نفر مأمور آگاهی از شهربانی مراقب بوده که با یک نفر غیر از اهل منزل خود و بستگان درجة یک تماس نگیرد و اگر هر کس از اطراف منزل رد شد به وسیله تیراندازی باید معدوم شود. در غیر این صورت نمی‌تواند بیاید.71»
مقامات ریز و درشت ساواک با همه تعهدات غلاظ و شدادی که برای انصراف ایشان از مراجعت به ایران وضع کرده بودند، با این وصف و با مطالعه همه جانبه شرایط و پیامدهای دور و نزدیک‌، بازگشت آن عزیز رحیل را به ایران تحت هر شرایطی ممنوع اعلام کردند.

تبعید به عراق یا تبعیدگاه ثانوی
درست در ایامی که شاه و مقامات ساواک تلاش داشتند از پذیرش بازگرداندن شهید حاج سیدمصطفی سرباز زنند و جریان آن را مشمول مرور زمان سازند،نیروهای مبارز داخل ایران طی نامه‌ها، تلگرافها و طومارهای متعدد برای مقامات و نهادهای حکومتی دولت ترکیه از جمله ریاست جمهوری‌، دولت و مجلس آن کشور و همچنین با مراجعات مکرر به سفارتخانه‌های ترکیه در کشورهای مختلف نسبت به تبعید امام و سرنوشت ایشان ابراز نگرانی و به دولت ترکیه اعتراض کردند. دولت ترکیه با مشاهده و دریافت این حقیقت که امام خمینی (ره‌) صرفاً یک شخصیت درون‌مرزی ایران نیست‌، بلکه موقعیت فرامرزی دارد، خود را در تنگنای سیاسی شدیدی احساس کرد. بدین جهت رژیم ایران را تحت فشار قرار داد تا امام خمینی (ره‌) و حاج آقا مصطفی را به جای دیگری منتقل کنند.72 بنابراین از اواسط سال 1344 برای مقامات رژیم پهلوی مسلم شد که باید این مسئله را هر چه سریعتر برای دولت ترکیه حل کنند. محمدرضا پهلوی طی پیام شفاهی برای آیة‌الله سیداحمد خوانساری که به وسیله جعفر شریف‌امامی در تاریخ 17/6/1344 فرستاد، اعلام کرد: «خمینی را به عراق می‌فرستم و یا به ایران خواهم خواست‌»
با مطالعه واکنشی که رژیم پهلوی در مقابل تلاش‌های فرزند ارجمند امام خمینی (ره‌) برای بازگشت به ایران نشان داده بود، می‌توان فهمید که بازگرداندن به ایران کاملاً منتفی است‌؛ لذا عوامل رژیم پهلوی چاره‌ای جز انتقال معظم له را به کشوری دیگر ندارند. اما اینکه چرا کشور عراق و شهر نجف را انتخاب کردند دلایل دیگری دارد.74 نکته مهم و قابل تذکر این است که امام خمینی (ره‌) و حاج آقا مصطفی هیچ تقاضا و درخواستی در خصوص انتقال به عراق مطرح نفرمودند. گزارش سازمان امنیت ترکیه در تاریخ 30/6/1344 این نکته را تأیید می‌کند:
«آقای آیة‌الله خمینی از طریق فرزندش ملاسید مصطفی تماس حاصل کرد و اطلاع یافت که به او اجازه داده شده است که به عراق برود. آقای خمینی و پسرش از این پیشنهاد بی‌اندازه خوشحال شدند و علاقه‌مندی خود را برای رفتن به عراق ابراز داشتند. ایشان اظهار کردند که علاوه بر دوستان بسیاری که در آنجا دارند، بسیاری از مردم آنجا از فرقه ایشان (مقصود شیعه باید باشد ـ مترجم‌) می‌باشند75....»
سرانجام در روز سه‌شنبه 13 مهر ماه 1344 (9 جمادی‌الثانی 1385) هواپیمای حامل امام و حاج سیدمصطفی خمینی از ترکیه به سوی عراق پرواز کرد و در ساعت 2 بعدازظهر در فرودگاه بغداد به زمین نشست‌.76 امام خمینی (ره‌)، به همراه فرزندشان از بغداد رهسپار کاظمین شدند. دو روز در این شهر در مهمانخانه جمالی که صاحبش اصالتاً ایرانی بود، توقف کردند. حاج آقا مصطفی ساعتی پس از ورود به کاظمین و کمی استراحت‌، چون پولی به همراه نداشتند و روحانیون و مبارزین ایرانی مقیم عراق از ورود آنها اطلاعی نداشتند، از همان مسافرخانه به نجف‌اشرف تلفن کرد. ایشان به منزل آقای شیخ نصرالله خلخالی‌، از افراد قدیمی و مورد اعتماد امام خمینی و مراجع وقت تلفن کردند تا وی را در جریان امر قرار دهند. اما در این روزها وی در نجف نبود و به مسافرت رفته بود. حاج آقا مصطفی به ناچار به منزل آیت‌الله خویی تلفن کرد؛ مستخدم آیة‌الله خویی مورد خطاب حاج آقا مصطفی قرار گرفت و از همین گفتگو خبر ورود امام خمینی (ره‌) و حاج آقا مصطفی در نجف منتشر گردید. در ساعات پایانی بعدازظهر نیز آقای خلخالی از مسافرت برگشت و مشتاقان امام برای اطلاع از این رخداد به مدرسه آیت‌الله بروجردی نجف‌، که معمولاً شیخ نصرالله خلخالی بعدازظهرها آنجا می‌رفت‌، هجوم آوردند.
دولت عراق نیز با مشاهده جنب و جوش یاران و دوستداران امام‌، در روز دوم ورود آن حضرت به عراق‌، یکی از وزیران دولت به نام عبدالرزاق محی‌الدین (وزیر وحدت عراق‌) را به دیدن امام فرستاد. مشارالیه از سوی عبدالسلام عارف‌، رئیس جمهور عراق‌، این مأموریت را انجام می‌داد و ظاهراً با گشاده‌رویی از امام و فرزندشان استقبال و اعلام می‌کند که هر نوع تسهیلاتی لازم داشته باشند، دولت حاضر است آنها را تأمین کند. در روز دوم ورود امام به کاظمین‌، علمای طراز اول نجف نیز هرکدام‌، یکی از فرزندان خود را برای عرض خیرمقدم راهی بغداد کردند.
در روز سوم ورود امام و آقا مصطفی به کاظمین‌، عصر آن روز ـ پنج‌شنبه پانزدهم مهر 1344، آن دو به همراه کسانی که به استقبالشان آمده بودند، به اتفاق هم به سوی سامرا حرکت کردند. در سامرا خبر ورود آنها پیچیده بود و کاروانی نیز همراه ایشان بود؛ مجلس جشنی نیز به همین مناسبت در مدرسه آیت‌الله میرزاحسن شیرازی‌، معروف به میرزای شیرازی‌، برپا گردید. عصر روز جمعه شانزدهم مهر 1344 امام‌، حاج آقا مصطفی و استقبال‌کنندگان همراه آنها، راهی کربلا شدند. در 30 کیلومتری شهر، در قصبه «مسیّب‌» افرادی از طلاب علوم دینی و مردم کربلا و نجف به استقبال آمده بودند.77 حضرت امام و فرزندشان با استقبال شایانی وارد کربلا شدند و پیش از همه به زیارت مرقد مطهر امام حسین (ع‌) و شهدای کربلا شتافتند. مدت توقف در کربلا بیش از دو شهر قبلی‌، یعنی یک هفته به طول انجامید. باتوجه به اکثریت جمعیت شیعه در کربلا که بسیاری از آنها نیز ایرانی‌الاصل بودند، استقبال بسیار خوبی‌، علیرغم ممانعت‌ها و توطئه‌ها و شایعات‌، که از سوی عوامل رژیم پهلوی پخش می‌شد، از امام خمینی (ره‌) و حاج آقا مصطفی به عمل آمد.78 مقصد نهایی‌، نجف‌اشرف بود. شیخ نصرالله خلخالی در نجف برای آنها منزلی با اسباب و اثاثیه مورد نیاز تدارک دیده بود.79 عاقبت عصر جمعه 23 مهر 1344، امام و حاج آقا مصطفی همراه کاروان عظیمی‌، رهسپار نجف شدند. پس از ورود به نجف‌، ابتدا به زیارت حرم علوی شتافتند، آن گاه راهی خانه‌ای شدند که در خیابان شارع الرسول اجاره شده بود. در نخستین شب ورود، برخی از علمای بلندپایه نجف از جمله‌، آیت‌الله سیدمحمود شاهرودی‌، آیت‌الله سیدابوالقاسم خویی و شماری از علمای حوزه علمیه نجف از آنها دیدار کردند. آیت‌الله سیدمحسن حکیم نیز در دومین شب ورود آنها به دیدارشان رفت‌. البته در کلیه مراحل انتقال امام و حاج آقا مصطفی به عراق تا استقرار در نجف‌، تلاش‌های پنهانی وجود داشت که ورود آنها را عادی جلوه دهد و در نهایت‌، نگذارند استقبال باشکوهی صورت گیرد.80
به هر صورت با استقرار امام و فرزندشان مرحله دیگری از نهضت اسلامی شروع شد که متفاوت‌تر از دوره‌های قبل بود. در این مرحله‌، حاج آقا مصطفی پس از امام‌، نقش اول را در هدایت نهضت اسلامی برعهده داشت‌. در این دوره که حدود سیزده سال به طول انجامید، در دوازده سال آن‌، معظم‌له حلقه اتصال اجزای نهضت اسلامی در ایران و نقاط جهان‌، با کانون آن در نجف بود.
ادامه مبارزه در نجف
به‌طور مسلم قبل از تبعید امام خمینی (ره‌) و حاج آقا مصطفی به نجف‌، بین مبارزین ایرانی با گرایشهای فکری اسلامی و گاهی غیراسلامی‌، ارتباطهایی وجود داشته‌، ولی از انسجام و استحکام لازم برخوردار نبوده است‌. با ظهور رهبر سیاسی ـ مذهبی و قدرتمندی چون امام خمینی (ره‌)، مبارزان مسلمان از ایران‌، عراق‌، کشورهای اسلامی‌، اروپا و امریکا متوجه نجف شدند و با وجود اختلاف نظرها و برخورداری از سطوح مختلف فکری و مبارزاتی‌، رهبری امام خمینی (ره‌) را پذیرفتند. در مقاطعی‌، حتی نیروهای چپگرا و مخالفین رژیم پهلوی با گرایشهای غیراسلامی نیز سعی فراوانی به عمل آوردند که از حمایت امام خمینی (ره‌) برخوردار شوند، اما موفق نشدند. با توجه به تنوع دیدگاههای مبارزان و پیچیدگی جریان مبارزه و کنترل‌ها، مراقبت‌ها و تلاش‌هایی که سعی در نفوذ در شبکه نهضت اسلامی داشت و بیت و اطرافیان امام‌، کانون توجه بود، حاج آقا مصطفی یکی از با اهمیت‌ترین و سخت‌ترین نقش‌ها را در ایجاد و برقراری رابطه با مبارزان علیه حکومت پهلوی در سطوح مختلف برعهده گرفت‌. چنان که اشاره شد، محوریت و مرکزیت ارتباطهای سیدمصطفی‌، با مبارزین مسلمان بود. قابل ذکر است که حاج آقا مصطفی درگیر امور مالی بیت امام نبود و صرفاً به امور اجرایی و ارتباطهای نهضت امام خمینی (ره‌) و نظارت بر آنها همت می‌گماشت‌. در یکی از گزارشهای ساواک در تاریخ 18 اسفند 1352 آمده است‌:
«مصطفی خمینی که سرپرستی قسمت اجرایی فعالیت‌های خمینی را برعهده دارد، در ضمن‌، مسئولیت‌ارتباطات خارج از عراق نیز برعهده وی است‌و با سفرهایی که انجام می‌دهد بر فعالیت‌های خارج نظارت می‌نماید.83» اقدام برای نشر افکار انقلابی و اندیشه‌های امام خمینی (ره‌) از طریق توزیع رسالة عملیه‌، اعلامیه‌ها، پیامها، نامه‌ها و نشر سخنان آن حضرت در ایران و سایر کشورها از طریق شبکه مبارزین صورت می‌گرفت‌. راهنمایی یاران امام‌، استفاده و اغتنام فرصت‌ها از طریق یاران ایشان و مشورت با آنها در مواقع ضروری و مقتضی‌، دریافت و پرداخت کمک‌های مالی‌، دریافت وجوه شرعی و غیره‌، غالباً برعهده حاج آقا مصطفی بود؛ عمده‌ترین انگیزة سفرهای متعدد حاج آقا مصطفی به کشورهای اسلامی از جمله عربستان سعودی‌، سوریه و لبنان ارتباط با مبارزین مسلمان و راهنمایی آنها و حتی ترویج اندیشه آموزش نظامی و مبارزة مسلحانه بود که در بسیاری موارد در قالب زیارت دو طرف انجام می‌گرفت‌. بدین ترتیب پس از امام خمینی (ره‌) محور نهضت اسلامی‌، حاج آقا مصطفی بود. حجة‌الاسلام سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور می‌گوید: «در بررسی‌هایی که کارشناسان ساواک کرده بودند، ایشان را یک شخصیت بسیار خطرناک بعد از حضرت امام برای کیان و هستی رژیم سلطنتی شناخته بودند.»84
حجة‌الاسلام سیدرضا برقعی درباره نقش ارتباطی و سیاسی حاج آقا مصطفی می‌گوید: «در آنجا ]نجف‌[ حضرت امام برای ایشان‌، محدودیت‌های قم را قابل نبودند. این موضوع به چند دلیل بود. از جمله آن که نیاز به حضور حاج آقا مصطفی در صحنه‌، مشخص بود، افراد بسیاری بودند که در زوایای جامعه در شکل‌های گوناگون‌، می‌توانستند پیام‌رسان امام باشند. ارتباط حضرت امام با همه اینها کار مشکلی بود. حاج آقا مصطفی مجموعه‌ای از افراد را که قریب بیست نفر بودند، زیر نظر داشت‌. این افراد با تمام محیط خارج از نجف از نظر سیاسی در ارتباط بودند. شاید در تمام مدتی که حضرت امام در نجف بودند، تعداد انگشت‌شماری توانستند مستقیماً با خود ایشان تماس بگیرند. حاج آقا مصطفی در منزل تلفن داشت و به این وسیله‌، بسیاری از کارها را انجام می‌داد.
از طریق حاج آقا مصطفی‌، کارهای بیرون از نجف در رابطه با امام هماهنگ می‌شد و ایشان با تیزهوشی و تیزبینی خاصی که در مسایل سیاسی داشت‌، حد و حدود ارتباط افراد را با امام تنظیم می‌کرد. به برخی افراد اصلاً اجازه ملاقات با امام را نمی‌داد؛ مثلاً، تیمور بختیار زیاد سعی کرد که با امام در ارتباط باشد، به وسیله بسیاری از افراد پیغام و سلام فرستاد که به نحوی برای حفظ وجهة خود در مخالفت با رژیم با امام دیدار کند، ولی به او اجازه داده نشد...85»
البته امام در جریان این امر بود و خود ایشان به صراحت گفته بودند: به هیچ‌وجه حاضر به همکاری با تیمور بختیار علیه رژیم پهلوی نیستند.
حجة‌الاسلام سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور که از یاران نزدیک امام و حاج آقا مصطفی در نجف بود، در خصوص ارتباط سیدمصطفی با مبارزین سیاسی ـ مذهبی ایران‌، می‌گوید:
«با عنایت به این که حاج آقا مصطفی یک شخصیت سیاسی دارای اندیشه و تفکر خاص و راه‌، روش و منش مشخص در رابطه با مسایل سیاسی و مبارزاتی بود، وقتی از ایران شخصیت‌هایی مثل آیت‌الله بهشتی‌، آیت‌الله مطهری‌، حجة‌الاسلام والمسلمین هاشمی رفسنجانی‌، آیت‌الله جنتی‌، آیت‌الله موسوی اردبیلی و آقای شیخ علی تهرانی و دیگران در ارتباط با مسایل مبارزاتی از قم‌، تهران و سایر مناطق به نجف می‌آمدند، اگر یک جلسه با امام ملاقات و مذاکره داشتند، در حاشیه آن‌، جلساتی نیز با حاج آقا مصطفی داشتند و نظریات ایشان را هم دریافت و منتقل می‌کردند؛ چرا که نیروهای داخل‌، دیدگاهها و نظرگاههای حاج آقا مصطفی را هم در رابطه با کیفیت مبارزه و نحوه شکل‌گیری انقلاب می‌طلبیدند و درخواست داشتند.86» حاج آقا مصطفی به مبارزینی که حول محور نهضت امام خمینی (ره‌) و متناسب با اهداف مبارزاتی و تفکر ایشان بودند و به صحت گفتار و کردار آنها اطمینان داشت‌، مأموریت‌هایی را در راستای نهضت اسلامی محول می‌کرد. البته این مأموریت‌ها به نوعی از سوی امام خمینی (ره‌) نیز به حساب می‌آمد. برخی مأمور انتقال وجوه شرعی از ایران به نجف بودند و گاهی این انتقال از طریق کشور اسلامی ثالثی مثل عربستان سعودی‌، لبنان یا سوریه صورت می‌گرفت و گاهی نیز مستقیماً با سفر یاران امام و دوستان حاج آقا مصطفی به نجف عملی می‌شد. مأموریت‌های سیاسی و اجتماعی هم به همین طریق انجام می‌گرفت‌. نمونه‌ای از این مأموریت‌ها و فعالیت‌ها در ذیل آورده می‌شود. ساواک اصفهان به تاریخ نهم مرداد 1345 گزارش داده است‌: «حاج آقا مصطفی خمینی پسر آقای خمینی طی نامه‌هایی به آقای مستجابی سر دفتر 168 اصفهان یادآور شده که خاطر آقای خمینی از اینکه شنیده‌اند، عده‌ای از روحانیون اصفهان و البته دستگاههای دولتی در اصفهان به نام دین‌، مؤسسه‌ای باز کرده و از حقوق امام زمان (عج‌) جهت این کار استفاده می‌نمایند، ناراحت شده‌، مصطفی خمینی از نامبرده خواسته است که تحقیق کند این موضوع حقیقت دارد یا خیر؟87»
بنا به گزارش بعدی ساواک‌، حاج سیدمرتضی مستجابی از دوستان سیدمصطفی خمینی می‌باشد و با روحانیون مبارز مخالف حکومت پهلوی‌، ارتباط و تماس دارد.88
سفر به کشورهای اسلامی
بخشی از فعالیت‌های سیاسی فرزند ارشد حضرت امام‌، پس از انتقال به عراق‌، سفر به کشورهای اسلامی بود. این سفرها معمولاً در ماه‌های فصل تابستان و گاهی نیز در موسم حج صورت می‌گرفت‌. جنبه اصلی این سفرها، فعالیت سیاسی و برای تداوم نهضت امام خمینی بود؛ ولی گاهی هم جنبه زیارتی و سیاحتی داشت‌.
برخی مسایل مربوط به نهضت امام باتوجه به تنگناهای موجود در فضای سیاسی عراق به آسانی قابل رسیدگی و حل و فصل نبود؛ اما در فضای مساعد کشورهایی چون سوریه و لبنان و با ارتباطاتی که از طریق مبارزینی که به آن کشورها سفر می‌کردند، پیشبرد امور مبارزاتی‌، سهل و ممکن بود. در این ارتباطها، اطلاعات مربوط به نهضت مبادله می‌شد و نهضت تقویت و تداوم می‌یافت‌.89 حاج آقا مصطفی برای آموزش نظامی‌، اهمیت زیادی قائل بود. خود او نیز آموزشهایی دیده بود و به مبارزین و روحانیون ایران در نجف توصیه می‌کرد که در پایگاههای الفتح در جنوب لبنان یا سوریه‌، آموزش ببینند. در این راه تا جایی که می‌توانست به افراد مساعدت می‌کرد. حجة‌الاسلام سیدحمید روحانی به نقل از آقا مصطفی می‌گوید: «...وظیفه روحانیت همان وظیفه انبیاست‌. چنان که وظیفه انبیا (ع‌) در مقابل ظلم و ستم و بیدادگری‌، قیام مسلحانه است‌، وظیفه روحانیت هم‌، چنین است و این حقیقت از آیه شریفه «و اَعِدّوالَهُم ما استَْطَْعتُم من قُوَّة‌ٍ وَ مِن‌ْ رِباط اُِلخَیْل‌ِ تُرَهِبُون‌َ بِه‌ِ عَدُوّاللهِ وَعَدُوَّکُْم‌» روشن و آشکار است و می‌توان گفت که معانی خاتمیت در اسلام مبسوطالید بودن زعمای اسلام و مراجع تقلید است‌.90»
سیدمصطفی بارها به سوریه و لبنان سفر کرد و در آن کشور با مبارزین ایرانی دیدار و گفتگو کرد. آقای جلال‌الدین فارسی یکی از این مبارزین بود که بارها با ایشان دیدار و گفتگو کرد. آقای فارسی در خاطراتش می‌گوید: «شهید آیة‌الله حاج سیدمصطفی خمینی‌، چند ماه پیش از شهادتش در نجف‌، به قصد عمره از عراق خارج شد. ابتدا به دمشق و سپس به بیروت آمد. این افتخار را به بنده داد که با حجج اسلام‌؛ سیدمحمد موسوی بجنوردی و حاج احمد آقا، تشریف‌فرما شدم‌. سال پیش هم که به اتفاق آقای بجنوردی به دمشق آمدند یکی ـ دو روزی را در زبدانی و منزل بنده گذرانیدند. با آن شهید بزرگوار در مسایل لبنان و فلسطینی‌ها، توافق و همدلی داشتیم‌. از گزارشی که درباره این‌گونه امور به او می‌دادم‌، خشنود می‌گشت و به پاداش یا سپاس آنچه کار خیر و حق می‌دانست‌، محبتی می‌فرمود.91»
در یکی از گزارش‌های ساواک در تاریخ 17/5/1356 راجع به سفر سیدمصطفی همراه برادرش سیداحمد به لبنان و سوریه آمده است‌:
«مسافرت سیدمصطفی از نجف و سیداحمد خمینی از ایران به سوریه و بیروت‌، صحت دارد و نامبردگان طبق قراری که با هم داشتند به دمشق وارد شدند و از آنجا به اتفاق‌، جهت برگزاری حج عمره به عربستان سعودی مسافرت کردند و پس از مراجعت به سوریه‌، سیدمصطفی روز 15/5 و سید احمد روز 16/5/36 به نجف آمدند.
نظریه یکشنبه‌: خبر صحت دارد. به احتمال قوی سیدمصطفی در سوریه با شیخ نصرالله خلخالی‌، نماینده خمینی ملاقات و گفتگوهایی انجام داده و در لبنان نیز با موسی صدر، رهبر شیعیان این کشور تماس و احیاناً در مورد جنگ لبنان و آسیب‌هایی که به شیعیان وارد شده مذاکراتی انجام داده و باتوجه به این که خمینی در بهمن ماه سال 35 ]1355[، اعلامیه‌ای در مورد جنگ لبنان صادر و از مسلمانان تقاضا کرده‌، به مسلمانان لبنان کمک کنند، احتمالاً سیدمصطفی در این مسافرت‌، کمک‌هایی به موسی صدر، جهت پرداخت به شیعیان نموده است‌.92»
در گزارشهای نمایندگی ساواک در لبنان به موارد دیگری از فعالیت‌های سیدمصطفی اشاره شده است‌. در یکی از این گزارشها به تاریخ 29 شهریور 1352 آمده است‌:
«... سالیانه حدود چهار میلیون تومان پول از ایران‌، توسط صرافها و اشخاص مختلف برای خمینی به بیروت ارسال می‌گردد که این پولها در بیروت توسط مصطفی خمینی که هر چند یک بار به بیروت می‌آید، جمع‌آوری و به عراق برده می‌شود.93» یا در گزارش دیگری به تاریخ هجده اسفند 1352 اشاره شده که سیدمصطفی با سفرهای خارج از عراق خود، که لبنان و سوریه از عمده‌ترین آنها بوده‌اند. برفعالیت مبارزین نظارت می‌کند.
«مصطفی خمینی که سرپرستی قسمت اجرایی فعالیت‌های خمینی را به‌عهده دارد، در ضمن مسئولیت ارتباطات خارج از عراق نیز به عهده وی بوده و با سفرهایی که انجام می‌دهد، بر فعالیت‌های خارج نظارت می‌نماید.»
حج کانون تبادل اخبار و اطلاعات
پس از انتقال حضرت امام خمینی و فرزندشان به عراق و استقرارشان در نجف‌اشرف‌، آنها برخلاف ترکیه به طرق مختلف با مبارزان و همراهان نهضت اسلامی در ایران و سایر نقاط جهان ارتباط برقرار کردند. یکی از کانال‌های ارتباط، زائرانی بودند که از ایران و کشورهای اسلامی همجوار ایران برای زیارت به عتبات عالیات‌، مکه مکرمه‌، مدینه منوره و سوریه می‌رفتند. همه ساله امکان آن وجود نداشت که حاج آقا مصطفی به حج بروند و در آنجا با مبارزین و مخالفین رژیم پهلوی که برای اعمال حج می‌آمدند، دیدار و اخبار و اطلاعات را مبادله کنند؛ این امکان در چند نوبت فراهم شد و حاج آقا مصطفی ضمن بهره‌مندی از فیض الهی و معنوی حج‌، به پیشبرد نهضت اسلامی نیز از آن طریق‌، کمک‌های شایانی کرد.
گزارشی از نمایندگی ساواک در بغداد به ساواک مرکز، در تاریخ دوازدهم اسفند 1344 موجود می‌باشد که در آن آمده است‌: «سیدمصطفی مصطفوی در سال جاری‌، عازم مکه می‌باشد.» در زیر آن گزارش پی‌نوشتی بدین شرح اضافه شده است‌: «به کلیه منابع اطلاع دهید که مراقبت نمایند. به سرکار سرهنگ شیخان اطلاع داده شود، عکس نامبرده تکثیر و به منابع و همکاران داده شود. به منابعی که با ساواک تهران نیز همکاری می‌کنند، اطلاع داده شود.94» به تاریخ هجده اسفند 1344 مدیرکل اداره سوم ساواک (مقدم‌) طی مکاتبه‌ای با اداره کل دوم ساواک‌، خواستار شده است که به نمایندگی ساواک در عربستان سعودی دستور داده شود که اعمال و رفتار سیدمصطفی و همراهانش را تحت کنترل و مراقبت قرار دهند.95 گزارش اداره‌کل دوم ساواک به تاریخ 25 اسفند 1344 حاکی است که سیدمصطفی در روز 23 اسفند 1344 وارد عربستان‌سعودی شده است‌.
«طبق اطلاع واصله نامبرده ساعت 00:20 روز 23/12/44 با هواپیمای سعودی وارد جدّه گردید و وسیله یکی از اعضای سرپرستی حج که از دوستان کاملاً مورد اعتماد او می‌باشد استقبال گردید و از تنها وسیله که همراه داشته بازدید سطحی به عمل آمد ولی چیز قابل ملاحظه‌ای در آن رؤیت نگردید. مشارالیه پس از انجام مراسم گمرکی به دفتر آقای ابوزید وکیل مطوفین رفته و پس از قدری استراحت در حدود یک ساعت در اطراف مدینة الحاج به گردش پرداخته و سپس در حدود ساعت 00:23 به منزل ابوزید رفته شب را در آنجا به سر برده است و قرار است که با اتومبیل به شهر مدینه مسافرت و در منزل آقای سید محمد لواسانی سکونت نماید. نامبرده ضمن صحبت اظهار داشته که منتظر شخصی به نام سید محمدصادق لواسانی است که از تهران با پرواز 145 به جده خواهد رفت و از این که دولت شاهنشاهی ایران به او ویزای خروجی داده اظهار تعجب نموده است‌. خواهشمند است دستور فرمایید که در مورد سوابق آقای سیدمحمد صادق لواسانی و این که آیا به این شخص اجازه خروج داده شده است یا خیر؟ این اداره کل را مطلع گردانید.96»
پس از گزارش فوق‌، اداره کل ساواک از خروج سیدمحمدصادق لواسانی برای عزیمت به حج جلوگیری به عمل آورد.97 سفارت ایران در عربستان سعودی نیز مراقب اعمال سیدمصطفی بوده است‌. در دیداری که سفیر ایران با امیر مکه و مدینه به عمل آورد، از وی خواست که به ایشان اجازه هیچ‌گونه فعالیت سیاسی علیه دولت ایران داده نشود.98 علیرغم آن همه کنترل و مراقبت از فرزند امام‌، ایشان موفق شد با چندین نفر از مبارزین ایرانی تماس بگیرد و پیام امام خمینی (ره‌) را به آنها و از طریق آنها به ایران برساند. در گزارشها آمده است‌، که در دیدار با برخی مخالفین رژیم‌، با آنها در مورد نحوة سخنرانی و فعالیت‌ها در ماه‌های محرم و صفر صحبت و تبادل‌نظر کرده است‌. در یکی از گزارشهای ساواک تهران به اداره کل دوم ساواک در تاریخ 24 فروردین 1345 در مورد تبادل‌نظر و طرح‌ریزی وی با مبارزین ایرانی برای ماه‌های محرم و صفر آمده است‌: «طبق اظهارات سیدعبدالرضا حجازی‌، آقای شیخ مجدالدین محلاتی ]فرزند آیت‌الله بهأالدین محلاتی شیرازی‌[ و آقای مصطفی خمینی پسر آیت‌الله خمینی در مدینه و مکه صحبت‌هایی کرده و تصمیماتی برای ایام محرم گرفته‌اند. ضمناً سیدعبدالرضا حجازی اضافه نمود عده‌ای روحانی مخفیانه عازم عراق می‌باشند که به آیت‌الله خمینی ملاقات نموده و دستوراتی بگیرند.99» به دنبال گزارش‌هایی دیگر در این خصوص‌، اداره کل سوم ساواک طی بخشنامه‌ای به ساواک‌های قم‌، شیراز و مشهد دستور زیر را صادر کرد:
«اطلاع واصله حاکی است مصطفی خمینی فرزند آیت‌الله خمینی که در سال جاری به مکه عزیمت نموده با پاره‌ای از عناصر افراطی منجمله مجدالدین محلاتی از روحانیون مخالف شیراز تماس و تصمیماتی برای ماه‌های محرم و صفر گرفته‌اند چون امکان دارد این قبیل افراد در مراجعت به ایران تحریکاتی بنماید دستور فرمایید با مراقبت کامل از عوامل شناخته شده در این مورد پیش‌بینی‌های لازم به عمل آورده و نتیجه را اعلام نمایند. مقدم‌»100
مطالعه اسناد مربوط نشان می‌دهد حاج آقا مصطفی در جریان حج برخی وجوه شرعی فرستاده شده از ایران را برای تحویل به امام خمینی (ره‌) دریافت کرده است‌.101 ایشان در این سفر، با حجة‌الاسلام شهید فضل‌الله مهدیزاده محلاتی که از روحانیون مبارز بود، در مکه دیدار کرد و پس از پایان حج برای دیدن امام خمینی (ره‌) با هم به نجف رفتند. آقای محلاتی در خاطراتش می‌گوید که در جریان حج‌، اعلامیه‌هایی را که تهیه کرده بودیم‌، پخش کردیم و فعالیت‌های خود را در مکه به امام خمینی (ره‌) گزارش دادیم‌. وی در مدت توقف در نجف‌، در منزل حاج آقا مصطفی اقامت داشته است‌. همچنین یادآور می‌شود که در سال‌های آینده چند سفر دیگر که مکه رفتم‌، کیفیت به همین منوال گذشت‌؛ یعنی در آنجا علیه رژیم پهلوی فعالیت کرده است و از آنجا پیش امام خمینی (ره‌) در نجف رفته و پس از ملاقات و تبادل اطلاعات‌، به ایران برگشته است‌.102
سیدمصطفی در سال 1353 نیز در موسم حج به مکه و مدینه رفت و ضمن به جا آوردن حج‌، با ایرانیان طرفدار امام خمینی (ره‌) دیدار و گفتگو کرد. ساواک که به شرکت وی در حج حساس بود، از ماهها قبل در این زمینه تحقیق کرده‌، اطلاع داشت که وی در مراسم حج شرکت خواهد کرد. در یکی از گزارشهای ساواک که از نمایندگی ساواک در لبنان است به بخش 334 اداره کل سوم ساواک در تاریخ 27/8/1353 چنین آمده است‌:
«قرار است مصطفی خمینی برای مراسم حج به مکه برود و به همین علت نیز شایع است که بعضی از ایرانیانی که طرفدار خمینی هستند در صددند در مراسم حج از فرصت استفاده کرده‌، با وی ملاقات نمایند.103» در ماه‌های قبل از موسم حج‌، ساواک افرادی را که احتمال می‌داد با سیدمصطفی ارتباطی در جریان حج برقرار کند، به ویژه آنهایی که وجوه شرعی را از ایران به وی تحویل می‌دادند، تحت کنترل و مراقبت قرار می‌داد. در گزارشی که نمایندگی ساواک در لبنان به تاریخ 16/10/1353 به بخش 334 اداره کل سوم ساواک ارسال کرده‌، چنین آمده است‌: «آخوندی به نام موسی ده‌سرخی که در رستم‌آباد شمیران مسجدی به نام امام مهدی ]ع‌[ دارد، در زمان حج مسئول ترتیب دادن ملاقات ایرانیان با مصطفی خمینی بوده و گویا مبالغی پول نیز برای خمینی جمع‌آوری کرده است‌. ترتیب ملاقات ایرانیان با مصطفی خمینی با وساطت این شخص‌، خارج از محل کاروان نامبردگان انجام می‌گرفت‌.» در زیر این گزارش مدیرکل اداره سوم ساواک پی‌نوشت کرده است‌:
«وسیله ساواک تهران‌، شناسایی و در اطراف وی تحقیق و سپس دستگیر و منزل وی بازرسی و از او تحقیق شود. 18/10/10453» در حج آن سال‌، شهید حاج شیخ فضل‌الله محلاتی نیز که جزو حجاج بوده با حاج آقا مصطفی چندین بار دیدار و گفتگو کرده است‌. در یکی از گزارشهای ساواک به نقل از آقای محلاتی آمده است‌:
«یواشکی چند بار در مساجد و معابر با وی صحبت و در مورد سلامتی آقای خمینی سؤال کردم و در مورد بدبختی‌ها و ستمگریهای اخیر ساواک نیز با وی صحبت نمودم‌.105»
ساواک تهران در گزارشی که در مورد نحوه دیدارهای فرزند امام خمینی با ایرانیان تهیه کرده‌، چنین آورده است‌: «شب 30/9/53 و 1/10/53 و 2/10/53، سیدمصطفی خمینی از ساعت 00:24، بالاتر از مقام ابراهیم می‌نشست‌. در این موقع افرادی که با او ملاقات کرده‌اند، عبارتند از: شیخ فضل‌الله محلاتی‌، سید زنجانی که مشهور است به شبستری‌، کتابدار کتابخانه چهلستون مسجد جامع تهران‌، شیخ ابوالقاسم نجات‌، شیخ غلامحسین مراغه‌ای و چند نفر دیگر که شناخته نشدند سیدعبدالرسول حجازی را در همان ساعات در بیت دیدم لکن نزد مصطفی نرفت و گفت من چکار به مصطفی دارم‌. محلاتی مکرر به نزد مصطفی می‌رفت و افرادی را با خودش می‌برد که دست او را ببوسند و چند نفر هم مبالغی به او پول دادند.106» در گزارش دیگری نیز آمده است‌:
«ساعت 30:21 شب 29/9/53 در خانه کعبه‌، سیدمهدی لواسانی چند نفر از حجاج را به شرح زیر طواف می‌داد: اسماعیل محمد اسماعیلی‌؛ ماشأالله چنگیزپور، یعقوب حاجیان‌، ابراهیم مراغه‌چی‌، ولی‌الله رهنما، سیدمهدی ابراهیمی‌، حسین حیدرخانی‌، علی‌اکبر ناظم‌زاده‌، حسن ملک‌پور، علی فخیم و تعدادی زن‌، ناگهان پس از خاتمة طواف‌، سیدمهدی لواسانی فریاد زد، حجاج‌، سیدمصطفی خمینی اینجا تشریف دارند، بیایید دست آقا را ببوسید و بلافاصله جملگی به سر و روی پسر خمینی ریخته و او را بوسیدند به طوری که مصطفی منقلب شد و لواسانی گفت‌: آقا را اذیت نکنید و سپس با گریه و زاری از او جدا شدند. نظریه شنبه‌: نامبردگان فوق همه از مقلدین خمینی هستند.107»
گزارشهای دیگری نیز وجود دارد که از دیدار حاج آقا مصطفی با برخی از روحانیون معاود عراقی ساکن شهرهای خرمشهر و قم و کشور کویت حکایت می‌کند.108
در سال 1355 در گزارشهای ساواک آمده است که امسال امام خمینی (ره‌) به حج خواهد رفت و یا این که پسرش سیدمصطفی را به مکه اعزام خواهد کرد که چنین اتفاقی صورت عملی به خود نگرفته است‌. در یکی از گزارشها نیز به سفر سیدمصطفی همراه برادرش سیداحمد به حج عمره در مرداد 1356 اشاره شده است‌.109
در مجموع‌، رهاورد سفرهای حاج آقا مصطفی به مکه مکرمه برای پیشبرد نهضت اسلامی ارزنده و قابل توجه بوده است‌؛ وی علیرغم کنترل‌ها و مراقبت‌های کامل مأموران ساواک‌، توانست با مبارزین ایرانی و مقلدین امام خمینی (ره‌) دیدار گفتگو و تبادل‌نظر کند و احیاناً اعلامیه‌ها، نامه‌ها و سایر اسناد و مدارک و دستورهای امام خمینی (ره‌) را از طریق آنان به سایر کشورها، ارسال کند.

سیدمصطفی و دولت عراق
برخورد و ارتباط فرزند امام خمینی در طول اقامت دوازده ساله‌اش در عراق با دولت آن کشور، همسو و هماهنگ با مشی حضرت امام خمینی (ره‌) بود.
رویه و سیاست دولت عراق در قبال امام خمینی (ره‌) و فرزندشان‌، تا حدود زیادی از روابطش با دولت ایران تأثیر می‌پذیرفت‌. در زمانهایی که روابط دو کشور تیره بود، دولت عراق سعی داشت از امام خمینی (ره‌) به‌عنوان اهرمی علیه دولت ایران بهره بگیرد. در زمانهایی نیز که روابط دو کشور بهبود می‌یافت‌، دولت عراق به همکاری بیشتر با ساواک علیه مبارزین ایرانی مقیم عراق‌، روی می‌آورد و عرصه را بر حضرت امام و یاران ایشان در نهضت و مبارزه‌، تنگ می‌کرد. در تاریخ 23 مهر، 1344 وزیر وحدت عراق دکتر عبدالرزاق محی‌الدین با امام خمینی (ره‌) دیدار و پس از ابلاغ سلام رئیس جمهور عراق‌، کوشید تا با عرضه امکانات تبلیغاتی‌، از ایشان علیه دولت ایران‌، بهره‌برداری تبلیغاتی بکند. این امر در جهان سیاست یک موضوع مرسوم بود و مخالفین رژیم‌های مختلف نیز چنین فرصتی را مغتنم می‌شمردند و در عمل یک نوع انتفاع دوجانبه‌ای را دنبال می‌کردند؛ با این وصف حضرت امام خمینی (ره‌) (چنان که بعداً هم بارها پیش آمد) با این امر مخالفت کرد و تا پایان تبعیدشان در عراق حاضر به همکاری با حکومت عراق علیه دولت ایران نشدند.110
پس از به قدرت رسیدن حزب بعث مدت کوتاهی ظواهر امر حکایت از آن داشت که روابط ایران و عراق روبه بهبودی است‌؛ زیرا هیأت‌های بلندپایه‌ای به دو کشور مسافرت کردند تا برای حل اختلافات میان دو کشور، مذاکره کنند. این مذاکرات در چهارماهه آخر سال 1347 صورت گرفت‌. در فروردین 1348 دولت عراق اعلام کرد که اروندرود جزیی از قلمرو عراق است‌. واکنش دولت ایران به این اقدام دولت عراق‌، لغو معاهده مرزی 1316 بود که وزارت امورخارجه ایران در 30 اردیبهشت 1348 در مجلس سنا، رسماً اعلام کرد.111 به دنبال این جریانات‌، روابط دو کشور به تیرگی کامل گرایید. سران حزب بعث یکی از راههای مبارزه و در نهایت تضعیف حکومت ایران را اتحاد با مخالفان آن کشور در نظر گرفتند و فعالیت‌هایی را برآن اساس شکل دادند. از جمله تلاش می‌کردند به هر شکل ممکن به امام خمینی (ره‌) نزدیک شوند و از ایشان درخواست نمایند که با صدور بیانیه‌ای اعمال و رفتار دولت ایران را محکوم نماید؛ اما امام خمینی (ره‌) هرگز آن را نپذیرفتند و اعلام کردند که اختلاف ما با دولت ایران یک اختلاف اساسی و عقیدتی است و برطرف شدنی نیست‌؛ اما اختلافاتی که اکنون بین دولت‌های ایران و عراق بوجود آمده است‌، زودگذر و رفع‌شدنی است‌؛ بنابراین آن حضرت هرگز حاضر به همکاری با دولت عراق در مبارزه علیه حکومت پهلوی نشدند.112 در آن مقطع تاریخی رژیم بعثی عراق فشارهای خود را علیه حوزه علمیه نجف‌اشرف و به ویژه بیوت مراجع تقلید و از جمله مرحوم آیت‌الله حکیم تشدید نموده بودند. از این‌رو آیت‌الله حکیم‌، ممنوع‌الملاقات بود و کسی جرأت نزدیک شدن به بیت ایشان را نداشت‌، حاج آقا مصطفی از اولین افرادی بود که پس از بازگرداندن آقای حکیم از بغداد به کوفه‌، به دیدار وی رفت‌. این دیدار برای حزب بعث قابل چشم‌پوشی نبود، بنابراین در 21 خرداد 1348 رئیس سازمان امنیت و فرماندار نجف به حضور امام رسیدند و اظهار داشتند که از طرف شورای فرماندهی حزب بعث مأموریت دارند، سیدمصطفی را به بغداد اعزام کنند و در این مورد ظاهراً از امام اجازه خواستند. ایشان گفتند که اگر اعزام او به بغداد منوط به اجازة من است‌، من هرگز چنین اجازه‌ای نمی‌دهم‌؛ ولی اگر غیر از این است‌، خود می‌دانید. به هر صورت مأموران‌، فرزند ارجمند امام را با خود بردند و به بغداد اعزام کردند.113 در بغداد، «حسن‌البکر به ایشان اظهار می‌دارد که ما چندین بار از پدر شما خواستیم که به نفع دولت عراق و علیه کشور شاهنشاهی ایران‌، اقداماتی معمول دارد و هر بار از این امر شانه خالی کرده‌اند، شما از پدرتان بخواهید که در تأمین نظر ما اقدام نماید. سیدمصطفی اظهار می‌دارد که من اجازه ندارم که از طرف پدرم به شما قولی بدهم و تصور می‌کنم حرف ایشان همان حرف اولی باشد و سپس از پیش احمد حسن‌البکر مرخص می‌شود.»114 در گزارش سفارت ایران در بغداد نیز به تاریخ پنجم تیر 1348 در این مورد آمده است :
«بازگشت به نامه سری شماره 1/4/8538 مورخ 31/3/1348 راجع به دستگیری سیدمصطفی خمینی اشعار می‌دارد موضوع مورد تأیید می‌باشد و از قرار شایع سرهنگ علی هادی وتوت‌، پس از چند روزی که به استانداری کربلا منصوب شده بود از آیت‌الله خمینی درخواست می‌نماید که علیه دولت شاهنشاهی فتوی صادر نماید و نامبرده با پرخاش و پرت کردن گذرنامه خود، می‌گوید من وطن خود را به عراق نمی‌فروشم و هرکاری می‌خواهید بکنید و از شرکت در نماز جماعت هم به عنوان اعتراض خودداری می‌نماید. عراقی‌ها به تصور این که سیدمصطفی پسر مشارالیه تلقیناتی کرده است‌، چند روزی وی را توقیف می‌کنند؛ ولی بعداً تغییر جهت داده و به تصور تحبیب سیدمصطفی که بیشتر بتوانند در روحیات پدرش نفوذ پیدا نمایند، نامبرده را از زندان آزاد می‌سازند.115» در یکی از گزارشهای ساواک نیز اشاره شده است که‌: مقامات عراقی از سیدمصطفی خواسته‌اند که پدرش را وادار به صدور اعلامیه‌ای علیه دولت ایران کند و در ازای این عمل به وی قول داده‌اند که آیت‌الله حکیم را از عراق اخراج و ترتیب جانشینی امام خمینی را به جای آیت‌الله حکیم بدهند. این پیشنهاد نیز به شدت از سوی حضرت امام خمینی (ره‌) با این استناد که آقای حکیم بزرگ ماست و این کار را نمی‌تواند انجام دهد، رد شده است‌.116
غائله دیگری که برای امام خمینی (ره‌) و به تبع حاج آقا مصطفی پیش آمد و در پشت آن غائله نیز حزب بعث قرار داشت‌، مطرح شدن همکاری با تیمور بختیار علیه حکومت ایران بود. بختیار به منظور دستیابی به قدرت و براندازی حکومت محمدرضا پهلوی به هر دری می‌زد تا با مخالفان رژیم پهلوی ارتباط برقرار کند و توافق آنها را برای همکاری مشترک علیه حکومت پهلوی جلب کند. در آن هنگام که امام خمینی (ره‌) رهبری نهضت اسلامی و مبارزه ضد حکومت پهلوی را در سطح گسترده‌ای برعهده داشتند، بختیار سعی در نزدیکی به ایشان و همکاری مشترک علیه رژیم ایران کرد. تلاش‌های تیمور بختیار در سال‌های 1348 و 1349 با همکاری بعثی‌ها به هیچ‌وجه‌، قرین موفقیت نشد و امام خمینی (ره‌) همان پاسخی که به متحدجویی سران حزب بعث داده بودند، برای تیمور بختیار نیز همان پاسخ را تکرار کردند. آخرین ترفند تیمور بختیار این بود که در یکی از ملاقاتهای استاندار کربلا، همراه او به صورت ناشناس و بدون اعلام قبلی در جلسه ملاقات با امام خمینی (ره‌) حضور یافت‌؛ اما در آن جلسه نه کسی او را به امام معرفی کرد و نه امام حتی یک کلمه با او سخن گفت‌. پس از رفتن او، امام از روی قرائنی دریافتند که وی بختیار بوده‌، از این‌رو در مرحله بعدی‌، وقتی که استاندار کربلا از امام تقاضای ملاقات کرد، امام در پاسخ گفتند: به شرطی این ملاقات را می‌پذیرد که رجال غیر عراقی با وی همراه نباشد.117

شهادت
آیت‌الله سیدمصطفی خمینی‌، پس از دورانی پر از رنج‌، تلاش و مبارزه در سحرگاه یکشنبه اول آبان ماه 1356 (برابر با نهم ذی‌قعده 1397 ه‍ ق‌) در سن 47 سالگی در نجف به‌طور ناگهانی و مرموز در خانه خود درگذشت‌. اولین کسی که از این واقعه آگاه شد و دیگران را نیز مطلع نمود، خادمه منزل حاج آقا مصطفی به نام صغرا خانم بود. او مشاهدات خود را به شرح ذیل بازگو می‌کند:
«شب‌، آخر قرار بود برای آقا مهمان بیاید. چون دیر وقت بود، ایشان آمدند و به من گفتند: صغرا برو بخواب‌، من خودم در را باز می‌کنم‌. من هم اول به حرم رفتم‌، نماز خواندم‌، زیارت کردم‌، بعد به خانه آمدم و خوابیدم‌. صبح که طبق معمول‌، صبحانة آقا را بالا بردم‌، دیدم آقا روی کتاب‌هایشان خم شده‌اند، فکر کردم که خوابشان برده است‌، صدایشان کردم و گفتم‌: آقا... آقا خوابتان برده‌... که دیدم جواب نمی‌دهند و زیر چشمشان هم به رنگ خرما شده است‌. پایین رفتم و خانم ایشان را که مریض بود، صدا کردم و خودم هم به کوچه رفتم و فریاد زدم که آقا مصطفی (ره‌) مریض شده است که در این هنگام آقای دعایی مرا دید و با یکی دو نفر دیگر به بالا آمد و آقا را به بیمارستان بردند و دیگر نمی‌دانم چه شد.118»
خانم معصومه حائری یزدی‌، همسر مرحوم آقا مصطفی‌، دومین نفری بود که از درگذشت شوهرش مطلع شد. ایشان نیز در این زمینه گفته‌اند:
«او ]حاج آقامصطفی‌[ مردی بسیار قوی و از سلامت کامل برخوردار بود، هیچ‌گونه ناراحتی و بیماری نداشت‌، به همین دلیل برخلاف آن چه شایع کردند سکته قلبی‌، خیلی بعید به نظر می‌رسید.