ساواک در دوره حسن پاکروان

سرلشکر حسن پاکروان فرزند فتح‌الله پاکروان در واپسین روزهای سال 1339 به عنوان دومین رئیس ساواک جانشین سپهبد تیمور بختیار شد. پاکروان که در طرح تشکیل ساواک و تدوین نمودار سازمانی اولیه آن نقش قابل توجهی داشت و مدتها در ریاست رکن 2 ارتش خدمت کرده بود، در دوره ریاست بختیار، معاون بین‌الملل ساواک بود. گفته می‌شد سیاستهای خشن بختیار موجب شد تا شاه با انتخاب فردی به ظاهر نرمخو که بیشتر طرفدار سیاست مصالحه در برخورد با مخالفان حکومت است، ذهنیت مثبتی از ساواک ایجاد کند. در همان حال انتخاب جان. اف. کندی به ریاست جمهوری امریکا که از روند سیاسی، اجتماعی و اقتصادی حاکم بر ایران ابراز نارضایتی کرد، موجبات این تغییر و تحول را فراهم آورد.  سرلشکر پاکروان از واپسین ماههای نخست‌وزیری جعفر شریف امامی و تمام دوران نخست‌وزیری علی امینی، اسدالله علم و حسنعلی منصور ـ قریب به چهار سال ـ رئیس ساواک بود. وی با ترور حسنعلی منصور برکنار گردید و در کابینه امیرعباس هویدا ـ 7 بهمن 1343 ـ وزیر اطلاعات و جهانگردی شد.
تحول در ساواک
با انتصاب پاکروان به ریاست ساواک دوره دوم حیات این سازمان آغاز شد. دوره ریاست بختیار بر ساواک دوران تکوین آن بود. با توجه به تحولاتی که در ساختار و تشکیلات و نیز حیطه عمل و فعالیت ساواک رخ نمود، تمام دهة 1340ش. را به عنوان دوران استقرار (دورة دوم) ساواک نام نهاده‌اند. دوره سوم یا دوران تثبیت ساواک با آغاز دهة 1350 شروع می‌شود و تا پایان دوران ریاست نصیری بر ساواک ادامه می‌یابد. نهایتاً دوران چهارم و پایانی ساواک در دوره ریاست سپهبد ناصر مقدم بر این سازمان که با گسترش حرکتهای مردمی و سقوط نهایی رژیم پهلوی توأم شد، رقم می‌خورد.
از مهمترین اولویتهای مدیریت جدید ساواک در دوران پاکروان، تصفیه زودهنگام این سازمان از طرفداران و هواداران تیمور بختیار بود. بختیار بسیاری از دوستان و همکاران سابقش را در فرمانداری نظامی و سایر رسته‌های انتظامی وارد ساواک کرده بود. نیروهای رسمی ساواک که به زحمت از چند صد تن تجاوز می‌‌کرد، وفاداری مطلقی به او داشت، به همین دلیل شاه می‌خواست پس از عزل بختیار، طرفداران او در ساواک به سرعت تصفیه شوند و در رأس مدیریتهای مهم ساواک عناصر قابل اعتمادی گمارده شوند. این مهم به حسین فردوست ـ دوست نزدیک شاه ـ سپرده شد که از حدود دو سال قبل در رأس دفتر ویژه اطلاعات خدمت می‌‌کرد و اینک با حفظ سمت پیشین، به عنوان قائم‌مقام ساواک به سرلشکر حسن پاکروان معرفی شده بود. با ورود فردوست به ساواک، تشکیلات اداری و مدیریتی این سازمان به تدریج انسجام درونی قابل توجهی یافت و در همان حال بسیاری از اعضای بلندپایه ساواک جای خود را به عناصر جدید دادند. در این میان با تصفیه و برکناری نفرات بلندپایه‌ای که روابط نزدیکی با بختیار داشتند، افراد جدیدی زمام امور را برعهده گرفتند. از جمله مهمترین کسانی که کار خود را در ساواک از دست داد سرهنگ زیبایی بود که در دوره بختیار نقش مهمی در بازجویی، شکنجه و پرونده‌سازی برای مخالفان سیاسی و مذهبی حکومت بر عهده داشت و به بختیار نیز علاقمند بود. مدیریت جدید درصدد بود القا کند که از آن پس، ساواک در برخورد با مخالفان، از روشهای خشونت‌آمیز تبعیت نخواهد کرد. مصطفی امجدی مدیر اداره کل سوم (امنیت داخلی) به رغم روابط خوبی که با بختیار داشت، تا شامگاه 15 خرداد 1342 در مقام خود باقی بود. احتمال می‌رود فردوست ـ قائم‌مقام وقت ساواک ـ به دلیل روابط نزدیکش با او و برادرش ـ سرلشکر امجدی ـ او را در این پست مهم ابقا کرده باشد. با آشکار شدن ضعف ساواک در جریان قیام 15خرداد 1342، به دستور شاه، مصطفی امجدی از مدیریت اداره کل سوم ساواک برکنار شد و فردوست، سرهنگ ناصر مقدم را که پیش از آن در دفتر ویژه اطلاعات با او همکاری می‌کرد به مدیریت اداره کل سوم ساواک معرفی نمود. سرهنگ ناصر مقدم تا 1352ش. که پرویز ثابتی مدیر اداره کل سوم ساواک شد، کماکان در این سمت باقی بود. در دوره پاکروان، فردوست ـ قائم‌مقام ـ نقش مهمی در مدیریت و سازماندهی جدید ساواک ایفا کرد.
از جمله مهمترین تحولاتی که در این برهه صورت گرفت، کناره‌گیری تدریجی مستشاران سیا از مدیریت و راهبری ساواک بود. خروج تدریجی مأموران سیا از حیطه مدیریتی و اجرایی ساواک، همزمان با ورود مأموران موساد بود.
با تمهیدات و برنامه‌ریزیهای حسین فردوست، افراد ساواک با روشهای اطلاعاتی ـ امنیتی و مدیریتی کارآمدتری آشنا شدند و شعبه‌ها و نمایندگیهای ساواک در داخل و خارج از ایران، از انسجام و کارآمدی بیشتری برخوردار شد. تعداد افراد ساواک در رسته‌های مختلف از مرز هزاران نفر گذشت و این رقم در پایان دهة 1340 و اوایل دهة 1351ش. بیش از چهار برابر شد.
سرلشکر حسن پاکروان چندان مورد توجه شاه نبود. در دوره پاکروان شاه هنوز اتکای کاملی بر ساواک نداشت. به نظر می‌رسد در این دوره چهار ساله، شهربانی در ایجاد امنیت در داخل، جایگاه مهم‌‌تری داشت. فرد قابل قبول‌تری چون نعمت‌الله نصیری بر شهربانی ریاست می‌‌کرد و روشهای خشن او بیش از هر روش دیگری مطلوب شاه بود؛ هر چند ساواک در دوران ریاست پاکروان نقش قابل‌‌توجهی در تحولات و رخدادهای کشور داشت.
بحرانهای سیاسی ـ اجتماعی دوره پاکروان
در آستانة دهة 1340ش. حکومت پهلوی دچار بحران سیاسی، اجتماعی و اقتصادی بود. در این میان نارضایتی زمامداران جدید کاخ سفید از عملکرد نظام حاکم بر کشور، بحران فزاینده موجود را مضاعف ساخته بود.
در حالی که سخت‌گیریهای سیاسی ـ اجتماعی دهة 1330ش.، آشکارا رژیم را با چالشهای جدی روبرو ساخته بود، اما شاه جز تبعیت از دیدگاهها و خواسته‌‌های سیاسی، اجتماعی و اقتصادی امریکا چاره‌ دیگری نداشت. در این برهه، شاه در ازای تثبیت مقامش در سریر سلطنت، که به شدت متزلزل بود، آماده بود هر توصیه و خواسته‌ امریکا را جامه عمل بپوشاند. امریکا نگران بود به دلیل ناتوانی رژیم پهلوی در مقابله با بحرانهای کشور، سلطه‌اش در ایران به وسیله تحولات انقلابی داخلی و یا تمهیدات خارجی با خطراتی پیش‌بینی ناشده مواجه شود. آشکار بود که امریکا برای تحکیم موقعیت خود مصمم است تمام شرایطش را به حکومت و شاه تحمیل کند و شاه نیز صرفاً با برآورده ساختن خواسته‌های این حامی قدرتمند، توانست در رأس حاکمیت بماند. در چنین شرایطی، علی امینی برای احراز پست نخست‌وزیری از سوی امریکا به شاه تحمیل شد. در همان حال، اجرای برنامه‌های اصلاحی که به انقلاب سفید موسوم شد، به سرعت در دستور کار حکومت قرار گرفت. طرحهای انقلاب سفید که از مدتها قبل توسط کارشناسان امریکایی تنظیم شده و اجرای آن تنها راه برون‌رفت رژیم پهلوی از بحرانهای گرفتار آمده تشخیص داده شده بود، به زودی پیامدهای ناگواری پیش روی رژیم نهاد. در ماههای میانی 1341ش. همزمان با آغازین ماههای نخست‌وزیری اسدالله علم، مخالفت گسترده مردم به رهبری امام خمینی(ره) انقلاب سفید را با چالشی عمیق مواجه کرد و امریکا نیز به عنوان طراح این اصلاحات، با جدیت تمام به پشتیبانی از رژیم پهلوی در برابر مخالفانش برخاست. تصویب کاپیتولاسیون در مجلس شورای ملی و سنا از مهمترین اقدامات تحمیلی امریکا بود که تا واپسین ماههای سال 1343ش. به درازا کشید و در دوره ریاست حسن پاکروان بر ساواک، سلطه امریکا بر شئون مختلف کشور مجدداً تحکیم یافت. سهم ساواک در این تحولات؛ پرسشی است که تلاش می‌شود در بحث پیش‌رو پاسخی بدان داده شود.
ساواک در تعقیب مخالفان
علی امینی در خاطراتش از این‌که دوران نخست‌وزیری او (1340 ـ 1341ش) همزمان با ریاست سرلشکر حسن پاکروان بر ساواک بود، اظهار خوشحالی می‌کند. هر چند در دوران نخست‌وزیری او، فضای نسبتاً باز سیاسی حاکم بود اما نخست‌وزیر، مخالفتهای جدی سیاسی را برنمی‌تابید و ساواک که مرحله جدیدی را تجربه می‌‌کرد، بارها در از میان برداشتن مخالفان یاریگر امینی شد. هنگامی که امینی در ماههای نخست زمامداری دستور بازداشت برخی رجال لشکری و کشوری را صادر کرد، ساواک در اجرای این دستور پیشگام دستگاههای انتظامی و امنیتی شد و با دستگیری و بازجویی بسیاری از کسانی که متهم به اقدامات خلاف سیاسی، اقتصادی و قضایی بودند، به برنامه‌های تبلیغاتی دکتر امینی یاری رساند.
جبهه ملی
در ماههای تیر و مرداد 1339، حکومت پهلوی درصدد برآمد فضای باز سیاسی کنترل شده‌ای را تجربه کند. اعضای پراکنده جبهه ملی سابق دوباره فرصتی یافتند تا با تشکیل و آغاز فعالیت جبهه ملی دوم، آمادگی خود را برای شرکت در انتخابات تابستانی دوره بیستم اعلام کنند. اما تحت فشار ساواک و دستگاههای دولتی و حکومتی، موفقیت جبهه ملی برای مشارکت در انتخابات بسیار ناچیز بود.  در حالی که جبهه ملی دوم در نیمه دوم سال 1339، جانی دوباره گرفته بود، اما ساواک به ریاست بختیار، کنترل کاملی بر رفتار اعضای این جبهه اعمال می‌کرد و ضمن نفوذ در بین اعضا و تشکیلات جبهه ملی، از شکل‌گیری هرگونه تحرک جدی بر ضد حکومت جلوگیری می‌‌کرد.
با آغاز نخست‌وزیری علی امینی، در برخوردهای ساواک با جبهه ملی نیز نرمشهای بیشتری به وجود آمد. علی امینی ضمن انتقاد از روشهای سرکوبگرانه ساواک در سالیان گذشته، وعده داد آزادیهای بیشتری برای مخالفان در نظر خواهد گرفت.  اما این وعده دوام چندانی نداشت و به دلیل اختلافات زودهنگامی که در درون جبهه ملی بروز کرد، برخورد طرفین ادامه یافت و ساواک در کنترل جبهه ملی (در شرایط تشتت درونی آن) به موفقیتهای تازه‌ای دست یافت. ساواک از اوایل سال 1340 گزارشهایی داشت که حاکی از نفوذ طرفداران حزب توده در جبهه ملی بود. به دنبال آن، تعدادی از هواداران این جبهه توسط ساواک دستگیر شدند. جبهه ملی ضمن تأیید این اقدام، به ساواک وعده داد که در آینده‌ راه نفوذ هواداران حزب توده را در جبهه ملی سد خواهد کرد.  در همان حال، آشکار شد که در درون جبهه ملی دو نگرش کلی نسبت به حکومت در حال شکل‌گیری است. گروه نخست که از واپسین ماههای سال 1339 به واسطة ساواک تماسهایی با دربار و حکومت برقرار کرده بودند، با دریافت وعده‌های اغواکننده از سوی شاه و دربار، بر ضرورت مخالفت با دولت دکتر علی امینی پای می‌فشردند. گفته می‌شد شاه وعده داده است با سقوط دولت امینی، یکی از اعضای میانه‌رو جبهه ملی نظیر اللهیار صالح را به نخست‌وزیری منصوب خواهد کرد. اما گروه دوم معتقد بود این وعده شاه، سرابی بیش نیست و به محض پشت سرگذاردن بحران سیاسی موجود، وعده‌ها از یاد خواهد رفت. با فضا‌سازیهای ساواک در ماههای فروردین و اردیبهشت 1340، رهبران جبهه ملی به طرفداران خود چنین وانمود کردند که به زودی علی امینی جای خود را به عضو بلندپایه‌ای از جبهه ملی خواهد سپرد.  ساواک در حالی که بر روند تحولات درونی جبهه ملی کنترل داشت، در 28 اردیبهشت 1340 به این جبهه اجازه داد میتینگی در میدان جلالیه تهران برگزار کند. هر چند علی امینی ـ نخست‌وزیر ـ موافقت خود را با برگزاری این میتینگ اعلام کرده بود، اما شواهد موجود نشان می‌دهد که دربار انتظار داشت نوک حمله این گردهمایی متوجه دولت امینی شود.  جبهه ملی در ماههای اردیبهشت و خرداد انشعابی بزرگ را پشت سر گذاشت و طیف مخالفان شاه، تحت عنوان نهضت آزادی ایران، تشکل تازه‌ای تشکیل دادند، اما جناح میانه‌رو جبهه ملی تحت رهبری افرادی نظیر اللهیار صالح و دکتر سحابی که به وعده‌های شاه و دربار دلخوش کرده بودند، از هر اقدامی که موقعیت شاه را در برابر امینی تضعیف کند پرهیز می‌کردند.  به همین دلیل علی امینی در اوایل خرداد 1340 به ساواک دستور داد از گسترش فعالیت جبهه ملی در کشور جلوگیری کند.
گزارشات موجود نشان می‌‌دهد که جبهه ملی تصریح می‌کرد از تز بی‌طرفی ایران در رابطه با کشورهای بزرگ طرفداری نمی‌کند و همچنان بر لزوم ادامه رابطه با امریکا و بلوک غرب تأکید دارد.  با این احوال، ساواک از بروز انشعاب در جبهه ملی و تشکیل نهضت آزادی ایران که مشی جدی‌تری در مخالفت با شاه داشت، نگران بود.  دستگاه رهبری جبهه ملی که از روند فعالیتهای سیاسی‌اش رضایت داشت، مایل بود دامنه فعالیتهایش را تا آستانه تحمل حکومت و ساواک گسترش دهد و این ساواک بود که دامنه و حیطه فعالیت آنان را رقم می‌زد.  بدین ترتیب ساواک پیوسته آنان را در حالت بیم و امید نگه می‌داشت و همچنان به ایجاد اختلاف بین جبهه ملی و سایر گروهها ادامه می‌داد. ادعای نفوذ عناصر وابسته به حزب توده در درون جبهه ملی، از مهمترین حربه‌‌هایی بود که ساواک برای کنترل این گروه از آن استفاده می‌کرد؛ تا جایی که وقتی جبهه ملی درصدد برآمد به مناسبت سالگرد قیام 30 تیر 1331 میتینگی برگزار کند، سیاست ساواک، اثر این اقدام جبهه ملی را به حداقل رسانید.
رهبران جبهه ملی که در دوره نخست‌وزیری علی امینی، با سفارت امریکا در تهران ارتباط داشتند، در گفتگو با مسئولان سفارت نسبت به وعده‌های حکومت و ساواک مبنی بر به دست گرفتن قدرت پس از سقوط دولت امینی، اظهار امیدواری می‌‌کردند. این عده ضمن آشکار دانستن فعالیت سیاسی خود، پیشنهاد می‌کردند ساواک در تمام جلسات و فعالیتهای سیاسی، اجتماعی آنان، نمایندگانی اعزام کند تا دقیقاً در جریان امور قرار گیرد.  در حالی که گزارشاتی از تلاشهای تیمور بختیار برای ارتباط با جبهه ملی وجود داشت، رهبران جبهه ملی هرگونه توافق با او را انکار می‌‌کردند و امیدوارانه از سقوط قریب‌الوقوع دولت امینی که به زعم آنان به دست آوردن پست نخست‌وزیری را در پی خواهد داشت، سخن به میان می‌آوردند.
در این میان تلاش علی امینی برای جلب همکاری و اعتماد جبهه ملی با مشکلاتی روبرو شده بود.  با حمایت جبهه ملی از دربار، علاوه براینکه موقعیت متزلزل شاه در رأس هرم قدرت در برابر علی امینی تقویت می‌شد و دولتمردان امریکایی نیز به تدریج به ضرورت تثبیت موقعیت شاه می‌اندیشیدند، طرحهای موسوم به انقلاب شاه و ملت که برنامه‌هایی امریکایی بود با مشکلات کمتری اجرا می‌شد. بر اساس توهم کسب قدرت، جبهه ملی در دوره نخست‌وزیری علی امینی از مخالفت با برنامه‌های انقلاب سفید و هر اقدامی که موقعیت شاه را تضعیف کند احتراز کرد. در حالی که جبهه ملی انتقاد چندانی متوجه دربار نمی‌کرد، روابط آن با دولت امینی به تدریج خصمانه‌تر شد و اعضای تندرو جبهه ملی خواستار برخورد شدید با امینی شدند. این روند در اول بهمن 1340 و در پی برگزاری تظاهرات گسترده دانشجویان طرفدار جبهه ملی بر ضد دولت امینی، که با سرکوب شدید نیروهای انتظامی همراه شد، به اوج رسید. در همان زمان نیز شایعاتی وجود داشت که ساواک را عامل سازماندهی این تظاهرات می‌دانست. به دنبال آن، به دستور امینی، برخی از رهبران و اعضای فعال جبهه ملی دستگیر شدند؛ در این میان رهبران میانه‌رو جبهه ملی که امیدوار بودند با سقوط دولت امینی عضوی از این جبهه جانشین او شود، ضمن دعوت به تشکیل و سازماندهی مجدد، هشدار می‌دادند که فشار بیش از حد بر دولت امینی کنترل اوضاع را از اختیار آنان و دربار خارج ساخته، موجبات روی کار آمدن دولتی نظامی را فراهم خواهد کرد. 
مأموران سیا نیز در ملاقات با اعضای جبهه ملی در سفارت امریکا، جز دعوت به آرامش سخن دیگری نداشتند.  در حالی که جناح میانه‌رو جبهه ملی با وعده‌های دربار دلخوش بودند، به دنبال توافق شاه و رهبران امریکا، در واپسین روزهای تیر 1341، علی امینی از نخست‌وزیری عزل و اسدالله علم که خود از اواخر سال 1339 واسطه ارتباط جبهه ملی با دربار شده بود، مأمور تشکیل کابینه شد. جبهه ملی نیز در ماههای میانی سال 1341، سیاست منفعلانه‌ای در پیش گرفت و آغاز جدی‌تر طرحهای انقلاب سفید در آغازین ماههای نخست‌وزیری اسدالله علم که با مخالفتهای جدی و سرسختانه علما و روحانیون مواجه شده بود، واکنش قابل توجهی از سوی جبهه ملی در پی نداشت.
جبهه ملی که همواره نگران موقعیت خود در نزد افکار عمومی، علما و روحانیون و دانشجویان بود، مراقب بود درباره طرحهای انقلاب سفید موضع موافق علنی در پیش نگیرد. با این حال ساواک، تلاش می‌کرد تا جبهه ملی را به موافقت علنی در برابر طرحهای اصلاحی انقلاب سفید وادارد. این طرحها در ماههای منتهی به برگزاری رفراندوم 6 بهمن 1341 شدت بیشتری یافت  و به دنبال برگزاری کنگره جبهه ملی در نخستین روزهای دی 1341 که با اقدامات ساواک موفقیت قابل اعتنایی کسب نکرده بود، این گروه بحران جدی را تجربه می‌کرد. ساواک به افراد خود دستور داده بود اقداماتی انجام دهند تا وابستگی جبهه ملی به حکومت، اختلافات حل ناشدنی درونی آن، چند دستگیهای رهبران آن و جاه‌طلبیهای رهبران جبهه که برای به دست گرفتن قدرت با ساواک و دربار مذاکرات پنهانی داشتند، برملا شود. عمده هدف ساواک از این طرح، بی‌اعتبار کردن جبهه ملی نزد دانشجویان، روشنفکران، بازاریان و اصناف، صاحبان مشاغل، کارمندان دولت و مردمی بود که در گوشه و کنار کشور از جبهه ملی هواداری می‌‌کردند.
در حالی که مردم مسلمان ایران به رهبری امام خمینی(ره) رژیم پهلوی و طرحهای اصلاحی انقلاب سفید را به چالش طلبیده، حکم به تحریم رفراندوم داده بودند، جبهه ملی تحت فشارهای ساواک، روز دوم بهمن 1341، طی اعلامیه‌ای گنگ با طرحهای انقلاب سفید روی موافق نشان داد و صرفاً مخالفت خود را با دیکتاتوری و خودکامگی حکومت اعلام کرد. مدت کوتاهی پس از آن و در آستانه برگزاری رفراندوم نیز اعلام کرد که با اصلاحات ارضی و دیگر بندهای اصلاحی انقلاب سفید موافقت دارد، اما دیکتاتوری را نمی‌خواهد.  اما در این میان ساواک که احساس می‌‌کرد بهره لازم را از همراهیهای چندین ماهه رهبران جبهه ملی برده است، در آستانه برگزاری رفراندوم و از روز سوم بهمن 1341 بسیاری از رهبران و اعضای فعال این جبهه و نیز نهضت آزادی را دستگیر و زندانی کرد. در حالی که به رغم مخالفتهای گسترده مردم، رفراندوم دلخواه حکومت در روز 6 بهمن 1341 برگزار شده بود، مراقبت ساواک بر مخالفان سیاسی و از جمله طرفداران جبهه ملی فزونی گرفت و در ماههای بهمن و اسفند 1341 ساواک بسیاری از مخالفان سیاسی را بازداشت کرد.  و رعب و وحشتی مثال زدنی در نقاط مختلف کشور حاکم شد.   مراقبت ساواک از اعضای فعال جبهه ملی با آغاز سال 1342ش. که همزمان با گسترش مخالفتهای علما و روحانیون با اقدامات حکومت بود، بیش از پیش شدت گرفت. 
ساواک از اعضای دستگیر شده جبهه ملی بازجوییهای مفصلی انجام داده و پرونده‌های قطوری برای آنان تدارک دید. این پرونده‌سازیها برای تحت فشار قرار دادن رهبران زندانی جبهه ملی برای همکاریهای بیشتر با ساواک و اجتناب از مخالفت با رژیم پهلوی تدارک دیده شده بود.  فشار بر جبهه ملی طی روزهای منتهی به قیام 15 خرداد 1342 افزایش یافت؛ در حالی که بحران سیاسی از برخورد قریب‌الوقوع علما با رژیم پهلوی حکایت می‌کرد، ساواک در تلاش بود از مخالفت جبهه ملی با طرحهای انقلاب سفید جلوگیری کند. اسناد موجود نشان می‌‌دهد که در آستانه قیام 15 خرداد 1342 علاوه بر اجزای زندانی جبهه ملی، اعضای برجسته این جبهه در بیرون از زندان نیز درباره تأیید طرحهای انقلاب سفید و عدم حمایت از قیام اسلام‌گرایان بر ضد حکومت، به ساواک قول مساعد داده بودند.  برخی از اعضای برجسته جبهه ملی در آستانه قیام 15 خرداد از سوی ساواک احضار شدند و اطمینان دادند که مخالفت روحانیون را بر ضد رژیم پهلوی تأیید نخواهند کرد. در همان حال، رهبران این جبهه، دانشجویان مخالف حکومت را نیز که علاوه بر همدلی با جبهه ملی با قیام 15 خرداد نیز همدلی نشان می‌دادند، از مشارکت در قیام 15 خرداد برحذر داشتند، اما بسیاری از دانشجویان، هشدار جبهه ملی و ساواک را نادیده گرفته و با قیام 15 خرداد همراه شدند.  اللهیار صالح رهبر زندانی جبهه ملی، پس از آزادی از زندان، هرگونه ارتباط جبهه ملی با قیام 15 خرداد و مخالفت با اصلاحات موسوم به انقلاب سفید را مردود اعلام کرد.
از اردیبهشت 1342، پاکروان و برخی از مدیران ارشد ساواک چون سرهنگ ناصر مقدم ـ مدیرکل اداره کل سوم ـ و سرهنگ جناب، با رهبران زندانی جبهه ملی نظیر اللهیار صالح مذاکراتی دربارة  شرایط آزادی از زندان آغاز کردند و با برخی وعده‌هایی که طرفین به یکدیگر می‌دادند، به تدریج دانشجویان زندانی طرفدار جبهه ملی آزاد شدند، اما رهبران جبهه ملی، در حالی که به مذاکرات خود با ساواک ادامه می‌دادند، تا روزهای میانی شهریور 1342 آزادی خود را باز نیافتند. در آن هنگام رژیم پهلوی با سرکوب قیام 15 خرداد 1342 آماده بود تا رهبران زندانی جبهه ملی را که دیگر در برابر قدرت نهایی ساواک خلع سلاح شده بودند از زندان آزاد کند.  در روزهای نخست شهریور 1342، ساواک در گزارشی از زندان، روحیه رهبران زندانی جبهه ملی را «ضعیف و خراب» توصیف می‌‌‌کند و تصریح می‌کند که گسترش اختلافات درونی و کدورتهای شخصی، بحران روحی آنان را مضاعف کرده است.  ساواک که از واپسین ماههای سال 1339 بازی خیره‌کننده‌ای با سران جبهه ملی آغاز کرده و پس از حدود 5/2 سال به نتایج دلخواه رسیده بود، از 13 شهریور 1342 موجبات رهایی آنان را فراهم آورد.  اللهیار صالح، رهبر جبهه ملی دوم، که پس از آزادی از زندان دیگر رمقی برای مخالفت احتمالی با رژیم پهلوی و ساواک در خود احساس نمی‌کرد، با اجتناب از تأیید قیام 15 خرداد تصریح کرد که در شرایط موجود امکان هرگونه فعالیت سیاسی از میان رفته و ضرورت در پیش گرفتن سیاست صبر و انتظار را به اعضای از هم پاشیده جبهه ملی دوم پیشنهاد داد.  در ماههای مهر و آبان 1342، اختلاف سران به شدت متزلزل جبهه ملی دوم باز هم فزونی گرفت و بسیاری از هواداران این گروه اعتماد خود را نسبت به رهبران آن از دست دادند. اللهیار صالح که از سر استیصال به دنبال یافتن جانشینی برای خود بود در ملاقات با افراد سفارت امریکا در تهران، فشار ساواک را بر جبهه ملی علت اصلی درماندگی آن دانست و تصریح کرد که پاکروان رئیس ساواک به او هشدار داده که اگر مخالفت با حکومت را ادامه دهند، پرونده‌های رهبران و بیش از سه هزار نفر از هواداران جبهه ملی بار دیگر به جریان خواهد افتاد. صالح، اظهار کرد که اقدامات حساب شده ساواک امکان هرگونه ابتکار عمل و فعالیت سیاسی را از جبهه ملی سلب کرده است.  در حالی که جبهه ملی دوم تحت فشارهای ساواک از هم فروپاشیده و رهبران آن به دنبال مفرّی برای رهایی از مشکلات مبتلا‌به بودند، بسیاری از دانشجویان و سایر هواداران این تشکل که خود نیز تحت فشار ساواک قرار داشتند، نومیدانه در پی بازسازی دوباره جبهه ملی دوم و یافتن راههای جایگزین دیگری برای ادامه مخالفت با حکومت بودند. اما جبهه ملی در سراسر سال 1342 کماکان منفعل باقی ماند.  در سال 1343 به دلیل سیاستهای ساواک، به جز برخی کر و فرهای پراکنده که هیچ‌گاه از چشم ساواک نیز دور نمی‌‌ماند، شاهد فعالیت سیاسی قابل اعتنایی از سوی جبهه ملی نیستیم. در نشستهای خانگی و خصوصی برخی اعضای این تشکل به شدت منفعل و فروپاشیده، به ندرت سخنی از تحولات سیاسی ـ اجتماعی بر زبان رانده می‌شد. با این احوال برخی از اعضای تندروتر جبهه ملی تلاشهایی برای بازسازی آن انجام دادند. در 1344، جبهه ملی سوم در فضایی نومیدکننده اعلام موجودیت کرد، اما در شرایطی که رژیم پهلوی پس از حوادث خونین سالهای 1341 ـ 1343ش. رعب و وحشتی مثال‌زدنی در کشور حاکم کرده بود، جبهه ملی دیگر هیچ‌گاه نتوانست در تحولات سیاسی ـ اجتماعی کشور تأثیر قابل اعتنایی بر جای بگذارد.
نهضت آزادی ایران
از همان سالهای پس از کودتا و تشکیل نهضت مقاومت ملی، اختلافاتی در نگرشهای سیاسی ـ مذهبی رهبران و اعضای فعال آن وجود داشت. اما به دلیل شرایط سخت سیاسی دهة 1330 و سیاست خشنی که توسط حکومت متوجه مخالفان بود، این اختلافات مجالی برای بروز و ظهور نیافت. با تشکیل جبهه ملی دوم در تابستان 1339، هنوز رهبران و اعضای برجسته آن بر ضرورت ایجاد تشکل واحد می‌اندیشیدند. اما این روند دوامی نیافت و با نفوذ زودهنگام ساواک، جبهه تازه تأسیس شده دوم که با گرایش برخی از چهره‌های میانه‌رو دستگاه رهبری به سوی دربار همراه بود، جناح مذهبی جبهه ملی راه انشعاب در پیش گرفت. به همت افرادی چون آیت‌الله طالقانی، آیت‌الله زنجانی و مهندس مهدی بازرگان، در واپسین روزهای اردیبهشت 1340 نهضت آزادی ایران تشکیل شد. نهضت آزادی ایران برخلاف رهبران جبهه ملی دوم، آموزه‌های دینی را الهام‌بخش مبارزات سیاسی خود می‌دانست و در عین حال بر این اعتقاد بود که نوک حمله مبارزه سیاسی بیش از هر کس باید شاه را نشانه رود که برخلاف نظام مشروطه، سلطنت و حکومت را توأمان از آن خود ساخته است. 
ساواک از همان آغاز در تلاش بود از اختلاف میان نهضت آزادی و جبهه ملی به سود حکومت بهره‌ برد و به سخنان مهدی بازرگان استناد کرد که معتقد است اعضای جبهه ملی دوم این تشکل را وسیله‌ای برای مقاصد شخصی خود قرار داده و ضمن بی‌توجهی به دیدگاههای مصدق به دنبال کسب امتیازات سیاسی و غیره از دربار و حکومت هستند.  اعضای بلندپایه جبهه ملی دوم هم که علاوه بر ساواک و دربار با سفارت امریکا در تهران روابط نزدیکی داشتند روش سیاسی نهضت جدیدالتأسیس آزادی را نکوهش می‌کردند.  در همان حال ساواک هم که از مشی نهضت آزادی بر ضد حکومت بیمناک بود، رهبران آن را در کنترل داشت و پرونده‌های اتهامی اعضای برجسته نهضت آزادی را که از سالهای پس از کودتای 28 مرداد تشکیل شده بود بار دیگر گشود.  در دوره نخست‌وزیری علی امینی، نهضت آزادی بیشترین انتقادات را متوجه دربار و حکومت کرد و برخلاف جبهه ملی به وعده‌های حکومت تن در نداد. با آغاز نخست‌وزیری اسدالله علم و آغاز نهضت روحانیون بر ضد برنامه‌های انقلاب سفید، نهضت آزادی بیش از پیش تحت مراقبتهای ساواک قرار گرفت. آیت‌الله سیدمحمود طالقانی بیش از سایر اعضای این تشکل تحت تعقیب و مراقبت ساواک قرار داشت. ساواک که تمام فعالیتهای سیاسی و منابر و سخنرانیهای او را در مسجد هدایت و سایر مراکز تحت‌نظر داشت، در جلوگیری از اقدامات او با حکومت با مشکل روبرو بود.  تذکرات و هشدارهای ساواک مبنی بر خودداری وی از انتقاد و اعتراض به اوضاع سیاسی ـ اجتماعی کشور، به جایی نمی‌رسید. ساواک در 30 تیر 1340 وی را برای مدت کوتاهی دستگیر و سپس آزاد کرد؛ اما در اواسط مهر 1340 از ناتوانی‌اش در جلوگیری از فعالیتهای سیاسی ضدحکومتی او سخن رانده و به ضرورت برخورد خشن‌تر با وی پای فشرد.  البته احضارها و تذکرات متعدد ساواک در دوره نخست‌وزیری علی امینی، نتوانست آیت‌الله طالقانی را در مبارزه با حکومت باز دارد.  با آغاز نخست‌وزیری علم، فشار ساواک بر آیت‌الله طالقانی فزونی گرفت و برای منابر و سخنرانیهای ایشان در مسجد هدایت و غیره محدودیتهای بیشتری به وجود آمد.  با این احوال، مخالفت آیت‌الله طالقانی با حکومت کماکان ادامه یافت و در آستانه برگزاری رفراندوم 6 بهمن 1341 در مسجد همت تجریش سخنرانی شدیداللحنی بر ضد رژیم پهلوی و انقلاب سفید ایراد کرد. وی در این سخنرانی ضمن حمله به حکومت، طرح رژیم را برای برگزاری رفراندوم نکوهش کرده و هیئت حاکمه را فاسد و دروغگو خواند؛ همچنین روشهای خشن ساواک را در برخورد با مخالفان سیاسی و از میان برداشتن آزادیهای مصرح در قانون اساسی، به شدت محکوم کرد. ساواک در گزارش خود از همکاری و ارتباط نزدیک آیت‌الله طالقانی با مبارزات امام خمینی و علما سخن به میان ‌آورده و نسبت به اثرات سوء ادامه چنین فعالیتهایی هشدار می‌دهد.
در 3 بهمن 1341، نهضت آزادی ایران در اعلامیه‌ای شدیداللحن تحت عنوان «ایران در آستانه یک انقلاب بزرگ» انقلاب سفید شاه را به باد انتقاد گرفته و آن را «توطئه‌ای به وسیله بیگانگان علیه ملت ایران» ارزیابی کرد و مخالفت خود را با برگزاری رفراندوم پیش رو (6 بهمن 1341) اعلام کرد. به دنبال این موضع‌گیری، ساواک روز چهارم بهمن 1341 بسیاری از رهبران و اعضای فعال نهضت آزادی را دستگیر و روانه زندانهای قزل‌قلعه و قصر کرد. آیت‌الله طالقانی، مهندس مهدی بازرگان و دکتر یدالله سحابی در صدر بازداشت شدگان نهضت آزادی قرار داشتند.  به دنبال آن، در سال 1342 ساواک بر مجموعه فعالیتهای اعضای بازداشت شده نهضت آزادی ایران نظارت می‌کرد. البته به رغم تمام فشارها، هر از گاه اعلامیه‌های مخفی به نام نهضت آزادی ایران در کشور منتشر می‌شد و در آن سیاستهای رژیم پهلوی و ددمنشیهای ساواک محکوم می‌شد.  در اوایل خرداد 1342، فشار بر نهضت آزادی شدت یافت و با کشف چاپخانه مخفی آنان، برخی از فعالان نهضت آزادی دستگیر و روانه زندان شدند.  ساواک در روز 12خرداد 1342، آیت‌الله طالقانی را از زندان آزاد کرد، تا شاید موج مخالفت‌ را مهار کند و از سوی دیگر در صف مخالفان حکومت اختلاف اندازد. اما چنانکه از گزارشات ساواک برمی‌آید، آیت‌الله طالقانی مدت کوتاهی پس از آزادی، با نهضتی که به رهبری امام خمینی(ره) در حال اوج‌گیری بود، همراه شد و آشکارا از آن حمایت نمود.  در ادامه سیاستهای حکومت و پس از قیام 15 خرداد 1342، آیت‌الله طالقانی به همراه چند تن دیگر از اعضای نهضت آزادی ایران، بار دیگر ـ 6 تیر 1342 ـ دستگیر شدند.
در قیام 15 خرداد و روزهای پس از آن، نهضت آزادی ایران اعلامیه‌های تند دیگری در محکومیت کشتار 15 خرداد و حمایت از نهضت امام خمینی(ره) منتشر کرد.  از اواخر خرداد 1342، ساواک ضمن بازجویی از اعضای زندانی نهضت آزادی، تلاشهایی برای دلجویی و جلوگیری از ادامه مخالفت آنان با حکومت انجام داد. از جمله، افرادی چون پاکروان و مقدم، ملاقاتهای مکرری با سران نهضت آزادی در زندان انجام دادند و این ملاقات و دید و بازدیدهای علی‌الظاهر آشتی‌جویانه در تمام تابستان 1342 ادامه یافت.  اما روند مذاکرات نتیجه دلخواه ساواک را به دنبال نداشت و اعلامیه نهضت آزادی ایران در 8 شهریور 1342 در تحریم انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی و حملات تندی که به اقدامات ساواک و حکومت شده بود، ساواک را از هرگونه مصالحه با رهبران نهضت آزادی ناامید ساخت.  بدین ترتیب با پرونده‌سازیهای ساواک، اعضای متهم نهضت آزادی آماده محاکمه شدند.  اسناد و گزارشات موجود نشان می‌‌دهد که برخی از زندانیان نهضت آزادی در جریان پرونده‌سازیهای ساواک شکنجه‌های شدیدی نیز متحمل شدند. 
هنگامی که پرونده‌سازی ساواک برای متهمان نهضت آزادی به مرحله نهایی رسید، دادگاه نظامی در اول آبان 1342 محاکمه را آغاز کرد. پس از حدود 31 جلسه محاکمه، در 16 دی 1342، دادگاه بدوی، آیت‌الله طالقانی و مهندس مهدی بازرگان را هر یک به ده سال و بقیه متهمین را به حبسهایی تا 6 سال محکوم کرد و دادگاه تجدیدنظر نیز در 16 تیر 1343 حکم دادگاه بدوی را تأیید کرد.  پس از محاکمه و صدور حکم محکومیت برای اعضای برجسته نهضت آزادی ایران، ساواک به مراقبتهای خود از هواداران و اعضای نهضت آزادی افزود و برای جلوگیری از ارتباط این تشکل با علما و روحانیون مخالف حکومت تمهیداتی اندیشید.  از جمله اقدامات ساواک در جریان برگزاری جلسات محاکمه اعضای نهضت آزادی، پرونده‌‌سازی برای برخی از وکلای مدافعی بود که هنگام دادرسی، با متهمین همدلیهایی نشان داده و دفاعیات اصولی‌تری کرده بودند. این وکلای به اصطلاح خاطی، بعدها دستگیر، محاکمه و به حبسهایی بیش از یک سال محکوم شدند.  پس از محاکمه و تأیید حکم زندان اعضای بلندپایه نهضت آزادی، ساواک نسبت به پایان فعالیتهای نهضت آزادی امید فراوانی داشت و قراین موجود از کاهش شدید فعالیت نهضت آزادی در آن دوره حکایت دارد. 
ساواک و عشایر فارس
بسیاری از عشایر ایران با سلسله پهلوی خصومتی تاریخی داشتند و از دوران سلطنت رضاشاه برخوردهای خشنی بین آنها روی داده بود. در سالهای دهه 1320 و 1330ش. عشایر از سوی حکومت مورد بی‌مهری قرار گرفته و اجحافاتی متوجه آنان می‌شد. بدرفتاری کارگزاران کشوری و لشکری و فشارهای عدیده اقتصادی و معیشتی و فرهنگی در تمام سالهای منتهی به دهه 1340 متوجه عشایر بود. با تأسیس و آغاز فعالیت ساواک، طرحهای گسترده‌ای برای کنترل عشایر و نفوذ پیدا و پنهان در جامعه عشایری در دستور کار رؤسای ساواک و حکومت قرار گرفت. در این میان عشایر مناطق جنوبی، مرکزی و غربی کشور در اولویت طرحهای ساواک قرار گرفتند.  هم‌زمان با برنامه‌های اصلاحات ارضی در آغاز دهة 1340، حضور ساواک در مناطق عشایری که بسیاری از رؤسای آن اراضی کشاورزی قابل توجهی در اختیار داشته و از بزرگ مالکان محسوب می‌شدند، چشمگیر شد. در این میان عشایر و بزرگ مالکان فارس که اراضی‌شان در معرض طرحهای اصلاحات ارضی قرار گرفته بود، پیشگام مخالفت با حکومت شدند. در حالی که ارتباطاتی هم با مخالفان سیاسی ـ مذهبی حکومت و به‌ویژه علما و روحانیون در استان فارس و تهران و قم برقرار کرده بودند، خود را برای برخورد احتمالی با حکومت آماده می‌کردند. مأموران ساواک از آغاز سال 1341 طی گزارشاتی نسبت به روند رو به گسترش بحران و ناآرامیها در میان عشایر فارس که ادامه آن تا خوزستان نیز کشیده می‌شد هشدارهایی به اولیای حکومت می‌دادند.  با قتل مشکوک مهندس ملک‌ عابدی در سال 1341 در تنگ‌آب فیروز فارس که به منظور اجرای برنامه اصلاحات ارضی عازم استان فارس بود، بحران گسترش یافت. به دنبال آن واحدهای نظامی متعددی برای سرکوب مخالفان به استان فارس اعزام شدند. با این احوال، مقاومت عشایر فارس حکومت مرکزی را تا مدتها مستأصل کرد. عشایر به‌ویژه در بویراحمد سفلی و علیا، کوه‌مره سرخی و نیز هسته‌هایی از عشایر موصلو در رأس مخالفان عشایری حکومت قرار داشتند. هم‌زمان با حضور نیروهای نظامی، مأموران بسیاری نیز از ساواک در مناطق بحران‌زده حضور داشته و ضمن تلاش برای ایجاد اختلاف و چند دستگی میان مخالفان، تحولات سیاسی ـ نظامی و امنیتی منطقه را برای اخذ تصمیمات مقتضی به مسئولان امر گزارش می‌کردند.  در همان حال ارتباطات سران عشایر با علما و روحانیون فارس و شیراز، همواره از سوی مأموران ساواک ردیابی شده و تلاشهایی برای گسست اینگونه روابط صورت می‌گرفت.
سرلشکر حسن پاکروان در روزهای پایانی سرکوب ناآرامیهای عشایری در اردیبهشت 1342، از منطقه بحرانی فارس بازدید کرد و با مسئولان نظامی و سیاسی منطقه مذاکراتی انجام داد.  ساواک در کنترل اطلاعاتی عشایر از وجود جاسوسانی متعدد بهره می‌برد که در مناطق عشایری فارس حضور داشتند و تحرکات نظامی عشایر و ارتباطات آنان با دیگر مخالفان حکومت را ردیابی می‌کردند.  در آستانه سرکوب نهایی عشایر، به دستور پاکروان رئیس ساواک، بسیاری از خوانین و رؤسای ایلات و عشایر فارس که با شورشیان همدلی کرده بودند و احتمال مشارکت آنان در تحرکات ضدحکومتی می‌رفت، دستگیر شدند. به برخی از رؤسای سرشناس ایلات و عشایر نیز که علی‌الظاهر هنوز مخالفتی با حکومت ابراز نکرده بودند، وعده‌هایی درباره تأمین امنیت از سوی ساواک داده شد و نیز ساواک به اولیای امور هشدار داد که کارگزاران دولتی و عوامل نظامی بحران‌آفرین در منطقه را از سمتهایشان برکنار سازند. تیر 1342، عشایر مخالف، با هجوم گسترده نیروهای نظامی سرکوب شدند و ساواک برای برقراری مجدد امنیت و شناسایی و دستگیری مخالفان، مدتها در مناطق عشایری فارس و نواحی همجوار حضور داشت. 
پس از سرکوب شورش عشایر، در سالهای 1342 ـ 1343 ساواک بر طرحهای اطلاعاتی ـ امنیتی خود در منطقه عشایری کشور در فارس و جنوب افزود. با سرکوب برخی تحرکات قشقاییها (1343 ـ 1344)، شورش عشایری مهم دیگری در این منطقه وجود نداشت.
نهضت امام خمینی(ره)
از همان واپسین روزهای حیات حضرت آیت‌الله العظمی بروجردی، ساواک مراقبتهای خود را بر مراکز دینی و حوزوی با حساسیت بیشتری پی گرفت. ساواک و حکومت نگران تبعات پیش‌بینی نشده ناشی از احتمال فقدان آیت‌الله بروجردی بودند. به همین دلیل مأموران ساواک در تهران و سایر شهرهای بزرگ، هرگونه واکنش علما و شیعیان ایران را نسبت به آیت‌الله بروجردی و موضوع مرجعیت پس از ایشان به دقت بررسی می‌‌کردند. حکومت که امیدوار بود پس از درگذشت آیت‌الله بروجردی طرحهای انقلاب سفید را چنانکه دلخواه امریکا بود اجرا کند، در تلاش بود در موضوع انتخاب مرجع آتی، خود را دخیل کرده و از مطرح شدن مراجعی که بیم مخالفت آنان با حکومت و طرحهای در دست اجرایش وجود داشت، جلوگیری کند. به همین دلیل، بلافاصله پس از رحلت آیت‌الله بروجردی، ساواک در تمام مساجد، تکایا و مراکزی که به مناسبت رحلت ایشان، مراسم ختم و عزاداری برگزار شده بود، حضور یافت و با هماهنگی نیروهای انتظامی و پلیس و نیز دوایر دولتی و حکومتی، طرحهای خود را اجرا کرد.  نمایندگانی از طرف دربار و شاه که از سوی ساواک هدایت می‌‌شدند، در تمام مراحل دفن، عزاداری و ختم آیت‌الله بروجردی حاضر بودند تا چنین القا کنند که شاه موضوع مرجعیت جهان تشیع را با علاقمندی تمام دنبال می‌کند.  شاه بلافاصله پس از رحلت آیت‌الله بروجردی، با ارسال تلگراف تسلیت خطاب به آیت‌الله حکیم در نجف، قصد داشت مرجعیت شیعیان را از ایران به خارج از مرزهای کشور منتقل کند و امیدوار بود که مرجع آتی (برخلاف آیت‌الله بروجردی) بر سر راه حکومت او مانع کمتری ایجاد کند. این در حالی بود که پس از رحلت آیت‌الله بروجردی، برخی نشریات کشور ضمن درج نام علمایی که احتمال مرجعیت آنان می‌رفت، از امام خمینی نیز یاد ِ‌کردند.
حکومت پهلوی و ساواک تصور می‌کردند که با انتقال مرجعیت از ایران به خارج از مرزهای کشور، علما و روحانیون دیگر امکانی برای مخالفت و مبارزه با حکومت نخواهند داشت. امام(ره) در آن دوره تمایلی به مطرح شدن نامشان در ردیف مراجع نشان نمی‌داد و این عقیده را خود صریحاً به اطرافیان گوشزد کرده بود. امام(ره)، برای جلوگیری از به وجود آمدن هر شائبه‌ای، حتی در مراسم تشییع پیکر آیت‌الله بروجردی نیز حضور نیافت.  اما روند حوادث چنانکه دلخواه ساواک و حکومت بود پیش نرفت و علما و روحانیون ایران با پشتیبانی مردم، ابتکار مبارزه با طرحهای امریکایی را به دست گرفتند. این مهم با پایان نخست‌وزیری علی امینی و روی کار آمدن اسدالله علم هم‌زمان شد که مصمم بود با سرکوب مخالفان، موجبات تثبیت و تحکیم موقعیت متزلزل شاه را در رأس هرم قدرت فراهم آورد. ساواک در شهرهای مذهبی نظیر قم، تحولات اجتماعی و رفتار سیاسی علما و روحانیون را با حساسیت بیشتری دنبال می‌کرد. ساواک در خرداد 1341 که مقارن با ایام عزاداری محرم و صفر بود، به عوامل خود دستور داد ضمن مراقبت از علما، روحانیون و وعاظ مخالف حکومت، به وعاظ و روحانیون طرفدار رژیم پهلوی هشدار دهند که سخنی خلاف حکومت و طرحهایش بر زبان نرانند.
انقلاب سفید
با انتصاب اسدالله علم به نخست‌وزیری و قصد حکومت برای اجرای جدی‌تر طرح انقلاب سفید، کنترل ساواک بر مخالفان فزونی یافت و رفتار علما و روحانیون و واکنش احتمالی آنان در قبال برنامه‌های جدید حکومت با حساسیت و دقت بیشتری مورد توجه قرار گرفت.  تصویب لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی و تغییر موادی از قانون انتخابات (که نقض صریح قانون اساسی و مشروطیت بود) و به رغم تمهیدات امنیتی گسترده ساواک، با مخالفت جدی علما و روحانیون مواجه شد. در این میان، امام خمینی(ره) با برشمردن مضار این تصویب‌نامه، به دولت وقت انتقاد کرده و خواستار لغو آن شد؛ نیز تعداد زیادی از علما و طلاب، طی اقدامی هماهنگ، نسبت به لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی اعتراض کرده، حکومت را با بحرانی فراگیر مواجه ساختند.  کنترل اوضاع از دست ساواک و سایر دستگاههای امنیتی و انتظامی خارج شد. علما و روحانیون در بسیاری از شهرها از تصویب لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی به صراحت انتقاد می‌کردند و مأموران ساواک به ندرت توانستند معترضین را از مخالفت باز دارند. در همان حال عناصری از ساواک در ملاقات با برخی علما و روحانیون صاحب نفوذ، تلاش می‌کردند تا چنین القا کنند که لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی تعارضی با قوانین موضوعه و اساسی کشور ندارد و حکومت در دفاع از شعائر دینی و اسلامی جدیتی تام دارد.  ساواک برای ایجاد اختلاف بین علما و روحانیون و نیز فریب مخالفان، به اقدام دیگری نیز دست زد. نمایندگانی به ملاقات برخی علما فرستاده شدند تا چنین القا کنند که حکومت موضوع انجمنهای ایالتی و ولایتی را به این دلیل با سر و صدای زیاد مطرح کرده که مخالفت علما را از موضوع مهم اصلاحات ارضی به جای دیگری منحرف کند و برنامه اصلاحات ارضی بدون مخالفت جدی اجرا شود. ساواک قصد داشت با این گونه تحلیلهای ناروا، علما را در برابر مردم قرار داده و آنان را طرفدار بزرگ مالکان، خوانین و مخالف مردم محروم کشور قلمداد کند.  با درایت امام خمینی(ره) مخالفت با لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی با جدیت دنبال شد و به عقب‌نشینی دولت و حکومت انجامید. نهایتاً در 5 آذر 1341 علم ـ نخست‌وزیرـ این لایحه را ملغی اعلام کرد.  با این حال حکومت کوشید از تبعات سوء احتمالی این عقب‌نشینی آشکار در برابر مخالفان جلوگیری شود. در همین راستا مأموران ساواک علمای مخالف حکومت را تحت‌نظر گرفتند و تلاش زیادی صورت گرفت تا چنین وانمود شود که لغو لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی اقدامی داوطلبانه از سوی دولت و حکومت بوده و مخالفت روحانیون تأثیری در این اقدام دولت نداشته است.  دولت، تحت فشار امریکا، بر آن شد تا اصلاحات انقلاب سفید را به رفراندوم عمومی بگذارد و ساواک برای جلوگیری از مخالفتهای عمومی و برگزاری موفق این رفراندوم در تلاش بود. سرلشکر حسن پاکروان برای جلوگیری از مخالفت علما و روحانیون، در آستانه برگزاری رفراندوم، با برخی از علما دیدار و گفتگو کرد و ضمن تشریح مفاد برنامه‌های اصلاحات انقلاب سفید اجرای آن را به نفع جامعه ایرانی و مردم مسلمان کشور ارزیابی کرد. پاکروان با امام خمینی که اینک رهبری او در مخالفت با حکومت آشکار شده بود، ملاقات کرد تا نظر مساعد ایشان را نسبت به برگزاری رفراندوم 6 بهمن 1341 جلب کند، اما پاسخ امام خمینی منفی بود.  با این حال ساواک از پای ننشست. پاکروان طی دستورالعملهایی، از شعب و نمایندگیهای ساواک در شهرهای مختلف کشور خواست برای تشویق مردم به شرکت در رفراندوم و سکوت مخالفان از هیچ‌ اقدامی فرونگذارند.
امام(ره) در روز 2 بهمن 1341 طی اعلامیه‌ای برگزاری رفراندوم را برخلاف قانون اساسی و عملی اجباری ارزیابی کرده و آن را تحریم کرد. به دنبال آن علما و روحانیون بسیاری در شهرهای مختلف و به‌ویژه در تهران و قم، از نظر ایشان تبعیت کرده و از تحریم رفراندوم حمایت کردند. در حالی که ساواک اوضاع را به شدت تحت کنترل داشت، شاه در روز چهارم بهمن 1341 برای قدرت‌نمایی در برابر مخالفان رفراندوم، وارد قم شد. اما برخلاف انتظار با واکنش سرد مردم شهر و نیز بی‌‌توجهی علما و روحانیون مواجه شد و پس از ایراد یک سخنرانی سراسر اهانت‌آمیز به روحانیت، شهر را ترک کرد.  شایع شد که در جلسه‌ سخنرانی شاه در قم، با تمهیدات ساواک، برخی از مأموران و کارگزاران حکومتی لباس روحانیت را بر تن کرده بودند تا چنین وانمود شود که حوزه علمیه قم از مسافرت شاه به قم استقبال کرده است. اما ساواک که نتوانسته بود با توسل به راههای مسالمت‌آمیز علما و روحانیون را از مخالفت با رفراندوم باز دارد، در روزهای منتهی به برگزاری رفراندوم به خشونت متوسل شد و همگام با سرکوب دانشجویان و گروههای سیاسی مخالف رفراندوم، به ضرب و شتم بسیاری از طلاب و روحانیون مخالف در تهران، قم و سایر شهرهای کشور دست زده و بسیاری را دستگیر کرد. مراکز تجمع و سخنرانی در مساجد و تکایا و نظایر آن تحت محاصره قرار گرفته و سیاست دهشت‌آفرینی در پیش گرفته شد. با توسل به برخی روحانیون موافق حکومت، تلاشهای ناموفقی نیز در ایجاد اختلاف میان مخالفان رفراندوم انجام شد.  ساواک، به نشریات و روزنامه‌های تهران و شهرستانها دستور می‌‌داد مطالب و مقالاتی در نکوهش مخالفان رفراندوم درج کنند و مردم را به ضرورت شرکت در انتخابات ترغیب و تشویق کنند؛ در ضمن چنین وانمود سازند که فقط بخش کوچکی از علما و جامعه دینی و حوزوی با رفراندوم مخالفت کرده است.  یک روز پس از تحریم رفراندوم از سوی امام خمینی، سرلشکر حسن پاکروان ـ رئیس ساواک ـ در روز سوم بهمن 1341 طی بخشنامه‌ای به ساواک شهرهای مختلف و به‌ویژه ساواک قم دستور داد برای جلوگیری از هرگونه مخالفتی در روند برگزاری رفراندوم بکوشند.
علاوه بر آن، ساواک طی روزهای سوم تا پنجم بهمن در شهرهای مختلف، به‌ویژه قم و تهران مجالس سخنرانی بر ضد مخالفان رفراندوم و در موافقت با برنامه‌های انقلاب سفید برگزار کرد و موجبات درگیری آنان را با مخالفان حکومت فراهم آورد. برنامه‌های تبلیغی بسیاری در نشریات و رادیو و تلویزیون به حمایت از انقلاب سفید به راه افتاد.  ساواک طی روزهای منتهی به برگزاری رفراندوم، عوامل و افراد خود را در شهرهای بزرگ، به‌ویژه تهران و قم بسیج کرد تا با توسل به زور، مغازه‌های مخالفین رفراندوم را باز کنند و از تعطیلی بازار و سکوتی که بر شهرها حاکم شده بود جلوگیری کنند. گفته می‌شود در جریان این گونه اقدامات، مهاجمین به غارت مغازه‌ها دست زدند، اما نتایج حاصله مشکلات را حل نکرد و مطلوب ساواک نبود.  بالاخره در 6 بهمن 1341 و در حالی که تدابیر امنیتی و پلیسی شدیدی در سراسر کشور حاکم بود و مخالفان سیاسی ـ مذهبی حکومت (علما، روحانیون، اسلام‌گرایان، نهضت آزادی، عشایر و...) با توسل به خشونت و رعب و وحشت تحت فشار قرار گرفته بودند، رفراندوم دلخواه حکومت برگزار شد. به رغم تبلیغات حکومت، مردم بسیاری در رفراندوم شرکت نکردند. در همان حال بسیاری از رأی‌دهندگان نیز در فضای رعب‌آوری که ساواک و دیگر نیروهای حکومت ایجاد کرده بودند اجباراً و از روی ترس در پای صندوقهای رأی حاضر شدند. در روز رأی‌گیری، سایه سنگین حضور ساواک در نقاط مختلف کشور به چشم می‌خورد. ساواک که در روز رأی‌گیری تمهیدات امنیتی ـ پلیسی گسترده‌ای اندیشیده بود، با هماهنگی سایر دوایر حکومتی و دولتی، طرفداران حکومت را با وسایل نقلیه عمومی به حوزه‌های رأی‌گیری منتقل می‌کرد و با تبلیغات گسترده‌، حضور به اصطلاح چشمگیر مردم را در انتخابات نمایش می‌داد. این در حالی بود که شواهد موجود نشان می‌داد بسیاری از حوزه‌های رأی‌گیری در شهرهای بزرگی چون تهران و قم خالی از رأی‌دهندگان بود و فضای شهرها به شدت غیرعادی و رعب‌آلود می‌نمود.  گفته شده که ساواک به کارمندان و کارکنان دوایر دولتی تفهیم کرده بود که اگر در رفراندوم شرکت نکنند، نمی‌توانند به دریافت حقوق ماه آتی امیدوار باشند. همچنین بخشنامه‌ای صادر شده بود که حقوق ماه بعد با ارائه تعرفه انتخابات داده می‌شود.  روز پس از برگزاری رفراندوم که هم‌زمان با آغاز ماه رمضان بود، ساواک کنترل‌شدید‌تری اعمال ‌‌کرد و به تمام شعب خود دستور داد با هماهنگی مقامات سیاسی ـ اداری محلی، علما و روحانیون مخالف را به سرعت دستگیر کنند و به وعاظ هشدار دهند در سخنرانیها و منابر سخنی در مخالفت با حکومت بر زبان نیاورند.  ساواک دستور داشت مفادی از تصویب‌نامه‌‌های رفراندوم 6 بهمن 1341 را با کمک کارشناسان امر با موازین شرعی و دینی مطابقت داده و در بین مردم منتشر کند و نیز نسخه‌هایی از آن را برای علما و روحانیون شیعه در عراق و سایر مناطق جهان ارسال دارد.
بدین ترتیب سال 1341 در حالی به پایان رسید که ساواک رعب و وحشتی تام در کشور ایجاد کرده بود و علما و روحانیون مخالف حکومت، سخت تحت فشار قرار گرفته و بسیاری از آنان مورد ضرب و شتم قرار گرفته و راهی زندان شده بودند. با این احوال، فضای سیاسی ـ اجتماعی کشور برخلاف انتظار ساواک و حکومت به سوی ناآرامیهای بیشتر سیر می‌کرد و مخالفان خود را برای برخوردهای قهرآمیزتری آماده می‌کردند.  در واپسین روزهای اسفند 1341، ساواک به گسترش مخالفت علما و روحانیون که مردم نیز از آنان حمایت می‌‌کردند، اعتراف کرد.
فیضیه
در روزهای پایانی سال 1341 در حالی که ساواک به دنبال برگزاری رفراندوم، بر سختگیریهای خود افزوده بود، امام خمینی بر مخالفتهای آشکار بر ضد حکومت ادامه داد و تصریح کرد که از تهدیدات ساواک و حکومت ابایی ندارد و مبارزات خود را بر ضد حکومت تشدید خواهد کرد. امام، در واپسین روزهای سال 1341، طی اعلامیه‌ای شدیداللحن، نوروز سال 1342 را عزای عمومی اعلام کرد و از علما، روحانیون و مردم مسلمان کشور دعوت کرد تا در مخالفت با اقدامات حکومت و انقلاب سفید، تزلزلی به خود راه ندهند.  به دنبال اعلامیه امام، علما و روحانیون بسیاری از نظرات او پیروی کرده، طی اعلامیه‌هایی تصریح کردند که مردم مسلمان، سال 1342 عید نخواهند داشت.  به دنبال این موضع‌گیریها، سرلشکر پاکروان در 28 اسفند 1348 طی بخشنامه‌ای خطاب به ساواکهای سراسر کشور دستور داد ضمن برخورد شدید با علما و روحانیون مخالف، ترتیبی اتخاذ کنند تا نوروز سال 1342 باشکوه‌ و جلال تمام برگزار شود و با گسیل مأموران نفوذی به مجالس علما و روحانیون مخالف حکومت، مانع از اجرای برنامه‌های آنان شوند.  در همان حال، ساواک مأموریت یافت در قم، تهران و سایر شهرهای بزرگ، مانع از چاپ و انتشار اعلامیه‌های امام و سایر علما و روحانیون در تحریم نوروز 1342 شود.  از نخستین ساعات روز اول فروردین 1342، ساواک نیروهای خود را در مراکز حساس قم مستقر کرد و همگام با سایر نیروهای انتظامی که واحدهای کماندویی بسیاری به این شهر گسیل کرده بودند، در اطراف و اکناف این شهر موضع گرفته و افرادی برای نفوذ در اجتماعات علما و روحانیون اعزام کرد.  بدین ترتیب از شامگاه روز اول فروردین که مخالفتهای عمومی با حکومت وارد مرحله حساس شده بود، ساواک و سایر نیروهای انتظامی و اطلاعاتی در قم حضور داشتند. با آغاز روز دوم فروردین مردم بسیاری در فیضیه گرد آمده و به رغم حالت بحرانی به عزاداری پرداختند. ساواک و شهربانی افراد خود را با لباسهای شخصی بین جمعیت اعزام کردند. اطراف منزل امام خمینی که محور مخالفت با حکومت بود، محل استقرار نیروهای امنیتی بسیاری شد، اما به رغم حضور نیروهای امنیتی، ایشان توجهی به تهدیدات نداشت. در این بین نیروهای امنیتی ـ اطلاعاتی و انتظامی تحت فرماندهی سرهنگ مولوی ـ رئیس ساواک تهران ـ از حمله به منزل ایشان منصرف شده و به مدرسه فیضیه حمله کرده و به ضرب و شتم و کشتار علما، روحانیون و طلاب پرداختند. در این حمله علاوه بر نیروهای ساواک و سایر نیروهای انتظامی و نظامی، بسیاری از اراذل و اوباش نیز با مهاجمان همکاری داشتند  بسیاری از افراد ساواک نیز لباس کارگران و کشاورزان را بر تن کرده و در ضرب و جرح علما و طلاب شرکت کردند.  منابع موجود از صحنه‌های بسیار زننده و زشتی یاد کرده‌اند که ساواک با همکاری سایر نیروهای امنیتی ـ نظامی و اراذل و اوباش طرفدار حکومت در روز دوم فروردین 1342 در مدرسه فیضیه و در برخی نقاط دیگر شهر قم پدید آوردند.
سرهنگ مولوی ـ رئیس ساواک تهران ـ در کشتار فیضیه نقش اصلی داشت.  پس از پایان فاجعه، در فیضیه شایع شد که ساواک قصد حمله به منزل امام خمینی را دارد. به دنبال آن بسیاری از طلاب و مردم کوچه و بازار به سوی منزل ایشان روانه شدند تا مانع از ورود ساواک به محل زندگی امام شوند. اما امام، سرسختانه تأکید کرد که به تهدیدات ساواک وقعی نمی‌نهد.
در چند روز بعد رعب و وحشتی مثال‌زدنی در قم حکمفرما بود. ساواک با دستگیری بسیاری از طلاب و مردم شهر که با ضرب و شتم آنان نیز همراه بود، به دنبال ایجاد نظمی قبرستانی بود. روزهای دوم و سوم فروردین، مدرسه فیضیه در اشغال ساواک و سایر نیروهای انتظامی بود و از روز چهارم فروردین، به تدریج آمد و شد در مدرسه مجاز شمرده شد.  از جمله مهمترین مراکزی که هم‌زمان با مدرسه فیضیه مورد حمله ساواک و نیروهای امنیتی ـ انتظامی حکومت قرار گرفت، مدرسه طالبیه تبریز بود و طی آن بسیاری از طلاب و روحانیون مورد ضرب و شتم قرار گرفته و تعدادی جان خود را از دست دادند. پس از کشتار فیضیه و مدرسه طالبیه تبریز، نشریات و روزنامه‌های کشور در اخباری که از سوی ساواک دیکته شده بود به تحلیل واقعه پرداختند. ساواک در روزهای نخست فروردین 1342 سبعیت کم‌نظیری از خود نشان داد و حتی به مجروحان حادثه نیز رحم نکرده و بیمارستانهای قم را از پذیرش حادثه دیدگان منع کرد.  ساواک تهدید کرد اگر امام خمینی از کشور خارج نشود با خطرات جدی مواجه خواهد شد؛ اما ایشان به این تهدید ساواک وقعی ننهادند  و به مردمی که پس از واقعه فیضیه به منزل ایشان پناه برده بودند دلداری داده و تهدیدات و رعب و وحشت‌آفرینی حکومت را به هیچ انگاشته و از مردم خواستند که برای مقابله با ستمکاری حکومت بیش از پیش آماده شوند. ایشان طی اعلامیه‌ای در 3 فروردین 1342، حمله کنندگان به فیضیه را رجاله‌هایی نامید که منطقی جز خشونت و غارت نمی‌شناسند.  با این احوال، خشونت و ارعاب کماکان ادامه یافت و علما و طلاب بیش از دیگر مخالفان تحت تعقیب قرار گرفتند. از جمله اقدامات ساواک در این برهه، دستگیری و اعزام طلاب به خدمت سربازی بود که چند صباحی ادامه یافت.  اما مخالفتها تمامی نداشت و به زودی دامنه بحران به سایر شهرهای کشور نیز کشیده شد و برخوردهای شدیدی بین مخالفان با ساواک و سایر نیروهای انتظامی و امنیتی روی داد.  ساواک آمد و شد علما، روحانیون و طلاب را به منزل امام خمینی کنترل می‌کرد و آنان را تحت تعقیب و یا بازخواست قرار می‌داد.  ساواک مراقب بود سخنرانیها و دیدگاههای سیاسی امام، سایر علما و روحانیون را تحت‌تأثیر قرار نداده و بر دامنه بحران نیافزاید.  اما به رغم مراقبتهای ساواک، قراین موجود حاکی از ادامه مخالفت علما و روحانیون در شهرهای مختلف با حکومت و سیاستهای سرکوب بود.  ساواک نگران آگاهی افکار عمومی مردم از جریان حمله به مدرسه فیضیه و حوادث پس از آن بود. ساواک قم گزارش داد که به رغم تمام تمهیدات و سختگیریها، همه‌روزه علما و روحانیون بسیاری از شهرهای مختلف راهی قم شده و با امام خمینی ملاقات می‌کنند و تلاش ساواک برای جلوگیری از افزایش اینگونه آمد و شدها و ارتباطات به نتیجه مطلوبی نمی‌رسد.  از اقدامات ساواک برای مقابله با مخالفان، برگزاری تظاهرات و راه‌پیماییهای پراکنده و تصنعی در شهرهای مختلف در حمایت از انقلاب سفید و شاه بود. تظاهرکنندگان که عمدتاً از کارگزاران کشوری و لشکری بودند، تحت عناوین صنوف، شرکتها، سندیکاها و غیره پلاکاردهایی حمل می‌‌کردند که ساواک در اختیار آنان قرار داده بود. ساواک همچنین اعلامیه‌هایی چاپ و در سطح شهرهای بزرگ (به‌ویژه قم و تهران) پخش می‌کرد که حاوی مطالبی در حمایت علما و روحانیون و طلاب از انقلاب سفید شاه و اعتراض و انتقاد از علما و روحانیون مخالف حکومت بود.  اما در این میان امام خمینی که رهبری مخالفت با شاه را برعهده داشت، در رأس تمام کسانی بود که ساواک را به مبارزه طلبیده و از هیچ کوششی در مقابله آشکار و صریح با حکومت فروگذار نمی‌کردند. ایشان از همان نخستین روزهای پس از واقعه فیضیه، طی سخنرانیها و اعلامیه‌های متعدد، ضمن اشاره به نصایحی که طی سال 1341 به واسطه سرلشکر پاکروان به شاه کرده و او نشنیده گرفته بود، عواقب سوئی برای رژیم پهلوی پیش‌بینی کرده و هشدار داد که در مبارزه با رژیم از پای نخواهد نشست.  مخالفت صریح با گسترش روابط ایران و اسرائیل، از دیگر محورهای مهم سخنرانیها و اعلامیه‌های امام خمینی طی ماههای پایانی سال 1341 به بعد بود که در سالهای بعد نیز کماکان ادامه یافت. ساواک پیوسته در تلاش بود از انتشار و پخش اعلامیه‌ها و متن سخنرانیهای امام خمینی در سطح کشور جلوگیری کند؛ تلاشی که به ندرت با موفقیت قرین می‌شد.  پس از صدور اعلامیه امام خمینی به مناسبت چهلم شهدای فیضیه، ساواک برای جلوگیری از انتشار آن در سطح کشور تلاش بسیاری کرد.  از جمله راههای انتشار سخنرانیهای امام خمینی در سطح کشور، تکثیر نوارهای کاست بود که توزیع آن در سطح کشور برخلاف انتظار ساواک گسترش می‌یافت و غیرقابل کنترل بود.  به رغم تلاش پیشگیرانه ساواک محبوبیت امام خمینی در بین مردم همواره رو به تزاید بود. چنانکه از گزارشات ساواک برمی‌آید تصاویر و عکسهای متعدد ایشان در سردر مغازه‌ها، اتومبیلها و حتی اتوبوسهای شهری (واحد) و نظایر آن نصب می‌شد. ساواک به ندرت می‌توانست عاملین انتشار و نصب این تصاویر را شناسایی کند. تصاویر امام خمینی علاوه بر تهران و قم در بسیاری از شهرهای بزرگ و کوچک نیز در معابر عمومی و مغازه‌ها نصب می‌شد و تهدیدات و هشدارهای ساواک برای جلوگیری از این گونه اقدامات به جایی نمی‌رسید.
از دیگر اقدامات ساواک برای تحت فشار قرار دادن طرفداران و مقلدان امام، ایجاد مانع در جمع‌آوری و توزیع وجوهات شرعی‌ بود که مردم برای ایشان ارسال می‌کردند. ساواک افراد سرشناسی را که عهده‌دار جمع‌آوری وجوهات شرعی امام بودند تحت فشار قرار داده و مشکلاتی برای آنان ایجاد می‌کرد،  اما کارشکنیها و اعمال فشارهای ساواک در درازمدت نتوانست مانعی جدی در این باره به وجود آورد.
از جمله اقدامات ساواک برای جلوگیری از گسترش ناآرامیها پس از واقعه فیضیه، بهره‌گیری از موقعیت روحانیون محافظه‌‌کار و نیز موافق حکومت برای مقابله با مخالفان بود. ساواک در بررسیهای خود به این نتیجه رسیده بود که با پرداخت مبالغی پول به روحانیون و طلابی که دچار مشکلات اقتصادی بودند، می‌توان بین طلاب و روحانیون، طرفدارانی برای حکومت دست و پا کرد.  در شهرها و مناطقی که علما و روحانیون سرشناس صراحتاً با حکومت مخالفت می‌کردند، ساواک تلاش بسیاری برای پرداخت پول به وعاظ و روحانیون طرفدار حکومت انجام می‌داد تا در برابر مخالفان حکومت جبهه‌گیری کنند. 
ساواک تلاش می‌کرد تا تشکلهایی علی‌الظاهر مذهبی، تحت عناوین مختلف با اعلامیه‌ها و اقدامات پر سر و صدای دیگر، ضمن حمایت از شاه و انقلاب سفید او، حملات و انتقادهای تندی متوجه علما و روحانیون مخالف حکومت سازند.  تلاش ساواک برای تحبیب علما و روحانیون در شهرهای مختلف، طی روزهای منتهی به آغاز ماه محرم در اوایل خرداد 1342 افزایش یافت. ساواک می‌دانست که با آغاز ماه محرم، مخالفت علما و روحانیون شدت خواهد گرفت. از جمله علما و روحانیون سرشناسی که ساواک برای جلوگیری از گسترش بحران سیاسی و مخالفت امام خمینی و طرفداران ایشان از وی بهره گرفت، آیت‌الله سیدکاظم شریعتمداری بود که با ساواک و دربار روابط پیدا و پنهانی داشت. پاکروان ـ رئیس ساواک ـ و نصیری ـ رئیس وقت شهربانی ـ طی ملاقاتهایی، از وی می‌خواستند در بحران پیشامده نقش بازدارنده برعهده گیرد. اسناد و مدارک متعددی وجود دارد که نشان می‌‌دهد آیت‌الله شریعتمداری در پی مذاکراتش با ساواک، تلاشهای قابل‌توجهی برای جلوگیری از مخالفتهای صریح و بی‌پروای امام خمینی با حکومت انجام داد، اما برخلاف انتظار ساواک و حکومت توفیقی کسب نکرد.  خیلی زود آشکار شد که وی قادر نخواهد بود، نقطه‌نظرات امام را نسبت به حکومت تغییر دهد و به همین دلیل تلاش کرد با صدور اعلامیه‌های تعدیل کننده، از التهاب و خشم فروخفته علما و روحانیون و نیز بازاریان و اقشار مختلف مردم بر ضد حکومت بکاهد.  ساواک برای جلب موافقت هر چه بیشتر شریعتمداری، به طور ضمنی وعده داد در صورت تخفیف ناآرامیها و تنزل موقعیت امام، راه‌ برای مطرح شدن مرجعیت تام او هموار خواهد شد.  با این احوال، در آستانه قیام 15 خرداد 1342 و روزهای میانی دهه اول محرم و همزمان با بحرانی‌تر شدن اوضاع سیاسی، امام در میان علما، روحانیون و مردم از موقعیت و محبوبیتی مثال‌زدنی برخوردار شده بود. آیت‌الله شریعتمداری به ساواک اطلاع داد که شرایط برای اقدامات بازدارنده‌ او که بتواند در صف مخالفان اختلافاتی جدی ایجاد کند، آماده نیست و تماسها و مذاکراتش را با مدیران ساواک به پس از تاسوعا و عاشورای آن سال موکول کرد.
با این احوال، پس از دستگیری امام خمینی در سحرگاه 15 خرداد 1342، آیت‌الله شریعتمداری طی اعلامیه‌ای نه چندان صریح، مخالفت خود را با این اقدام دولت ابراز داشته و آرزو کرد بحران جاری هر چه زودتر پایان یابد،  اما روند تحولات سیاسی کشور حاکی از آن بود که طرحها و اقدامات ساواک نتیجة مطلوبی برای حکومت در پی نداشته و علما و روحانیون مخالف، به رهبری امام خمینی خود را برای برخوردهای جدی‌تری با حکومت پهلوی آماده می‌کنند.
قیام 15 خرداد 1342
در ماههای نخست سال 1342 که مخالفت علما و روحانیون با حکومت وارد مراحل بحرانی می‌شد، ساواک برای شناخت سلسله مراتب روحانیت شیعه و نوع تعامل آنان با جامعه، مردم و رویکردشان به حکومت و مسائل سیاسی، گزارش مبسوطی تهیه کرد که هدف نهایی آن یافتن راههایی کم‌هزینه‌تر برای کنترل روحانیت و جلوگیری از استقلال عمل آنها بود. در این گزارش ضمن اشاره به ویژگیهای روحانیت شیعه اثنی‌عشری، درباره اجتهاد و مجتهدان و نیز چگونگی انتخاب مراجع تقلید و ویژگیهای آنان اطلاعاتی داده شده و تصریح شده بود که پس از رحلت آیت‌الله بروجردی، امام خمینی از مراجع تقلیدی است که نسبت به سایر مراجع، نفوذ و اعتبار قابل‌توجهی در میان شیعیان کسب کرده و به دلیل صراحت و جدیتی که در مخالفت با حکومت نشان می‌‌دهد، پیروان و طرفداران او همواره رو به فزونی‌اند. ساواک تصریح می‌کند که حمایت حکومت از برخی مراجع تقلید موجب روی‌گردانی مردم از آنان شده است. در ادامه این گزارش محرمانه، تأکید شده که در شرایط استقلال عمل حوزه‌های علمیه و عدم اتکای طلاب و روحانیت به منابع مالی و امکانات مختلف دولتی، حکومت توان چندانی برای کنترل و مراقبت از آنان در آینده نخواهد داشت. ساواک پیشنهاد می‌‌کند برای جلوگیری از این روند، حکومت با بهره‌گیری از علما و روحانیون طرفدار رژیم، به تدریج زمینه‌های استقلال اقتصادی ـ مالی، علمی و آموزشی طلاب و روحانیون را از میان بردارد و با تأسیس اداره‌ای با عنوان «تبلیغ و ترویج تعلیمات اسلامی»، آموزش، مدیریت و نهایتاً رفتار سیاسی روحانیون و طلاب را مستقیماً به کنترل درآورد. ساواک برای عملی شدن این پیشنهاد، طرح ده ‌ماده‌ای نیز ارائه داده بود که در آن «کلیه مدارس علوم دینی و مساجد کشور تحت نظر مستقیم اداره تبلیغ و ترویج تعلیمات دینی» اداره می‌شد.  با این حال گسترش‌ بحران در اردیبهشت و خرداد مجالی برای اجرای این پیشنهاد ساواک باقی نگذاشت و مأموران و مدیران بسیار ساواک با همکاری گسترده نیروهای شهربانی و سایر دستگاههای امنیتی با تمام قوا آماده می‌شدند تا با آغاز ماه محرم در نخستین روزهای خرداد 1342، به مخالفت علما و روحانیون، با حکومت و انقلاب سفید، پایان دهند.
در این میان، امام خمینی بیش از دیگر علما و روحانیون مورد توجه ساواک بود. ساواک همواره دستور می‌داد از افزایش هواداران او جلوگیری کرده و طرحهایی برای پراکنده شدن طرفدارانش تهیه و اجرا کنند؛  نیز برای جلب همکاری روحانیون با حکومت و پشتیبانی از شخص شاه، از هیچ تلاشی فروگذار نشود.  ساواک در 21 اردیبهشت 1342 پیشنهاد کرد برای جلوگیری از عمیق‌تر شدن اختلاف علما و حکومت، شاه به مناسبت عید غدیر از مذهب شیعه تجلیل کند. این پیشنهاد البته از طرف شاه اجرا شد،  اما مورد توجه علما قرار نگرفت. امام خمینی در سخنانی ـ به طور تلویحی ـ اینگونه اقدامات شاه را تظاهر دانسته و او را مسئول سرکوبگری‌های ساواک و دیگر نیروهای امنیتی قلمداد کرد.  بدین ترتیب آشکار بود که اختلاف بین حکومت و علما، به گونه‌ای مسالمت‌آمیز حل و فصل نخواهد شد. به همین دلیل طی بخشنامه‌ای که با هماهنگی ساواک، شهربانی و پلیس تهران (در 28 اردیبهشت 1342) صادر شد، تصمیم گرفته شد که در ماه محرم تمام مساجد، تکایا، دستجات مذهبی و اصناف تحت کنترل قرار گرفته و با هر سخن مخالفی به شدت برخورد شود.  در حالی که از سوی امام، به علما و روحانیون توصیه شده بود در ماه محرم به انتقادات خود از حکومت بیافزایند، ساواک در بخشنامه‌ای از افراد خود در سراسر کشور خواست، وعاظ و علمای مخالف را تحت کنترل درآورده و آنها را با ابراز هرگونه سخن مخالفی، سریعاً دستگیر کنند.  ساواک در 30 اردیبهشت 1342 گزارش داد که علما و روحانیون مخالف بر مخالفت خود با حکومت افزوده و دیگر صرفاً مخالفت با انقلاب سفید را مورد توجه قرار نمی‌‌دهند، بلکه عقیده دارند حکومت پهلوی درصدد نابودی اسلام است. ساواک دستور داد به علما و روحانیون موافق حکومت تفهیم شود که در سخنرانیهای ماه محرم، از شاه به عنوان پشتیبان مذهب شیعه اثنی عشری تجلیل کنند و از اختصاص بخشی از املاک سلطنتی به مصارف دینی سخن به میان ‌آورند و تصریح کنند که شاه در کنار کشورهای اسلامی از منافع اسلام و مسلمین دفاع می‌کند و انقلاب سفید شاه، مغایرتی با قوانین و مقررات اسلامی ندارد.
ساواک در تلاش بود از سخنرانی علمایی که احتمال مخالفت آنان با حکومت می‌رفت، جلوگیری شود.  اقدامات ساواک از واپسین روزهای اردیبهشت و اوایل خرداد 1342 شدت گرفت، اما شواهد موجود حاکی از عدم توانایی ساواک در جلوگیری از مخالفتهای پیش رو بود.
ساواک که در انظار عمومی و بین مخالفان، چهره‌ای خشن و بدنام داشت، در آستانه محرم 1342 تصمیم گرفت تا حد ممکن اقدامات آشکار مانند دستگیری مخالفان، توسط پلیس و نیروهای شهربانی صورت گیرد و ساواک در درجه اول به فعالیتهای اطلاعاتی ـ جاسوسی و مراقبتهای پیدا و پنهان خود ادامه دهد.  بدین ترتیب ساواک از یک سو تلاش داشت با تهدید مخالفان، از بیان سخنان ضدحکومتی جلوگیری کند و از سوی دیگر با پیشقدمی در برگزاری مراسم دینی ـ مذهبی، کنترل اوضاع را به دست گیرد.  با این حال و به رغم تمهیدات گسترده، مأموران ساواک از افزایش محبوبیت امام خمینی در نزد افکار عمومی گزارش داده و از تأیید و پشتیبانی مردم از مخالفت ایشان با انقلاب سفید و سایر اقدامات حکومت خبر می‌دادند.  پاکروان ـ رئیس ساواک ـ نیز به تدریج متوجه ‌شد که روشهای مسالمت‌آمیز برای جلوگیری از گسترش مخالفتهای علما و روحانیون به رهبری امام خمینی نتیجه مطلوبی به دنبال نخواهد داشت. به همین دلیل در 5 خرداد 1342 دستور داد افراد ساواک در جلوگیری از مخالفتها، اعمال خشونت‌ را نیز به طور جدی در دستور کار قرار دهند. 
گزارشات ساواک نشان می‌دهد که در روزهای منتهی به تاسوعا و عاشورا، کنترل اوضاع در کشور برای ساواک مشکل می‌نمود. 
در روز 11 خرداد 1342، ریاست ساواک در بخشنامه‌ای از مأموران ساواک خواست در حد امکان طی روزهای تاسوعا و عاشورا از درگیری و اعمال خشونت نسبت به عزاداران اجتناب ورزیده و صرفاً عوامل اصلی مخالف را پس از پایان مجالس عزاداری دستگیر کنند. 
گزارشات دیگر تصریح دارند که روحانیون و علما به رهبری امام خمینی خود را برای برخوردی قاطع با حکومت آماده می‌کردند.  به همین دلیل در روز 11 خرداد 1342 کمیسیون فوق‌العاده‌ای با شرکت نمایندگان ساواک و سایر نیروهای امنیتی ـ انتظامی برای مقابله با بحران پیش رو تصمیماتی اتخاذ کرد و وظیفه هر یک از نیروهای اطلاعاتی ـ امنیتی و انتظامی را به هنگام درگیریهای احتمالی تشریح و تعیین کرد.  از روز 11 خرداد 1342 در شهرهای تهران، قم و برخی شهرهای بزرگ، افراد ساواک با کمک دیگر نیروهای امنیتی و انتظامی در مساجد، تکایا و مراکز امنیتی و مذهبی حضور یافته و به حالت آماده باش درآمدند.  گزارشات ارسالی مأموران ساواک نشان می‌داد که مردم عزادار، آشکارا شعارهایی در حمایت از امام خمینی سر می‌دهند و تصاویر و اعلامیه‌های ایشان را در میان جمعیت توزیع می‌کنند.  ساواک در 11 خرداد 42 گزارش داد که آیت‌الله خمینی تصمیم دارند در عصر روز عاشورا در مدرسه فیضیه سخنرانی کنند.  روز 12 خرداد 1342 (تاسوعا) ساواک که پیش‌بینی می‌کرد سخنرانی امام در روز عاشورا در مدرسه فیضیه، سمت و سوی سیاسی داشته و انتقادات شدید و بدون پرده‌ای متوجه حکومت شود، دستور داد نیروهای امنیتی ـ اطلاعاتی با همکاری نیروهای ارتش و شهربانی در شهر قم مانوری با سر و صدای زیاد انجام دهند.  از صبح روز 13 خرداد 42 (روز عاشورا) در نقاط مختلف کشور مجالس عزاداری برپا بود و در بسیاری از شهرهای کوچک و بزرگ نیز وعاظ و روحانیون به رغم حضور ساواک در مخالفت با حکومت سخن می‌گفتند؛‌ در قم نیز برخی علمای سرشناس مجالس عزا و سخنرانی برپا کردند. در منزل امام نیز از صبح روز عاشورا مجلس عزا برقرار بود و مأموران ساواک نیز در آن حضور داشتند. یکی از مقامات ساواک به امام هشدار داد که اگر عصر آن روز در مدرسه فیضیه سخنرانی کند، نیروهای امنیتی و انتظامی با توسل به قوه قهریه مدرسه را به آتش کشیده و حمام خون به راه خواهند انداخت. اما ایشان به این تهدید وقعی ننهاد و اظهار داشت، اگر چنین اقدامی صورت گیرد، ما هم به کماندوهای خود دستور می‌‌دهیم فرستادگان اعلی‌حضرت را تأدیب نمایند.  بدین ترتیب و در حالی که هر دو طرف خود را برای درگیری و برخوردی شدید آماده می‌کردند، امام در عصر روز موعود، منزل را به قصد مدرسه فیضیه ترک کرد و در میان ابراز احساسات شدید جمعیت انبوه که در بین آنها افراد ساواک و دیگر نیروهای امنیتی و انتظامی در آمد و شد بودند، در ساعت 5 بعد از ظهر سخنرانی تاریخی خود را ایراد کردند. از همان آغاز سخن، رژیم پهلوی با دستگاه ستمکار یزید هم‌آوا ارزیابی شد و حکومت وقت ایران دشمن دین اسلام معرفی گردید. ایشان از روابط نزدیک حکومت با اسرائیل انتقاد کرده و رفراندوم 6 بهمن 41 را عملی سخیف خواندند که با زور سرنیزه و به دست مشتی اراذل و اوباش اجرا شد.
سخنرانی امام خمینی که متن آن به سرعت در کشور منتشر شد، از یک سو مردم را در جریان تحولاتی که در قم و تهران می‌گذشت قرار داد و از سوی دیگر بر خشم و کینه حکومت و ساواک افزود و حکم بازداشت ایشان صادر شد. اما برای جلوگیری از غلیان احساسات عمومی و گسترش بیشتر بحران، پس از افزایش تدابیر امنیتی در قم در شامگاه 14 خرداد 1342، امام در صبحگاه 15 خرداد 42 دستگیر و به تهران اعزام شدند.
ساواک اعلام کرد ایشان را «به اتهام اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت دستگیر» و بازداشت کرده است.  سرلشکر پاکروان رئیس ساواک در جوف همین خبر، شرح مبسوطی از مخالفتهای صریح و تند ایشان ضمیمه کرد و دلایل قضایی دستگیری را توجیه نمود.  در پایان گزارش ساواک تصریح شده بود که آیت‌الله خمینی در بازجوییهای اولیه از پاسخ به سئوالات بازپرس خودداری کرده و از عدم استقلال قضایی ایران انتقاد کرده است.
با انتشار خبر دستگیری امام تحرکات گسترده‌ای در مخالفت با رژیم پهلوی شکل گرفت. در تهران و قم دامنه تظاهرات بسیار گسترده شد تا جایی که حتی ساواک و دیگر نیروهای انتظامی و امنیتی هم که از مدتها قبل خود را برای اقدامات خشن آماده کرده بودند، از دامنه گسترده مخالفتها دچار سردرگمی شدند.
گزارشات ساواک نشان می‌دهد که از همان نخستین ساعات روز 15 خرداد در تهران و قم مخالفت عمومی با حکومت به سرعت فراگیر شد و جمعیت عظیمی از گوشه و کنار شهر با سر دادن شعارهایی بر ضد حکومت با نیروهای اطلاعاتی ـ امنیتی و انتظامی درگیر شدند.  احساس می‌شد رژیم با بحران غیرقابل پیش‌بینی روبرو شده و می‌‌توان به حیات آن پایان داد، در این حال نیروهای امنیتی ـ انتظامی به دستور مستقیم شاه و اسدالله علم ـ نخست‌وزیر ـ با تظاهرکنندگان در تهران، قم و سایر مناطق درگیر شدند که ساعتها ادامه داشت و طی آن افراد بسیاری به شهادت رسیده و یا مجروح شدند؛ در سرکوب قیام 15 خرداد 42، ساواک از رایزنیها و مشاوره‌های کارشناسان سیا و MI6 در تهران سود برد. پس از کشتار روز 15 خرداد، رژیم و حامیان خارجی آن که از گستره عظیم تظاهرات سخت نگران و غافلگیر شده بودند، عقب‌نشینی (هر چند مقطعی) مخالفان را به منزله نجات رژیم از سقوط حتمی ارزیابی کردند. با این احوال شاه در پایان روز 15 خرداد از سوء عملکرد ساواک و ضعفی که در پیش‌بینی و سپس پیشگیری حادثه و کنترل آن نشان داده بود، سخت ابراز نارضایتی کرده و قصد داشت پاکروان را برکنار کند، اما بر اساس خاطرات فردوست، موضوع با برکناری مصطفی امجدی، مدیرکل اداره سوم ساواک، به پایان رسید.  تا چندین روز بعد در کشور حالت فوق‌العاده برقرار بود و ساواک با کمک اراذل و اوباش و سایر نیروهای امنیتی و اطلاعاتی رعب و وحشت بسیاری بر کشور حاکم کرده بود.  از جمله مهمترین اقدامات ساواک پس از سرکوب قیام 15 خرداد، دستگیری علما، روحانیون و نیز مخالفان سیاسی و مذهبی در نقاط مختلف کشور بود. در تهران، قم، مشهد، شیراز و برخی شهرهای بزرگ کشور، دهها تن از روحانیون، علمای سرشناس و طلاب دستگیر و راهی زندان شده و پس از تحمل شکنجه و بازجوییهای مکرر به جرم اخلال در نظم عمومی و اقدام علیه امنیت داخلی کشور به حبس و تبعید محکوم شدند. در تمام مراحل بازداشت، بازجویی، شکنجه، تشکیل دادگاه و تعیین نوع و میزان محکومیت، ساواک نقش درجه‌ اول داشت.  اسدالله علم، برای از اعتبار انداختن قیام علما و روحانیون شایع کرد که آنان مبالغی پول از تیمور بختیار دریافت کرده‌‌اند  و سرلشکر حسن پاکروان نیز پس از قیام 15 خرداد 42 در یک مصاحبه مطبوعاتی حملات تند و ناروایی متوجه امام خمینی، علما و روحانیون مخالف حکومت کرد.
اسدالله علم ضمن اشاره به دستگیری امام و سایر علما تهدید کرد که در آینده‌ای نه چندان دور محکمه‌ای نظامی آنان را به اعدام محکوم خواهد کرد.  شاه نیز طی سخنانی تند و زننده‌ از علما و روحانیون مخالف انتقاد کرد.  به دنبال مصاحبه پاکروان و سخنان علم و شاه، در بسیاری از شهرها، علما و روحانیون و نیز مردم نسبت به این سخنان اعلام انزجار کردند و حکومت برای جلوگیری از هرگونه واکنش تند احتمالی، بار دیگر بر تدابیر امنیتی خود افزود. 
بر اساس اسناد، ساواک ابتدا تصمیم گرفت امام را به سنندج تبعید کرده و در منزلی تحت‌الحفظ نگه دارد، اما نهایتاً‌ از این تصمیم منصرف شد و در حالی که امام تا 11 مرداد 1342 در بازداشت بودند، به منزلی در قیطریه (از منازل تحت کنترل ساواک) منتقل شدند.
در دوره حصر امام در قیطریه، پاکروان و برخی مقامات ساواک با ایشان ملاقات و گفتگوهایی داشتند. طی یکی از ملاقاتها با پاکروان، امام پیش‌بینی کرده بود در آینده‌ای نه چندان دور حکومت پهلوی سقوط خواهد کرد.  جریان قیام 15 خرداد 1342 و ایستادگی قاطعانه امام در برابر حکومت، موجب افزایش محبوبیت ایشان نزد مردم شد، تا جایی که برخی نشریات منتشره، به طور ضمنی مطالبی در تمجید از ایشان چاپ کردند و شعرا در مدح و ستایش ایشان اشعاری سرودند.
از جمله وقایعی که پس از دستگیری امام خمینی روی داد، مهاجرت بسیاری از علما و روحانیون به تهران بود. در پی انتشار خبری مبنی بر اینکه رژیم قصد دارد ایشان را اعدام کند، بسیاری از علما راهی تهران شدند تا از عملی شدن این تصمیم جلوگیری کنند و موجبات آزادی ایشان را فراهم آورند.  فشار ساواک برای جلوگیری از افزایش مهاجرت علما به تهران تمامی نداشت و علمای مهاجرت کرده برای بازگشت دوباره به شهرهای محل اقامت خود، تحت فشار ساواک بودند. بازگشت علما از تهران روندی تدریجی را طی کرد؛ تنها پس از آزادی امام از زندان و تحت‌الحفظ شدن ایشان در قیطریه که دیگر خطر جانی ایشان را تهدید نمی‌‌‌کرد، علما به خروج از تهران رضایت دادند. 
پس از انتقال امام به قیطریه، تعدادی از علما و روحانیون با ایشان دیدار کردند. در برخی از شهرها مجالس جشن و چراغانی به مناسبت آزادی ایشان برپا شد. ساواک تصریح کرد که امام در ملاقات با علما از ادامه مبارزه با حکومت خبر داده است. ساواک از جنب و جوش دوباره مردم در طرفداری از امام نگران بود و از کسانی که پیشگام این‌گونه حمایت‌ها بودند، مراقبت می‌‌کرد.  ساواک برای کاستن از موج حمایتهایی که از امام خمینی در حال شکل‌گیری بود، طی اعلامیه‌هایی چنین القا می‌‌کرد که ایشان و سایر علما (محلاتی ـ قمی و دستغیب) تنها پس از آنکه قول داده‌اند دیگر در امور سیاسی دخالت نخواهند کرد، آزادی خود را به دست آورده‌‌اند.  این خبر به سرعت از سوی امام و سایر علما تکذیب شد و ایشان تصریح کرد که در مبارزه با حکومت پهلوی هرگز از پای نخواهد نشست.  پیش از آن و در جریان قیام 15 خرداد 42، توسط پاکروان، علم و شاه شایع شد که ایشان و طرفدارانشان برای ایجاد ناآرامی در روز 15 خرداد، از بیگانگان (و به طور مشخص مصر) پول دریافت کرده‌اند تا در نزد افکار عمومی داخلی و خارجی موقعیت امام متزلزل شده و از اهمیت قیام کاسته شود.  نتایج به دست آمده از این شایعه به ضرر حکومت تمام شد و ساواک چند روز بعد، در گزارشات خود اعلام کرد که پخش شایعه ارسال پول به ایران از سوی کشورهای خارجی (آن هم مبلغ ناچیز یک میلیون تومان) موجب سرشکستگی حکومت ایران شده است و چنین ارزیابی شده که حکومت ایران تا آن درجه ضعیف است که با مبلغ ناچیزی، امکان سرنگونی آن وجود دارد.  نیز ساواک به زودی اعتراف کرد که شایعه پول گرفتن آیت‌الله خمینی از کشورهای خارجی هیچ‌گونه مقبولیتی در نزد افکار عمومی داخلی و خارجی پیدا نکرده است «زیرا اگر آیت‌الله خمینی می‌‌خواست پول بگیرد از ملت ایران می‌گرفت و به علاوه کسی که می‌تواند با یک سخنرانی هزار تومان پول جمع کند احتیاجی به پول خارجی ندارد.»  بلافاصله پس از قیام 15 خرداد، ساواک تلاش کرد تا قیام را به طور دلخواه نزد افکار عمومی داخلی و خارجی انعکاس دهد. علاوه بر رسانه‌های داخلی، نمایندگیهای ساواک در کشورهای خارجی نیز دستور یافتند به رسانه‌ها و دولتهای خارجی چنین القا کنند که قیام 15 خرداد حرکتی ارتجاعی بود و با پشتیبانی برخی کشورهای خارجی و در تقابل با اقدامات اصلاحی حکومت به وقوع پیوست.
ساواک برای تخریب حرکت 15 خرداد به راههای دیگری نیز متوسل شد. از آغازین روزهای محرم 1342 اعلامیه‌های جعلی در حمایت از شاه و حکومت و در مخالفت با علما و روحانیون به رهبری امام خمینی، منتشر شد و تظاهرات (میتینگ) برگزار گردید. همچنین مقالاتی نیز با نامهای جعلی در حمایت از انقلاب سفید و انتقاد از علما و روحانیون مخالف در نشریات منتشر شد. ساواک تلگرافاتی در موافقت با انقلاب سفید و به نام اصناف خطاب به شاه ارسال می‌کرد؛ همچنین دستور می‌داد اشعار و سخنانی در تخریب علما در دیوارهای شهرهای بزرگ نوشته شود.
از جمله اقدامات ساواک پس از قیام 15 خرداد تشدید طرح اعزام طلاب و روحانیون (به ویژه مخالفان) به خدمت نظام وظیفه بود. از ماههای پایانی سال 1341 و سپس به دنبال واقعه فیضیه این طرح با نوساناتی چند به مورد اجرا گذاشته شد. اما پس از 15 خرداد این طرح با شدت بیشتری مورد توجه ساواک و حکومت قرار گرفته و تا واپسین ماههای سال 1342 به رغم مخالفتهایی که وجود داشت، بسیاری از طلاب و روحانیون به خدمت سربازی اعزام شدند. در جریان قیام 15 خرداد افراد بسیاری دستگیر و محاکمه شدند که از آن میان طیب حاج رضایی و حاج اسماعیل رضایی از میدان‌‌داران جنوب تهران به اعدام محکوم شدند.
از جمله مهمترین اقدامات ساواک پس از قیام 15 خرداد اخراج همه کارمندان، کارکنان دولتی و کارگران کارخانجات و غیره بود که در جریان این قیام از علما، روحانیون و امام پشتیبانی کرده بودند.
از جمله اقدامات دولت اسدالله علم در 26 شهریور 1342 برگزاری دوره 21 مجلس شورای ملی بود. این در حالی بود که به دنبال قیام 15 خرداد 42 و بحرانهای سیاسی متعاقب آن، بسیاری از مردم برای شرکت در انتخابات تمایل نداشتند. پاکروان، برای متقاعد کردن علما و روحانیون مبنی بر دعوت مردم به شرکت در انتخابات، بارها با علما و روحانیون سرشناس در تهران، قم و سایر شهرها ملاقات کرد، اما برخلاف انتظار رئیس ساواک، تقریباً همه روحانیون شرکت در انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی را تحریم کردند. آیت‌الله ابوالقاسم خویی، حاج سید محمدصادق روحانی، آیت‌الله میلانی، آیت‌‌‌‌الله شریعتمداری، آیت‌الله مرعشی نجفی، آیت‌‌‌الله قاضی طباطبایی و دهها تن از علما و روحانیون دیگر در سراسر کشور طی اعلامیه‌هایی شرکت در انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی را تحریم کردند.
در 26 شهریور 1342 ساواک حکومت را مطمئن ساخت که اجازه نخواهد داد آیت‌الله خمینی انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی را تحریم کند،  اما همین سختگیری ساواک بر امام که در آن هنگام در منزلی تحت‌الحفظ به سر می‌بردند، موجب شد موج تحریم انتخابات گسترش یابد. 
امام که از 11 مرداد 1342 در قیطریه تحت‌الحفظ بودند، در روز 7 آبان 1342 با موافقت ساواک اجازه یافتند در منزل دیگری در تهران سکنی گزینند. به همین دلیل با تلاش اطرافیان امام، منزل یکی از بازرگانان طرفدار ایشان به نام آقای روغنی برای سکونت انتخاب شد و امام تا هنگام آزادی نهایی در فروردین 1343 در منزل ایشان ساکن شدند و تحت مراقبتهای شدید ساواک به سر بردند.
کاپیتولاسیون
در 17 اسفند 1342 اسدالله علم از نخست‌وزیری برکنار شد و حسنعلی منصور دبیرکل حزب جدیدالتأسیس ایران نوین که از حامیان سیاست امریکا در ایران بود، جای او را گرفت. منصور با انتقاد از برخی اقدامات و رفتارهای دولت سابق بر آن بود تا با علما و روحانیون و به‌ویژه امام خمینی رویه آشتی‌جویانه‌ای در پیش گیرد و چنان وانمود سازد که نگرش و رفتار سیاسی دولت جدید تفاوت آشکاری با کابینه قبلی خواهد داشت.
مدت کوتاهی پس از تشکیل کابینه منصور، جواد صدر وزیر کشور با  امام خمینی ملاقات کرد و وعده داد به زودی آزاد خواهند شد. منصور نیز در 16 فروردین 1343 طی سخنانی از دین اسلام و روحانیت ایران تجلیل کرد. در 17 فروردین 1343 نیز سرهنگ مولوی ـ رئیس ساواک تهران ـ با امام ملاقات کرده، آزادی ایشان را اعلام نمود و روز بعد امام خمینی پس از 10 ماه و 3 روز زندان و حصر، تحت تدابیر شدید امنیتی وارد قم شد  و به رغم این که از سوی ساواک هشدار داده شده بود در مقابل حکومت سکوت کند، مدت کوتاهی پس از ورود به قم در مسجد اعظم قم سخنرانی تندی ایراد کرد و ساواک را به دلیل اعمال خشونت‌ سرزنش نمود.  پس از آزادی امام؛ روزنامه اطلاعات با هماهنگی ساواک طوری خبر را منتشر کرد که گویا ایشان در قبال کسب آزادی، تعهد داده‌اند که دیگر در مسائل سیاسی دخالتی نکنند. ایشان به سرعت نسبت به این خبر جعلی واکنش نشان داده و آن را تکذیب کردند. سرهنگ مولوی از ایشان تقاضا کرد این موضوع را پیگیری نکند، اما ایشان ضمن برخورد شدید با مولوی، تصریح کردند هیچگاه در مقابل اقدامات خلاف حکومت سکوت نخواهند کرد.  آزادی امام سرور و شادی علما، روحانیون و مردم در تهران، قم و برخی شهرهای بزرگ را در پی داشت.  در مراسمی که با حضور امام در مدرسه فیضیه برای تجلیل از ایشان برگزار شد قطعنامه‌ای (البته بدون اطلاع ایشان) از سوی علی حجتی کرمانی قرائت شد که موجب خشم ساواک گردید. به رغم سیاستهای متظاهرانه دولت منصور، تدابیر امنیتی ساواک درباره رفتار سیاسی علما و روحانیون مخالف حکومت کماکان با شدت و حدّت تمام ادامه یافت. دولت حسنعلی منصور درصدد بود در فضایی آکنده از رعب و سکوت، لایحه معروف کاپیتولاسیون را برای تصویب در اختیار مجلس شورای ملی قرار دهد. لایحه کاپیتولاسیون در دوره نخست‌وزیری اسدالله علم به مجلس سنا تقدیم شده بود ولی تا آغاز نخست‌وزیری منصور و به دلیل بحران سیاسی موجود و مخالفتی که علما با اقدامات شاه در پیش گرفته بودند، مسکوت گذاشته شد.
در روز 21 مهر 1343 مجلس شورای ملی پس از چند ساعت مذاکره که با مخالفت برخی از نمایندگان نیز همراه بود، با اکثریتی ضعیف لایحه کاپیتولاسیون را تصویب کرد. دکتر حسین خطیبی که در روز تصویب این لایحه به عنوان نایب رئیس مجلس شورای ملی جلسه را اداره می‌کرد در خاطرات خود تأکید کرده که رژیم درصدد بود این لایحه با حداقل مخالفتها به تصویب برسد و خود او نیز به عنوان رئیس جلسه اطلاع درستی از لایحه ارائه شده نداشت.  با این احوال خبر تصویب این لایحه و محتوای آن در شرایطی که ساواک سکوت خبری ـ رسانه‌ای قابل توجهی بر کشور حاکم کرده بود، در اوایل آبان 1343 به اطلاع امام خمینی رسید و ایشان با ننگ‌آور توصیف کردن این لایحه، در روز 4 آبان 1343 ـ مصادف با سالگرد تولد شاه ـ طی یک سخنرانی تاریخی با محکوم کردن تصویب لایحه، از حکومت انتقاد کردند. این سخنرانی تاریخی در شرایطی ایراد می‌شد که ساواک بر اوضاع و احوال کشور مسلط بود و برای جلوگیری از مخالفت علما و روحانیون و شخص امام تدابیر امنیتی شدیدی اندیشیده بود. ساواک تصور نمی‌کرد ایشان بار دیگر در مخالفت با حکومت به اقدامی این چنین صریح و بی‌پروا دست زند. امام خمینی علاوه بر سخنرانی، اعلامیه‌ دیگری نیز خطاب به ملت ایران صادر کرد. در این اطلاعیه ضمن برشمردن تبعات سوء تصویب لایحه کاپیتولاسیون در مجلس شورای ملی و اهانتی که به موجب آن متوجه مردم ایران و نیز حکومت و دوایر مختلف دولتی و لشکری می‌شد به گسترش سلطه استعماری امریکا در ایران اشاره کرد و مصوبه را غیرقانونی دانست. به رغم کنترل شدید ساواک، در زمانی بسیار کوتاه، دهها هزار نسخه از متن سخنرانی و اعلامیه امام در مخالفت با لایحه کاپیتولاسیون در کشور منتشر شد. سرعت عمل انتشار‌دهندگان به حدی سریع و غافلگیرانه بود که گفته شد شاه مستقیماً ساواک را به دلیل ناتوانی در جلوگیری از انتشار آن مورد انتقاد قرار داده است.  چند روز پس از سخنرانی امام و انتشار اعلامیه ایشان، حسنعلی منصور در 9 آبان 1343 طی سخنانی در مجلس سنا سخنرانی و اعلامیه امام خمینی را تحریک‌آمیز دانسته و اظهار تأسف کرد و از تصویب لایحه کاپیتولاسیون حمایت کرد. به دنبال آن، در نیمه شب 13 آبان 1343 مأموران ساواک با کمک نیروهای انتظامی و امنیتی منزل امام را در شهر قم محاصره کرده، ایشان را دستگیر و مستقیماً‌ به فرودگاه مهرآباد منتقل کرده و به ترکیه تبعید کردند. بلافاصله نیز بسیاری از طرفداران و اطرافیان امام در قم، تهران و سایر شهرها دستگیر و روانه زندان شدند. 
تصویب لایحه کاپیتولاسیون و سپس تبعید امام خمینی به خارج از کشور به رغم تصور حکومت و ساواک، از سوی مخالفان مورد بی‌توجهی قرار نگرفت و فراموش نشد. اولین نتیجه این اقدامات، ترور حسنعلی منصور نخست‌وزیر در اول بهمن 1343 توسط چند تن از اعضای شاخه نظامی جمعیت هیئتهای مؤتلفه اسلامی بود که نهایتاً به قتل وی در روز 6 بهمن 1343 (سالگرد رفراندوم 6 بهمن 1341) انجامید.  البته ساواک تلاش می‌‌کرد القا کند که نقشه ترور و قتل حسنعلی منصور با موضوع تصویب لایحه کاپیتولاسیون و تبعید امام هیچ‌ ارتباطی ندارد.
قتل حسنعلی منصور و آغاز نخست‌وزیری امیرعباس هویدا در بهمن 1343 با پایان ریاست حسن پاکروان بر ساواک همزمان شد. شاه، سپهبد نعمت‌الله نصیری رئیس کل شهربانی کشور را که در سرکوب تحرکات سیاسی علما و روحانیون در دوران نخست‌وزیری علم و منصور موجبات رضایت او را فراهم آورده و در همان حال با پاکروان رقابت تنگاتنگی داشت، بیش از هر کس دیگری برای ریاست ساواک مناسب تشخیص ‌داد. قتل حسنعلی منصور به عزل پاکروان کمک کرد، در کابینه امیرعباس هویدا، سپهبد نصیری به عنوان معاون نخست‌وزیر و رئیس ساواک معرفی شده و سرلشکر پاکروان به وزارت اطلاعات و جهانگردی منصوب گردید.
در دوره چهارساله پاکروان، این سازمان تحولات عمده‌ای به لحاظ تشکیلاتی و مدیریتی پشت سر گذاشت و تجارب قابل توجهی کسب کرد. تعداد افراد ساواک در این دوره افزایش یافت و علاوه بر تهران، قم و سایر شهرهای بزرگ، در بسیاری از شهرهای کوچک و مناطق دورافتاده نیز سایه سنگین ساواک گسترانیده شد. نمایندگیهای ساواک در بسیاری از کشورهای اروپایی، امریکا و غیره سر و سامان یافت و روابط ساواک با موساد گسترش پیدا کرد. در دوره ریاست پاکروان، این سازمان با تحکیم پایه‌های خود مرحله استقرار را پشت سر گذاشته و به تثبیت موقعیت خود نزدیک شد. ساواک در دوره پاکروان یکی از حساس‌ترین دوران‌ خود را پشت سر گذاشت و در شرایطی که مخالفان حکومت برای جلوگیری از گسترش استبداد و نیز گسترش روزافزون سلطه خارجی تلاش می‌کردند، ساواک با سرکوب و اعمال خشونت گامی دیگر در عرصه نقض حقوق اساسی ملت ایران و توسعه دیکتاتوری و خودکامگی که با وابستگی خارجی نیز توأم بود، پایه‌های حکومت پهلوی را تحکیم می‌بخشید.