زندیگنامه شهید مطهری ، از تولد تا شهادت

مرتضی مطهری در قریة فریمان‌، در دوازده فرسنگی مشهد مقدس که اکنون به شهرستانی بدل شده است‌، دیده به جهان گشود:
«تولد اینجانب در 12 جمادی‌الاولی / 1338 قمری مطابق 13 بهمن / 1298 شمسی بوده است‌.»
پدرش حاج شیخ محمدحسین مطهری بود که سالها در نجف اشرف به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و پس از مدتها سیر و سفر در شهرهای عراق‌، عربستان و مصر به زادگاه خویش ـ فریمان ـ بازگشت و تا پایان‌ِ عمرِ بیش از صد سال خود، در آنجا ماند. مادرش بانو سکینه دختر آخوند ملاجعفر روحانی بود که یک سال پیش از امضای مشروطیت (1323) با حاج شیخ محمدحسین مطهری ازدواج کرده‌، حاصل این پیوند پنج پسر و دو دختر بود و مرتضی چهارمین فرزند خانواده بود. مرتضی بارها از پدر و مادرش به نیکی یاد کرده است و در مورد پدر گفته ‌:
«از وقتی یادم می‌آید ـ حداقل چهل سال پیش ـ من می‌دیدم این مرد بزرگ و شریف هیچ وقت نمی‌گذاشت و نمی‌گذارد که وقت خوابش از سه ساعت از شب گذشته تأخیر بیفتد. شام را سر شب می‌خورد و سه ساعت از شب گذشته می‌خوابد و حداقل دو ساعت به طلوع صبح مانده و شبهای جمعه از سه ساعت به طلوع صبح مانده بیدار می‌شود و حداقل قرآنی که تلاوت می‌کند یک جزء است و با چه فراغت و آرامشی نماز شب می‌خواند. حالا تقریباً صد سال از عمرش می‌گذرد و هیچ وقت من نمی‌بینم که یک خواب ناآرامی داشته باشد. و همان لذتهای معنوی است که این چنین نگهش داشته‌. یک شب نیست که پدر و مادرش را دعا نکند. یک نامادری داشته که به او خیلی ارادتمند است و می‌گوید خیلی به من محبت کرده است ‌، شبی نیست که او را دعا نکند. یک شب نیست که تمام خویشاوندان وی ذی‌حقان و بستگان دور و نزدیکش را یاد نکند.»
مطهری بارها از هوش و حافظه سرشار مادر دچار شگفتی شده است‌. و مادر نیز در یک رؤیای صادقه در هنگام حمل او مژده تولد او را که خدمات عظیمی به اسلام خواهد کرد در انتظار تعبیر نشسته و آثار آن را نیز به زودی در وجود او دریافته است‌. تفاوت آشکار او با دیگر کودکان همسن و سال‌، گرایش او به نماز در سنین سه ـ چهار سالگی و عشق و علاقه وافر او به یادگیری‌، اولین نشانه‌های تعبیر آن رؤیای صادقه بود. مرتضی اولین گامهای آموزشی خود را به سوی مکتبخانه شیخ علی‌قلی و نیز نزد پدر برداشت و به یادگیری قرآن و خواندن و نوشتن پرداخت‌. او به سال 1313 و در سن پانزده سالگی برای ادامه تحصیل به مشهد مقدس شتافت و دو سال در مدرسه ابدال‌خان مشهد مقدمات علوم اسلامی را فراگرفت و در پی تخریب منزل پدری در فریمان توسط عمال رضاخانی مجبور به ترک مشهد و بازگشت به موطن شد و در فریمان و قلندرآباد با مطالعه کتب پدر روزگار گذراند.
«من هر چه مایه مطالعات تاریخی دارم‌، مربوط به همان دو سالی است که از مشهد به فریمان‌برگشتم‌.»
او خود به تشریح اوضاع نابسامان آن سالها می‌پردازد و می‌نویسد :
«من که بچه بودم در حدود سالهای 1314 و 1315 در خراسان زندگی می‌کردم‌. افرادی اگر یادشان بیاید و خصوصاً ـ بعد از قضایا ـ در منطقه خراسان بوده باشند، می‌دانند که در تمام خراسان‌، دو یا سه معمم‌ّ بیشتر پیدا نمی‌شد. پیرمردهای هشتاد ساله و ملاهای شصت یا هفتاد ساله‌، مجتهدها و مدرسها، همه کلاهی شده بودند.»
درِ تمام مدرسه‌های[دینی‌ ] بسته شده بود و تقریباً درِ مسجدها به یک معنی بسته بود و هیچ کس به ظاهر باور نمی‌کرد که دین و مذهب دوباره زنده شود.
«در آن هنگام که پانزده ـ شانزده ساله بودم‌، درباره هر چیزی فکر می‌کردم و راضی نمی‌شدم الاّ تحصیل علوم دینی‌. آن وقتها فکر نمی‌کردم که با این اوضاع و احوال این چه فکری است ! .... به مشهد رفتم‌ . بعد دوباره به محل خودمان برگشتم‌. در آنجا هم وضع‌، سخت‌تر از جاهای دیگر بود. پدرم را که روحانی و پیرمردی هفتاد ـ هشتاد ساله بود، به زور کشیدند بردند و مکلاّیش کردند. او هم از پشت بام برگشت‌. و چون لباس [ روحانیت ] ‌ به تن می‌کرد، از خانه بیرون نمی‌آمد. اما من پاهایم را در یک کفش کرده بودم که باید به قم بروم‌. در آن وقت قم‌، مختصر طلبه‌ای داشت که حدود 400 نفر بودند. مادر ما اصرار داشت که به قم نروم ، چون فکرهایی داشت‌ و می‌خواست ما را نگه دارد . به همین جهت‌ ، دایی ما را که خود اهل علم بود و ده بیست سالی از من بزرگتر بود ، مأمور کرد تا مرا از رفتن منصرف سازد . در سفری که با هم رفتیم‌، هر چه او می‌گفت ‌، من جواب منفی می‌دادم‌... بیاد دارم‌... در میان آن همه استاد و عالم و مدرس که در حوزة علمیه مشهد بودند ، کسی که بیشتر از همه در نظرم بزرگ جلوه می‌کرد و دوست داشتم به چهره‌اش نگاه کنم و قیافه و حرکاتش را زیر نظر بگیرم ‌. و آرزو می‌کردم که روزی پای درس او بنشینم آن مرد، مرحوم آقا میرزا مهدی شهیدی رضوی بود که در حوزة مشهد ، درس فلسفه الهی می‌داد . اما آرزوی من برآورده نشد، زیرا استاد در همان سالها چشم از جهان فرو بست‌. میرزا مهدی که در همه حوزه عظیم و پررونق مشهد در آن وقت از نظر فضل و فضیلت‌، مانند ستاره می‌درخشید، استاد شرح منظومه و اسفار و کفایه بود، آن وقت سنین میان سی و چهل را طی می‌کرد، آن جوان در سال 1354 درگذشت و مشهد را عزادار ساخت‌.»
سرانجام مطهری در سال 1315 ـ چند ماه پس از ارتحال آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حایری یزدی مؤسس حوزه علمیه ـ وارد قم شد و در ضلع شمال شرقی در دالان شرقی مدرسه فیضیه مسکن گزید. در بدو امر کتاب مطول را که در معانی‌، بیان و بدیع است نزد استاد خوش سخن آن روز حوزه شهید آیت‌الله شیخ محمد صدوقی و شرح لمعه را نیز از محضر مرحوم آیت‌الله حاج آقا شهاب‌الدین نجفی مرعشی فرا گرفت‌.
«بعد از مهاجرت به قم گمشدة خویش را در شخصیتی دیگر یافتم‌ . همواره مرحوم «آقا میرزامهدی شهیدی‌» را در این شخصیت می‌دیدم‌; به علاوه برخی امتیازهای دیگری که در این شخصیت تازه بود ! فکر می‌کردم که روح تشنه‌ام از سرچشمه زلال این شخصیت سیراب خواهد شد. اگرچه در آغاز مهاجرت به قم‌، از مقدمات فارغ نشده بودم و شایستگی ورود در «معقولات‌» را نداشتم‌، اما درس اخلاقی که شخصیت محبوبم هر پنج‌شنبه و جمعه می‌گفت‌، و در حقیقت درس معارف و سیر و سلوک بود، نه اخلاق به مفهوم خشک علمی‌، مرا سرمست می‌کرد. بدون اغراق و مبالغه‌ای‌، این درس آن چنان مرا به وجد و شوق می‌آورد که تا دوشنبه و سه‌شنبه هفته بعد، خودم را به شدت تحت‌تأثیر آن می‌یافتم‌. بخش مهمی از شخصیت فکری و روحی من‌، در آن درس و سپس درسهای دیگری که طی دوازده سال از آن استاد الهی فرا گرفتم‌، ساخته شد، و من همواره خود را مدیون او دانسته و می‌دانم‌، راستی که او روح قدس الهی بود!» 
و در توصیف مقام فقهی و علمی استادش در جایی گفته بود :
«این طلبه‌ها قدر نمی‌دانند و روزی درس آیت‌الله خمینی بسیار گل خواهد کرد. الآن دورادور، طلبه‌ها توجه دارند که آیت‌الله خمینی در مسائل هم عمیق هستند و هم در بیان مسائل خوش‌بیان هستند.» 
استاد مطهری در طول دوران تلمذ از محضر امام به غیر از درس اخلاق‌، فلسفه ملاصدرا و عرفان را نیز از آن حکیم‌الهی فرا گرفت و در درس منظومه او نیز شرکت می‌کرد و اسفار را نیز به‌طرز خصوصی از ایشان فرامی‌گرفت و افزون برآنها یک دوره خارج اصول را هم از محضر ایشان بهره‌مند شد مطهری در جای دیگر از حضور خود به درس حکمت‌الهی در محضر امام خمینی چنین یادکرده است‌:
«آن ایام‌، تازه با حکمت الهی اسلامی آشنا شده بودم و آن را نزد استادی که‌... الهیات اسلامی را واقعاً چشیده و عمیق‌ترین اندیشه‌های آن را دریافته بود و با شیرین‌ترین بیان آنها را بازگو می‌کرد، می‌آموختم‌. لذت آن روزها و مخصوصاً بیانات عمیق و لطیف و شیرین استاد از خاطره‌های فراموش ناشدنی عمر من است‌.»
او در مورد شخصیت و میزان توان و فراگیری مطالب علمی خود می‌گوید :
«افراد از نظر استعداد و یاد گرفتن و فراگیری مطالب علمی بر دو گونه‌اند برخی در سنین جوانی از قدرت فوق‌العاده‌ای برخوردارند و تا چند سال می‌توانند به شدت بیاموزند ولی وقتی به اصطلاح پا به سن می‌گذارند، دیگرگویی استعداد آنها خشک می‌شود و فقط به هر آنچه که تا آن موقع آموخته‌اند اکتفا می‌کنند و به اصطلاح از کیسه می‌خورند. عموم افراد و دانشمندان از این سنخ‌اند اما در مورد برخی مطلب طور دیگری است‌. یعنی همیشه دارای قدرت فراگیری‌اند. من از این دسته‌ام‌، من امروز بیشتر از گذشته در خودم آمادگی برای آموختن احساس می‌کنم‌. من امروز دلم می‌خواهد که دائماً مطالعه کنم و بیاموزم و تدریس کنم و بیاموزانم‌. یکی از تفضلات الهی این است که در حالی که بسیاری از دانشمندان اهل نظر هر چند سال یک بار در نظریات خود تجدید نظر می‌کنند و به اصطلاح تغییر رأی می‌دهند و گاه تا آخر عمر به چندین عقیده متناوب و متضاد گرایش پیدا می‌کنند، من از ابتدای جوانی تا حال‌، حتی یک سطر هم ننوشته‌ام که بعداً ببینم غلط بوده است‌. بحمدالله هر چه از همان روزهای اول تا حالا نوشته‌ام و اندیشیده‌ام‌، هنوز هم بر همان عقیده‌ام‌. گاه به نوشته‌های سی سال پیش خودم نگاه می‌کنم‌، می‌بینم که البته تکامل پیدا کرده یعنی نظری اجمالی داشته‌ام که اکنون آن را تفصیل داده‌ام و پخته‌تر شده‌; یا یک دلیل برای مطالبی داشته‌ام به دلیل و دلایل دیگر رسیده‌ام‌; ولی این طور نیست که ببینم چیزی گفته‌ام یا نوشته‌ام که اکنون به آن معتقد نیستم و نظرم چیز دیگری است‌. من این را یکی از الطاف بزرگ الهی به خودم می‌دانم‌.»
و کسانی که از نزدیک با او محشور بوده و خدمات علمی گسترده او را دیده و به شخصیت علمی و روحیات معنوی وی آشنایی داشته‌اند، او را به صفاتی چون جامعیت‌، حضور در صحنه‌های سیاسی‌، نشر آثار گسترده و ابداع در تدوین‌، نثر روان‌، روح لطیف و شعر شناس‌، اهتمام فراوان به قرآن و نهج‌البلاغه‌، شناخت دقیق سیره نبوی اطلاع از احوال عالمان پیشین‌، شناخت تحلیلی از تاریخ اسلام‌، خوی علمی‌، عبادت و تهجد، حریت فکری و شناخت مباحث اقتصادی زمان ستوده‌اند. بروز شخصیت علمی او به گونه‌ای بود که در یکی از معدود ملاقاتهای او با آیت‌الله خویی معظم‌له او را بحر موّاج نامید. و بعضاً از او چنین یاد کرده‌اند :  
«مطهری از دور به منطق شبیه بود (خیلی آهنین‌) از میانه راه به فلسفه و حکمت شبیه می‌شد، و اما از نزدیک عین عرفان بود!»
آثار گسترده او در طرح و بحث موضوعات مختلف خود گواه این نقش بیاد ماندنی است‌. او خود در زمینه آثار قلمی خویش چنین می‌نویسد :
«.... این بنده از حدود بیست سال پیش ]1332 شمسی‌[ که قلم به دست گرفته‌، مقاله یا کتاب نوشته‌ام‌، تنها چیزی که در همة نوشته‌هایم آن را هدف قرار داده‌ام حل مشکلات و پاسخگویی به سؤالاتی است که در زمینة مسائل اسلامی در عصر ما مطرح است ‌. نوشته‌های این بنده‌، برخی فلسفی‌، برخی اجتماعی‌، برخی اخلاقی‌، برخی فقهی و برخی تاریخی است‌. بااینکه موضوعات این نوشته‌ها کاملاً با یکدیگر مغایر است‌، هدف کلی از همة اینها یک چیز بوده و بس‌. دین مقدس اسلام یک دین ناشناخته است‌. حقایق این دین تدریجاً در نظر مردم‌، واژگونه شده است‌، و علت اساسی گریز گروهی از مردم‌، تعلیمات غلطی است که به این نام داده می‌شود. این دین مقدس در حال حاضر بیش از هر چیز دیگر از ناحیة برخی از کسانی که مدعی حمایت از آن هستند ضربه و صدمه می‌بیند. هجوم استعمار غربی با عوامل مرئی و نامرئیش از یک طرف‌، و قصور یا تقصیر بسیاری از مدعیان حمایت از اسلام در این عصر از طرف دیگر، سبب شده که اندیشه‌های اسلامی در زمینه‌های مختلف‌، از اصول گرفته تا فروع‌، مورد هجوم قرار گیرد. بدین سبب این بنده وظیفة خود دیده است که در حدود توانایی در این میدان انجام وظیفه نماید. ...این بنده هرگز مدعی نیست که موضوعاتی که خودش انتخاب کرده و دربارة آنها قلمفرسایی کرده است لازمترین موضوعات بوده است‌ ، تنها چیزی که ادعا دارد این است که به حسب تشخیص خودش از این اصل‌، تجاوز نکرده که تا حدی که برایش مقدور است در مسائل اسلامی «عقده گشایی‌» کند و حتی‌الامکان حقایق اسلامی را آن چنان که هست ارائه دهد ، فرضاً نمی‌تواند جلو انحرافات عملی را بگیرد، باری حتی‌الامکان با انحرافات فکری مبارزه کند و مخصوصاً مسائلی را که دستاویز مخالفان اسلام است روشن کند، و در این جهت «الاهَم‌ُّ فالاهَم‌ُّ» را لااقل به تشخیص خود ـ رعایت کرده است‌...» 
پس از اندی کفایه‌الاصول را نزد مرحوم آیت‌الله سیدمحمد محقق داماد و خارج فقه و اصول را نیز در محضر آیات‌الله سیدمحمد حجت کوه‌کمره‌ای و سیدمحمدتقی خوانساری آغاز کرد و به سال 1319 به درس خارج امام خمینی (ره‌) که خود بنیانش را نهاده بود راه یافت و به گفته خویش دوازده سال از خرمن فیاض آن انسان کامل بهره خاص برد.
از سالهای اقامت او در قم خاطرات فراوانی توسط دوستان و مراودین او نقل شده است : از آن جمله اهتمام وافر او به تزکیه نفس و تهجد و نماز شب و استفاده از وقت‌، او حتی در حجره را از بیرون می‌بست و از پنجره داخل می‌شد ! که اگر کسی نزدیک حجره آمد خیال کند که کسی در حجره نیست تا به تلاش علمی‌اش بیفزاید و از فرصتها حداکثر استفاده را ببرد . به گونه‌ای که حجرة واقع در طبقه فوقانی مدرسه فیضیه سالها، کانون توجه و زبانزد طلاب و استادان حوزه شد و آمد و رفت استادان و مدرسان بنام حوزه به ویژه استاد بزرگ آن زمان حضرت آیت‌الله خمینی نظر همه را به خود جلب می‌کرد.
 در تابستان سال 1322 مطهری آوازه حضور فقیه اهل بیت مرحوم آیت‌الله بروجردی را که در بروجرد ساکن بود، شنید بدان دیار شتافت و به استفاده از محضر پرفیض او روی آورد و سال دیگر را نیز بدین منوال به بروجرد سفر کرد و با شیوة علمی او بیشتر آشنا شد و این آشنایی به صورتی شد که وقتی آیت‌الله بروجردی با تلاش علمای وقت از جمله حضرت امام رحل اقامت در قم افکند. مطهری از ملتزمین رکاب علمی او گردید. به گونه‌ای که اگر روزی او در درس حاضر نمی‌شد استاد در میان خیل شاگردان غیبت او را حس می‌نمود و حتی نقل است که روزی آیت‌الله بروجردی از گذر معروف «خان‌» برای تدریس به طرف صحن مطهر، حضرت معصومه (س‌) می‌رفت از دور ملاحظه کرد که استاد مطهری به طرف دیگری می‌رود، بلافاصله از اطرافیان سؤال کردند آقای مطهری کجا می‌رود الان وقت درس است‌.
در سالهای اولیه اقامت او در قم مرحوم آقای نجفی قوچانی روحانی مبارز عصر مشروطه هرگاه به قم مشرف می‌شد به اعتبار سابقة دیرینه‌ای که با رفیق سرخسی خود ـ پدر استاد مطهری ـ داشت به حجرة او وارد می‌شد. و این مجالست نیز بر او اثری بس نیکو می‌گذارد .
استاد مطهری در خصوص آشنایی با مکاتب مادی جدید می گویند :
«تحصیل رسمی علوم عقلی را از سال 23 شمسی آغاز کردم‌. این میل را همیشه در خود احساس می‌کردم که با منطق و اندیشه مادیین از نزدیک آشنا گردم و آرا و عقاید آنها را در کتب خودشان بخوانم‌. دقیقاً یادم نیست‌، شاید در سال 25 بود که با برخی کتب مادیین که از طرف حزب توده ایران به زبان فارسی منتشر می‌شد و یا به زبان عربی‌27 در مصر مثلاً منتشر شده بود آشنا شدم‌. کتابهای دکتر تقی ارانی را هر چه می‌یافتم به دقت می‌خواندم و چون در آن وقت به علت آشنا نبودن با اصطلاحات فلسفی جدید، فهم مطالب آنها بر من دشوار بود، مکرر می‌خواندم و یادداشت برمی‌داشتم و به کتب مختلف مراجعه می‌کردم‌، بعضی از کتابهای ارانی را آن قدر مکرر خوانده بودم که جمله‌ها در ذهنم نقش بسته بود...»
علامه سید محمدحسین طباطبائی (ره‌) در سال 1325 به قم مهاجرت کرد و در قم گوشه انزوا طلبیده و تنها به بحث مختصری در زمینه فلسفه اکتفا کرده بود. در این زمان مطهری نیز در طبقه فوقانی مدرسه فیضیه مطول تفتازانی را که از استادش‌، شهید صدوقی فرا گرفته بود تدریس می‌کرد و چون ادبیاتش مورد ستایش بود، درسش نیز مورد استقبال قرار گرفت‌. و بعدها شرح مطالع در منطق و شرح تجرید در علم کلام و رسایل و کفایه در علم اصول و مکاسب در فقه و شرح منظومه و اسفار در حکمت را نیز تدریس کرد. به گونه‌ای که از اساتید برجسته حوزه به شمار می‌رفت‌. در قبال پیشنهاد یکی از دوستانش مبنی بر شرکت در درس شفای بوعلی که توسط علامه طباطبائی آغاز شده بود با بی‌اعتنایی‌، می‌گوید : «تدریس کتاب شفا از عهدة هر کسی برنمی‌آید. این آقا هم گمان نمی‌کنم بتواند «شفا» را درس بدهد.» اما با اصرار دوستش در سال 1329 به درس علامه می‌رود و در همان جلسه اول مجذوب او می‌شود و بعدها می‌گوید : علامه صاحب کشف و شهود است و خیلی از مسائل را از طریق کشف به دست می‌آورد. و علاوه بر شرکت در درس عمومی علامه طالب فیض بیشتر شده و در جلسه درس خصوصی دیگر استاد نیز که شبهای پنج‌شنبه و جمعه تشکیل می‌شد شرکت می‌جوید که حاصل این درس پر برکت تدوین کتاب ارزشمند اصول فلسفه و روش رئالیسم است‌. و این جدای از شرکت در جلسه تفسیر قرآن بود که در آن روزگار مرسوم نبود و حاصل آن جلسات هم کتاب تفسیر المیزان بود که به تعبیر استاد مطهری :
«بیشتر مطالب این کتاب را علامه در حالت الهام مانند نوشته‌اند. و اصولاً بیشتر مطالبی را که در کتابها و نوشته‌های خودم دارم ریشه‌هایش را از علامه طباطبائی و خصوصاً از المیزان گرفته‌ام‌.»
و البته این ارادت به علامه ـ که بعدها در پی ذکر نامش کلمه روحی فداه را می‌افزود ـ مانع از آن نبود که به نقد نظریات استاد بپردازد و با صراحت بگوید که من این مطلب را از علامه طباطبائی نمی‌پذیرم و در اینجا نظر خودم چنین است‌.
حضور استاد مطهری در درس استاد علامه طباطبایی (رض‌) حضوری عالمانه و بسیار مفید و سازنده بود و دقت و هوش و زیرکی او نه تنها حاضران را به وجد و حال می‌آورد بلکه خود استاد علامه و آن نابغة عظیم را آن چنان بر سر شوق می‌آورد که می‌گوید :
«... مخصوصاً مرحوم مطهری یک هوش فوق‌العاده‌ای داشت و حرف از او ضایع نمی‌شد. حرفی که می‌گفتیم می‌گرفت و به مغزش می‌رسید. علاوه بر مسأله تقوا و انسانیت و جهات اخلاقی ـ که انصافاً داشت‌. یک هوش فراوانی هم داشت و هر چه می‌گفتیم هدر نمی‌رفت‌، مطمئن بودم که هدر نمی‌رود. این عبارت‌، عبارت خوبی نیست‌، بنده وقتی که ایشان به درسم می‌آمدند حالت رقص پیدا می‌کردم از شوق و شعف‌، به جهت اینکه انسان می‌داند هر چه بگوید هدر نمی‌رود و محفوظ است‌...»
تابستان سال 1331 به مشهد مقدس مشرف می‌شود و سپس راهی فریمان‌ . پس از مشورت با والدین با دختر آیت‌الله روحانی که از علمای وارسته خراسان بود ازدواج نموده‌، به اتفاق همسر جوان خود به قم باز می‌گردد. و در خانه‌ای اجاره‌ای و با فروش کتاب و شهریه خیلی ناچیز زندگی جدیدی را آغاز می‌کنند.
حمایتهای بی‌دریغ او از استاد فرزانه‌اش که طرح اصلاحی برای سامان دادن به سازمان روحانیت را ارائه کرده بود که البته از بد روزگار با شکست مواجه شده بود و فقر شدید حاکم بر زندگی‌، استاد را مجبور به جلای موطن مألوف علمی و تحقیقی خود کرد. او خود نزدِ یکی از دوستانش چنین درد دل کرده است :
«براثر شکست طرح آقای خمینی برای اصلاح حوزه که من هم از فعالان آن و شاگرد ایشان بودم‌، از اطرافیان آیت‌الله بروجردی ضربه خوردم‌. اطرافیان‌، طوری مرا از نظر آقای بروجردی انداخته بودند که هر چه کردم مرا احضار کند تا حضوراً عرایضم را عرض کنم‌، نتیجه‌ای نگرفتم‌. حتی روزی نامه‌ای نوشته و در آن عرض کرده بودم در کجای دنیا رسم است که درباره کسی حکم غیابی صادر کنند؟ چیزهایی که به شما گفته‌اند، بنده را احضار کنید که توضیح بدهم تا رفع هرگونه سوءتفاهم شود. نامه را دادم به آقای منتظری که هم مباحثه بودیم و نزد آیت‌الله بروجردی آمد و رفت داشت و گفتم در یک فرصت مناسب به دست ایشان بدهد. آقای منتظری گفت : «دادم نگرفت‌» ناچار به تهران آمدم‌... علت بیرون آمدنم از حوزه این بود و از آن موقع تاکنون به جرم ارادت به آقای خمینی نزد خودی و بیگانه صدمه دیده‌ام و می‌بینم‌. تا وضع ما روحانیان و آقایان مراجع چنین باشد. این قضایا هم هست باید تحول اساسی در حوزه به وجود بیاید که چهار نفر کم مایه نتوانند این طور با سرنوشت افراد بازی کنند و سد راه خدمات ارزنده به اسلام و مسلمین باشند.»
پس از ورود به تهران در امتحانات اولین دورة مدرسی معقول و منقول شرکت کرد . آیت الله جوادی آملی در این خصوص ، چنین می گویند :
«وقتی ایشان از قم به تهران آمدند در اولین دورة امتحانات مدرسی معقول و منقول شرکت کردند ... مصلحت الهی هر چه بود خدا خواست که ایشان بتواند جامع بین حوزه و دانشگاه باشند، رابطی باشند که قدیم و جدید را وصل کنند، دانشگاه و فیضیه را به هم متصل کنند، وقتی ایشان از تهران به قم آمدند... و آمدند در حجره و تعریف کردند، گفتند که در جلسة امتحان‌، ممتحنین چه مسئله فلسفی از من پرسیدند، دیگران چه جواب دادند و من چه جواب دادم‌، گفتند هیئت ممتحنه به اتفاق گفتند چه کنیم نمره‌ای بالاتر از بیست نیست‌، و اگر نمره‌ای بالاتر از بیست بود به شما می‌دادیم‌، در رشته معقول و فلسفه شاگرد اول شدند و نمرة بیست را گرفتند.»
با ورود به تهران ابتدا در مدرسه مروی به تدریس شرح منظومه‌، شرح اشارات و شفا رو آورد و حدود بیست سال در این مدرسه به تربیت طلاب و محققین علوم و فرهنگ اسلامی توفیق یافت‌. اولین اثر علمی او نیز در سال 1332 با نام اصول فلسفه و روش رئالیسم شکل گرفت کتابی که به تعبیر علامه طباطبائی :
«مجملات‌... و مقاله‌های فشرده بود و ما می‌خواستیم باز شود مطلب روشن شود و کسی که این معنی را بتواند برعهده بگیرد مرحوم آقای مطهری بود. شروع کرد و به بهترین وجهی هم از عهده برآمد. این است که ما دو دستی به او می‌دادیم که حل کند و حل هم کرد. آن مقداری که نوشته قابل توجه است و خودش هم صاحب نظر بود.»
به سال 1333 آغاز تدریس آزمایشی او بود که خوش درخشید و سرمنشأ خیرات و برکات فراوانی برای عرصه اصول فلسفه و معارف اسلامی شد.
مقالات او در مجلات و نشریات توجه هر خواننده‌ای را به خود جلب می‌کرد از آن جمله همکاری او در نشریه وزین مکتب تشیع که در آن روزگار به همت چند طلبه آگاه و مبارز راه‌اندازی شده بود و البته براثر فشار رژیم دوام نیاورد و عمری کوتاه داشت‌.
نقل است که او برای هر جلسه تدریس و منبر خود ساعتها مطالعه می‌کرد و اگر ندرتاً موفق به مطالعه نمی‌شد در آن روز بر کرسی تدریس نمی‌نشست و یا از پله منبر بالا نمی‌رفت‌. اولین جلسه تفسیر قرآن او نیز در همان سالهای اولیه ورود او به تهران و در انجمن اسلامی دانشجویان آغاز شد.
از سال 1337 با شرکت در جلسات انجمن اسلامی پزشکان و ایراد بحثهای اعتقادی حساس‌، به پاسخگویی نسل تحصیل کرده توفیق یافت و از این ره‌گذر و در طول بیست سال موضوعاتی چون توحید، نبوت‌، معاد، مسأله حجاب‌، بردگی از نظر اسلام‌، صلح امام حسن (ع‌)، امام صادق (ع‌) مسأله خلافت‌، مسأله ولایتعهدی امام رضا(ع‌)، پرورش جسم و استعداد عقلانی‌، عوامل تربیت اسلامی‌، فطرت‌، ربا، بانک و بیمه و... را در آن انجمن به بحث گذاشته‌، به پرورش نفوس مستعده در آن جمع همت گماشت‌. در عین تدریس اسفار و ارائه بحثهای کلامی کلان در پی اطلاع از نیاز جوانان و نوجوانان در سال 1339 جلد اول داستان راستان را منتشر کرد و جلد دوم آن نیز در سال 43 با استقبال مواجه شد و بعدها نیز از طرف یونسکو نیز جایزه‌ای بدان تعلق گرفت‌. 
همزمان با تحصیل در ایام تبلیغی به همراه سایر همراهان دست به سفرهای تبلیغی زده راهی مناطق مختلف کشور می‌شد. سفر به اراک‌، همدان‌، اصفهان و نجف‌آباد از آن جمله بود. آیت‌الله شهید دکتر بهشتی در این زمینه می‌گوید :
«یک خاطره‌... مربوط به سال 1326... در یکی از روزهای میلاد یکی از ائمه در ماه رجب یا شعبان دقیقاً به خاطر ندارم در حجره یکی از دوستانمان آقای ایزدی نجف‌آبادی امام جمعة نجف‌آباد مهمان بودیم در آن روز صحبت از این رفت که باید روحانیت برای مؤثر واقع‌تر شدن خودش تلاش کند سه نفری با هم صحبت کردیم و گفتیم خوب است ماه رمضان امسال ـ که در تابستان هم بود ـ بلند شویم برویم و به محرومین و دور افتاده‌ترین نقاط کشور برای رساندن پیام اسلام به آن مردمی که کمتر کسی سراغشان می‌رود، فکر مورد قبول قرار گرفت و در آن سال 18 نفری به اطراف رفتیم و قرار شد نفری صد تومان بدهیم و چون غالباً نفری صد تومان را نداشتیم مرحوم آقای بروجردی که بوسیله امام خمینی در جریان این برنامه قرار گرفته بودند این خرج سفر را تأمین کردند. قرار شد برویم اگر جایی هم نبود ـ چون تابستان بود ـ با همان عبای خودمان هر جا که شد بخوابیم و خوراک هم خودمان تهیه کنیم به طوری که آزاد بتوانیم فعالیت تبلیغی داشته باشیم‌. این سفر با موفقیت انجام گرفت و در بازگشت از این سفر در اول شهریور 1326 نشستیم و یک برنامه مطالعاتی مناسب با این سفرها تنظیم کردیم و 18 نفر به گروههای سه نفری تقسیم شدند و هر گروهی یک یا دو رشته را انتخاب کردند و شروع به کار کردند. آقای مطهری‌... و من سه نفری در گروه اسلام و ماتریالیسم و مادیگری در اسلام وارد مطالعه شدیم‌... زمینه بحثمان کتابی بود به نام «علی‌اطلال مذهب‌المادی‌» (بر ویرانه‌های مادیگری‌) که نویسنده آن فرید وجدی بود، که کتاب جالبی به زبان عربی بود.»
تابستان سال 1326 که برای زیارت پدر و مادر به فریمان می‌رود از حسن اتفاق‌، استاد محبوبش آیت‌الله خمینی نیز به مشهد مشرف می‌شود و این بهانه‌ای می‌شود که وی را به فریمان دعوت کند و چند روزی در خانه پدری از استاد عزیز خود پذیرایی کرده و محبت قلبی خویش را به او بیش از پیش بنمایاند.
در سال 1345 ابراهیم مهدوی در مجله زن روز مطالبی در مورد حجاب و زن نوشت که استاد بدون پروا از اینکه دیگران چه خواهند نوشت و چه خواهند گفت با انتشار یک سلسله مقالات در همان مجله پاسخ یاوه‌گوییهای آن فرد را داد و بعدها همان مقالات را با عنوان «نظام حقوق زن در اسلام‌» منتشر کرد که بسیار مورد استقبال قرار گرفت‌. استاد خود در شأن نزول نشر این کتاب می‌نویسد :
«... آنچه اکنون از نظر خوانندة محترم می‌گذرد مجموع مقالاتی است که به مناسبت خاصی‌، این بنده در سالهای 45 ـ 46 در مجلة «زن روز» تحت عنوان «زن در حقوق اسلامی‌» نشر داد و توجه فراوانی جلب کرد. برای افرادی که سابقة کار را نمی‌دانند و در آن اوقات در جریان نبودند و اکنون می‌شنوند که این مقالات در آن مجله‌، اولین بار نشر یافته است‌، قطعاً موجب شگفتی خواهد بود که چگونه این بنده آن مجله را برای این سلسله مقالات انتخاب کردم و چگونه آن مجله حاضر شد بدون هیچ دخل و تصرفی این مقالات را چاپ کند. از این رو لازم می‌دانم «شأن نزول‌» این مقالات را بیان نمایم‌. در سال 45 تب تعویض قوانین مدنی در مورد حقوق خانوادگی‌، در سطح مجلات‌، خصوصاً مجلات زنانه سخت بالا گرفت و نظر به اینکه بسیاری از پیشنهادهایی که می‌شد بر ضد نصوص مسلم قرآن بود، طبعاً ناراحتیهایی در میان مسلمانان ایران به وجود آورد. در این میان‌، قاضی فقید ابراهیم مهدوی زنجانی‌، عفی‌الله عنه‌، بیش از همه گردوخاک می‌کرد و حرارت به خرج می‌داد. مشارالیه لایحه‌ای در چهل ماده به همین منظور تنظیم کرد و در مجلة فوق‌الذکر چاپ نمود. ...من قبلاً ضمن مطالعات خود دربارة حقوق زن‌، کتابی از مهدوی فقید در این موضوعات خوانده بودم و مدتها بود که به منطق او و امثال او آشنا بودم‌. به علاوه‌، سالها بود که حقوق زن در اسلام مورد علاقة شدید من بود و یادداشتهای زیادی در این زمینه تهیه کرده و آماده بودم‌. مقالات مهدوی فقید چاپ شد و این مقالات نیز رو در روی آنها قرار گرفت‌. طبعاً من از موضوعی شروع کردم که مشارالیه بحث خود را شروع کرده بود. درج این سلسله مقالات مشارالیه را در مشکل سختی قرار داد، ولی شش هفته بیشتر طول نکشید که با سکتة قلبی درگذشت و برای همیشه از پاسخگویی راحت شد !در آن شش هفته این سلسله مقالات جای خود را باز کرد. علاقه‌مندان هم از من و هم از مجله تقاضا کردند که این سلسله مقالات مستقلاً ادامه یابد. با این تقاضا موافقت شد و تا 33 مقاله ادامه یافت‌. این بود «شأن نزول‌» این مقالات‌...»
یکی از دوستان استاد در مورد نشر مقاله در زن روز می‌گوید :
«مرحوم مطهری هوادار بحث و گفتگو با هر گروه و فرقه‌ای بود. خوب به خاطر دارم که با وجود مخالفت شدید بسیاری از دوستان خود، در مجله «زن روز» آن ایام که صفحات «بر سر چهارراه‌» آن زشت‌ترین و بی‌شرمانه‌ترین راهنمایی‌ها را به دختران و زنان ایران می‌کرد، مقالاتی می‌نوشت و معتقد بود که باید دلایل و مطالب ما در مجله خود آنها هم منتشر شود تا آنها بدانند که ما چه می‌گوئیم‌. در پاسخ اعتراض من در همین زمینه که می‌گفتم : «مقالات شما باعث می‌شود پای «زن روز» به خانه‌های مسلمانان هم باز شود و موجب فساد دختران جوان گردد ایشان گفتند: اگر خانواده‌ای مسلمان با خواندن چند شماره «زن روز» فاسد، فاسد بشوند باید در تربیت آنها کوشید ولی باید توجه داشت که زن روز قبل از نشر مقالات من در تیراژی بالای صد هزار منتشر می‌شد یعنی در صد هزار خانواده ایرانی و اغلب مسلمان راه دارد و من با نوشتن مقالاتی در این مجله‌، حرفهای خودمان را به میان صد هزار خانواده‌ای می‌برم که به مسجد و حسینیه نمی‌آیند. قرآن مجید درباره مشرکین می‌فرماید : «لم یکن الذین کفروا من اهل الکتاب منفکین حتی تأتیهم البیّنه‌» این آیه علاوه بر تفاسیری که شده‌، معنی جالبی هم دارد و آن این است که تا شما برای مشرکین دلیل و برهان نیاورید و با آنها به بحث آزاد ننشینید، دست از کار و راه خود برنمی‌دارند و این خود دلیل روشنی است که قرآن به اندیشه و گفتگوی همراه با دلیل و برهان‌، اهمیت می‌دهد و آن را جدّی تلقی می‌کند و در واقع طرح کردن یک موضوع به طریق استدلالی و منطقی‌، به تعبیر قرآن می‌تواند در جهت دادن به زندگی انسان و تغییر مسیر و کیفیت آن‌، عامل سازنده و اصلی باشد.»
... شاه گفته بود که اساتید دانشگاه جمع بشوند و راجع به مواد انقلاب سفید نظریاتی بدهند و اگر انتقاداتی دارند بکنند، و در همین رابطه هم آقای مطهری را دعوت کرده بودند و نامه تهدیدآمیز بود که اگر نیایید چنین و چنان می‌شود، و ایشان گفتند من نمی‌روم هر چه می‌خواهد بشود. با شروع نهضت روحانیت در سال 41 به رهبری امام خمینی مطهری نیز از جان و دل به تقویت مواضع رهبر و مراد و استاد خود پرداخت و بهای آن را نیز در شب عاشورای سال 42 و پس از بازگشت از سخنرانی در خیابان پیروزی پرداخت و به اسارت عوامل رژیم شاه درآمد. همسر استاد می‌گوید :
«شب عاشورایی بود که ایشان سخنرانی عجیبی کرده بودند و به منبریها گفته بودند که باید واقعیت را بگویید و در مقابل هر نوع حادثه و گرفتاری بایستید بعد از سخنرانی بود که نیم ساعت بعد از نیمه شب ایشان به منزل آمدند. منزل ما یک حیاط 100 متری در کوچه دردار بود آن روز بچه‌ای دوماهه نیز داشتم ایشان طبق معمول که یک ذرّه پنیر یا کره می‌خوردند همان شام مختصر را از من طلب کردند و من رفتم شام بیاورم‌. در زدند و استاد برای باز کردن در به در حیاط رفتند. آنها دائم مطهری را می‌کشیدند و ایشان می‌خواستند لباس عوض کنند ولی اجازه نمی‌دادند. من آمدم جلو ایشان به من گفتند : «لباسهای مرا بیاور» در جیب قبای ایشان پُر بود از اعلامیه و دفتر تلفن و مدارک من فوراً رفتم و قبای دیگری برای ایشان آوردم‌. آن شب ایشان را دستگیر کردند و نزدیک به دو ماه زندانی بودند. وقتی آزاد شدند در اولین دیدار با من‌، خندیدند و گفتند : اگر کار تو نبود و آن قبا را عوض نکرده بودی رازهای ما کشف شده بود. تو خیلی زرنگی کردی‌.»
پاکروان رئیس وقت ساواک‌، در مورد بازداشت استاد، خطاب به دادستان ارتش می‌نویسد :
«مرتضی مطهری فرزند محمد حسین‌... در تاریخ 15/3/42 به اتهام اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت دستگیر و در حال حاضر در زندان شهربانی کل کشور بازداشت می‌باشد. علیهذا خواهشمند است دستور فرمایید نسبت به صدور قرار بازداشت مشارالیه اقدام مقتضی معمول و نتیجه را به این سازمان اعلام نمایند.»
علیرغم جو موجود، تنگی جا در زندان و شرایط غیرقابل تحمل فضای حاکم بر بازداشتگاه 65 زندانی که همه از علما و مبلغان برجسته کشور بودند روزگار را بر خود تنگ نکرده و با تشکیل نشست‌های دوستانه علمی و فکاهی اوقات زندان را برخود گوارا می‌نمودند. سرانجام فشار مردم و مهاجرت علمای درجه اول بلاد ایران به تهران سبب شد که روحانیون زندانی پس از تحمل 43 روز حبس از زندان آزاد گردند . استاد مطهری در تقویم روز 26 تیر ماه سال 42 خویش می‌نویسد :
«در این روز در حدود ساعت 6 بعد از ظهر، از زندان موقت شهربانی آزاد شدیم و... اللهم اختم لنا بالخیر والعافیة و السلامة و البرکة‌»
مشارکت او در شکل‌گیری هیئت‌های مؤتلفه که در آن روزگار نقش چشمگیری در سازماندهی تظاهرات و فعالیتهای سیاسی و پخش اعلامیه‌های امام در سراسر کشور را داشت قابل توجه است و به فرمان رهبری نهضت استاد مطهری به همراه دکتر بهشتی و حجج اسلام انواری و مولایی و غفوری شورای فقهای مؤتلفه را تشکیل داده و در تدوین ایدئولوژی گروه نقش اساسی را ایفا می‌نمایند. کتاب با ارزش «انسان و سرنوشت‌» او محصول تدریس در این جمع است‌.
آیت‌الله انواری از مبارزان قدیمی از شکل‌گیری مؤتلفه و نقش اساسی استاد و مخالفت او با مبارزه نظامی تهی از آموزش ایدئولوژیک چنین می‌گوید :
«در رأس کسانی که به این جمعیت کمک می‌کردند، در درجة اول امام خمینی بودند و بعد از ایشان هم آیت‌الله میلانی که در آن روزگار همکاری می‌کردند. کار شورای روحانیت این بود که اگر مطالبی یا دستوری از بالا ـ یعنی امام ـ می‌رسید، آن را منعکس می‌کردند تا از ارگانهای پایین اجرا کنند. اگر هم چیزی به نظر شورا می‌رسید، به بالا پیشنهاد می‌کرد. همچنین اگر از کمیتة مرکزی پیشنهاد می‌شد، به شورا می‌آمد و پس از بررسی به بالا ارائه می‌شد. یکی از وظایف شورای روحانیت‌، تهیة خوراک فکری برای جوانها بود. من خوب یادم است که در آن روزگار چند جزوه تهیه شده بود که یکی از آنها نوشتة شهید استاد مطهری بود که تایپ شده بود و آن را به حوزه‌ها داده بودند که تدریس می‌کردند. بعدها که ما زندانی شدیم‌، این کتاب چاپ شد. اواخر سال 43، بعد از جریان کاپیتولاسیون‌، امام خمینی را به ترکیه تبعید کردند. در این حال‌، هیئتهای مؤتلفه به فکر افتادند که از صورت فعالیت تعلیمی و ایدئولوژیکی بیرون آیند و به صورت سازمانی سیاسی ـ نظامی وارد کار شوند. در آن روزگار بنده با این کار موافق بودم‌. بعضی از دوستان هم موافق بودند، به این شرط که به نام ما تمام نشود. بعضی هم با این کار واقعاً مخالفت می‌کردند. من اعتراف می‌کنم که نظر استاد مطهری نظر جالبی بود. ایشان می‌گفتند : ما هنوز یک ایدئولوژی صحیح و مدون ارائه نداده‌ایم و جوانهای خود را آموزش اسلامی نداده‌ایم و مفاهیم را روشن نکرده‌ایم‌. اینها که در حال حاضر با عصای احساسات پیش می‌روند و اطلاعاتشان دربارة اسلام کم و ضعیف است‌، فردا که ما این کار را شروع کنیم‌، اگر تحت تأثیر نیروهای الحادی قرار بگیرند، ما که آمده‌ایم اسلامی کنیم و جوانهای خود را با اسلام آشنا کنیم و اهداف اسلامی را پیش ببریم‌، نتیجة عکس می‌گیریم‌; چرا که بچه‌های خود را به دست نیروهای الحادی و کمونیستها داده‌ایم‌. البته در آن وقت‌، دست کم من متوجه این مسئله نبودم‌. شاید جوانتر بودم و ایشان دوراندیش‌تر بودند و عمیقتر فکر می‌کردند. این مطلبی بود که بعدها به آن رسیدم و احساس کردم که حق به جانب ایشان بود.»
بنیان نهادن حسینیه ارشاد در سال 1346 نیز از جمله شیوه‌های نوین مبارزه فرهنگی او در اوج غربت دین و دینداری بود که البته برای او پایان غم‌انگیزی داشت و در پی برخی خودسریهای مدیر داخلی حسینیه ارشاد، استاد مطهری در سال 1349 مجبور به ترک حسینیه گردید.
مطهری در اوج اختناق حاکم بر کشور در پاسخ مراجعین برای امر تقلید همگان را به تقلید از آیت‌الله خمینی ارجاع می‌داد و در جایی گفته بود :
«ایشان از لحاظ علمی ابتکاراتی در فقه دارند که مخصوص خودشان است‌... و اگر تا ده سال دیگر خداوند این آقا را زنده نگه دارد، تحولی در ایران به وجود خواهد آمد.»
و یا در پاسخ دیگری گفته بود :
«در درجه اول آقای خمینی‌. به نظر من در بودن آقای خمینی بی‌انصافی است که از کس دیگری تقلید کنید... تقلید از حاج آقا روح‌الله لذت دیگری دارد.»
استاد مطهری در سال 1347 از سوی امام خمینی اجازه در امور حسبیه شرعیه را دریافت نمود . در متن این اجازه نامه آمده است :
« و بعد، جناب مستطاب عماد العلمأالاعلام و حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ مرتضی مطهری ـ دامت افاضاته ـ مجازند در امور حسبیه و شرعیه که در عصر غیبت ولی امر ـ عجل‌الله تعالی فرجه ـ از مختصات فقیه جامع‌الشرایط و منوط به اذن اوست : «فله‌التصدی لما ذکر مع مراعاة الاحتیاط» و نیز مجازند در اخذ سهم مبارک امام ـ علیه‌السلام ـ و صرف نصف آن را در مواردی که برای علو اسلام و ترویج احکام مقدسه و تشیید مبانی دین حنیف مفید است و ایصال نصف دیگر را نزد حقیر برای صرف در حوزه‌های مهمه اسلامیه‌. و وکیل هستند در دستگردان نمودن و امهال به مقدار صلاح و اخذ و صرف و ایصال به نحوی که مذکور گردید. »
شهید مطهری در سال 1349 به خاطر صدور اعلامیه‌ای مبنی بر جمع اعانه برای کمک به آوارگان فلسطینی و اعلام آن طی یک سخنرانی در حسینیه ارشاد به ساواک احضار شد. این در حالی بود که ساواک چند روز پس از اطلاع از صدور این بیانیه دستور کنترل 24 ساعته و شنود تلفن استاد را صادر کرده بود. در سندی از ساواک چنین می‌خوانیم :
« ... چندی قبل سه نفر از روحانیون افراطی تهران و قم به اسامی شیخ مرتضی مطهری‌، سید ابوالفضل موسوی زنجانی و محمدحسین علامه طباطبائی با انتشار اعلامیه‌هایی از مردم درخواست کردند به منظور کمک به آوارگان فلسطین کمکهای نقدی خود را به حسابهایی که از طرف آنان در بانکهای ملی ایران‌، صادرات و بازرگانان باز شده واریز نمایند.
در اجرای اوامر صادره چندین بار با شیخ مطهری تماس حاصل و به وی توصیه شد با توجه به اینکه وجوه مذکور از طریق سفارتخانه‌های عربی فرستاده می‌شود به مصرف حقیقی نمی‌رسد. اصلح است در ایران صرف کارهای خیر از قبیل تأسیس مدرسه‌، مسجد و مؤسسات خیریه برسد یا در اختیار جمعیت شیروخورشید سرخ قرار گیرد تا از این طریق در امور عام‌المنفعه خرج شود : نامبرده اظهار داشته وظیفه شرعی آنان حکم می‌کند وجوهی که از طرف مردم به عنوان امانت در حسابهای آنان واریز شده به فلسطین فرستاده شود و چنانچه در جایی غیر از محل مورد نظر مردم صرف شود متهم به خیانت در امانت خواهند شد لذا از اجرای خواسته ساواک معذور است‌. چون مشارالیه در دفعات قبل با جسارت تمام از انجام دستور سرپیچی می‌کرد ... » .
در سندی دیگر با عنوان : «جمع‌آوری وجه جهت سازمان الفتح‌» اداره کل سوم در تاریخ 31/2/49 با تنظیم خلاصه سابقه استاد مطهری چنین می‌نویسد :
«الف ـ شیخ مرتضی مطهری فرزند حسین شغل استاد دانشکده الهیات‌، از روحانیون افراطی و طرفدار نهضت به اصطلاح آزادی است که در تاریخ 15/3/42 به اتهام اقدام بر ضد امینت داخلی کشور دستگیر و در تاریخ 26/4/42 از زندان آزاد و سرانجام قرار منع پیگرد درباره وی صادر شده است‌.
شخص مذکور مدتی بجای سید محمود طالقانی در مسجد هدایت نماز جماعت برگزار می‌نموده و همواره در گفتار و مذاکرات خود مطالب تحریک آمیز و انتقادی بیان می‌نماید که از جمله در تاریخ 31/4/43 به طور خصوصی اظهار داشته مردم بس که مبارزه کردند و نتیجه نگرفتند خسته شدند و همگی مأیوسند مخصوصاً جبهه ملی که روی همین اصل عقب نشینی کرد و سران نهضت آزادی هم تنها روی ایمان آنها بود که ایستادگی کردند. وظیفة ما روحانیون و وعاظ است که نگذاریم مردم از مبارزة خود ناامید شوند بلکه باید آنها را امیدوار سازیم و روحیة آنان را تقویت کنیم‌.
مشارالیه روز 17/7/48 ضمن سخنرانی در حسینیه ارشاد مطالبی در مورد نهضت آزادیبخش اسلام مطالبی ایراد و افزوده با شعار زنده باد و مرده باد نمی‌توان آزاد شد و آزادی معنوی با آزادی اجتماعی همراه است‌. اسلام گفته است هیچ‌کس در اجتماع نمی‌تواند برتر و بهتر از دیگری باشد و قرآن این حق را داده که اگر کسی دارای قدرت شد و بر ضعیف ستم نمود و قوانین اسلامی را نادیده گرفت او را از مقام خود به زیر بکشند و حق خود را از وی بگیرند. سپس اضافه کرده چرا مردم از یک مقامی که در رأس قرار دارد با نام و القاب ستایش کننده او را صدا می‌کنند؟ فقط خداست که بایستی مورد ستایش قرار گیرد.
نامبرده روز 10/9/48 در سالن امتحانات کوی دانشگاه تهران تحت عنوان انسانیت در مکتب علی صحبت و اظهار نموده‌: استعمارگران غربی می‌کوشند تا ما را در قید و بند اسارت نفس خود نگهداشته و حس آزادیخواهی و آزادی طلبی را از ما سلب کنند.»
و لذا سپهبد ناصر مقدم ذیل این خلاصه سابقه می‌نویسد :
«صلاحیت استادی ندارد به اداره کل 4 منعکس گردد. 3/3/49»
گزارشگران ساواک از شرکت او در سمینار دبیران علوم دینی که از تاریخ 11/5/49 به مدت پنج روز در باشگاه فرهنگیان مشهد تشکیل شده بود جلوگیری کرده و اظهارات او را تحریک‌آمیز و برخلاف مصالح کشور دانسته می‌نویسند :
«او اظهار داشته که این سمینار جنبه تشریفاتی دارد نه جنبه دینی برای اینکه تمام دستگاههای دولت در این مملکت با دین مبارزه می‌نمایند و مردم را به بی‌دینی دعوت می‌کنند. ]مطهری‌[ نسبت به نثار تاج گل بر پیکر رضاشاه اعتراض کرده و گفته آیا دبیران علوم دینی هم باید بت‌پرست باشند.»
پس از ارسال این گزارش به مرکز که طی آن خبر از اقدام جهت برکناری شهید مطهری از سمت استادیاری دانشکده الهیات می‌دهد. ناصر مقدم مقام عالی امنیتی ذیل گزارش می‌نویسد :
«تحت مراقبت قرار گیرد.»
 خشم ساواک از اقدام او برای کمک به فلسطینیان‌ِ مورد هجوم قرار گرفته فروکش نکرده‌، با ارسال چند نامه به مراکز ذیربط از جمله دانشگاه تهران می‌نویسد:
«آقای شیخ مرتضی مطهری دانشیار دانشگاه تهران صلاحیت تدریس در دانشکده الهیات و سایر دانشکده‌ها را ندارد. 9/7/49»
ساواک تمامی منابر وعظ و خطابه‌های استاد را هر چه بیشتر تحت نظر گرفته‌، با گماشتن منابع متعدد آنی از فعالیتهای او چشم نمی‌پوشید :
«بعدازظهر روز 18/5/50 در مسجد هدایت ... شیخ مرتضی مطهری بالای منبر رفت و ... گفت : «باید از ایمان مثل جواهر مواظبت نمود اگر غرب صنعت و پول دارد کشور ما هم معنویات دارد شما جوانها فکر می‌کنید خارجیان فقط در فکر بردن نفت و ذخایر زیرزمینی ما هستند اما آنها با معنویت شما نیز سرو کار دارند وقتی که ملتی ایمان نداشته باشد غالب شدن بر آن ملت آسان است و سپس درباره علت شکست اسپانیای مسلمان که بر اثر عیاشی ملت اسپانیا در زمان قدیم به وقوع پیوسته صحبت کرد.»
با ارسال گزارش سخنرانی او در مسجد الجواد که پیرامون تقیّه بحث کرده و گفته بود :
«تقیّه در اسلام یعنی مبارزه زیرزمینی نه اینکه طوری عمل کنید که باعث راحتی شود.»
بلافاصله ناصر مقدم عکس‌العمل نشان داده‌، به ساواک تهران دستور می‌دهد که فعالیتهای او را تحت‌نظر بگیرند و مسافرتهای تبلیغی او را اطلاع دهند و اعمال و رفتارش تحت مراقبت کامل باشد.
فشار ساواک به گونه‌ای افزایش می‌یابد که دستور مراقبت از سخنرانی او در دانشکده الهیات مشهد که به دعوت رئیس دانشکده صورت گرفته بود نیز صادر می‌شود.
سال 1352 را نیز استاد مطهری با فشار عناصر ساواکی و کنترل منابع ساواک پشت سر می‌گذارد حتی از سخنرانیهای او در مسجد جاوید نیز مورد حساسیت ساواک قرار گرفته و دستور بررسی مجدد داده می‌شود و از ساواک تهران و شمیرانات خواستار مراقبت بیشتر از او می‌شوند. با اطلاع از انتشار کتاب عدل الهی استاد مطهری‌، خواستار ارسال یک نسخه از آن کتاب برای اداره کل امنیت داخلی می‌شود.
 
منابع ساواک به اطلاع مقامات عالیرتبه ساواک می‌رسانند که به دعوت دانشجویان قرار است مرتضی مطهری در روزهای 5 و 6 و 7 و اسفند ماه 1352 در مسجد دانشگاه ملی به ایراد سخن پردازد. ثابتی که اینک پست سابق ناصر مقدم را اشغال کرده و مدیرکل اداره سوم شده است در پاسخ این استعلام می‌نویسد :
«سخنرانی نامبرده بالا در مسجد دانشگاه موصوف مشروط به احضار و توجیه مشارالیه مبنی بر اینکه از اظهار مطالب تحریک‌آمیز خودداری نماید، می‌باشد.»
مراقبت از استاد در سال 53 نیز ادامه می‌یابد. و کمترین موضعگیری او نیز به مرکز گزارش می‌شود. یکی از واحدهای ساواک در گزارش مورخ 18/1/53 می نویسد :
به سند زیر توجه بفرمایید :
« یاد شده از اینکه نماز جماعت سید علی خامنه‌ای را در مشهد تعطیل کرده‌اند به شدت ناراحت شده و اظهار داشته همه مراکز حساس را که اثری دارد می‌بندند ... انسان متحیر می‌ماند چه کند و چه بگوید وی گفت سید علی خامنه‌ای از نمونه‌های ارزنده‌ای است که برای آینده موجب امیدواری است و در این مدت کوتاه در مشهد کارهای پرثمری انجام داده که یکی از آنها جمع کردن جوانان روشنفکر و بیدار بوده و به همین جهت وی مورد توجه خمینی هم واقع شده و خمینی دستور داده که هواخواهان وی خامنه‌ای را حمایت کنند.»
گزارشگران ساواک در خرداد 53 گزارش می دهند که مطهری در دانشکده الهیات از سید موسی صدر تمجید و از اینکه در مصاحبه‌های خود اوضاع ایران را برای روزنامه‌های معروف جهان تشریح کرده ، او را شجاع و آزادمرد می‌خواند وی گفت :
«صدر اکنون یکی از پایگاههای امیدبخش است زیرا جوانانی که از ایران خود را نجات می‌دهند می‌توانند به وی پناه ببرند و نیز واسطه‌ای مورد اعتماد است برای رساندن پول به خمینی‌. مطهری افزود : اکنون تمام راهها را به روی ما بسته‌اند باید برای بیداری افکار و هدایت جوانان راههای دیگری انتخاب کنیم و نگذاریم جوش و خروشها یک‌باره خاموش شود و من فکر می‌کنم که چه راهی را باید در پیش بگیریم و هنوز فکرم به جایی نرسیده است‌!» 
در مهرماه سال 1353 بود که دانشجویان دانشگاه جندی شاپور آبادان استاد مطهری را برای سخنرانی دعوت می‌نمایند; لیکن پرویز ثابتی دستور مخالفت با برپایی سخنرانی او را می‌دهد و مدتی کوتاه از این ماجرا نگذشته که ثابتی نامه زیر را به ساواک تهران ارسال داشته که حاکی از نگرانی شدید ساواک و دلخوری از فعالیتهای استاد مطهری می‌باشد :
«  گزارشهای واصله حاکی از آن است که نامبرده بالا از مدتی قبل فعالیتهای خلافی را از جمله ایراد مطالب نامناسب و تحریک‌آمیز در محافل دانشجویی مشهد و سمپاشی در بین پاره‌ای از معاشرین خویش دنبال می‌نماید.
علیهذا خواهشمند است دستور فرمایید یاد شده را احضار و ضمن دادن تذکرات شدید، به وی تفهیم نمایند در صورتی که به رویه کنونی خود ادامه دهد، علاوه بر آنکه صلاحیت تدریس در دانشگاه را نخواهد داشت‌، تصمیمات شدیدی درباره‌اش اتخاذ خواهد شد. به علاوه کماکان از اعمال و رفتار و منابر مشارالیه مراقبت به عمل آورده نتایج حاصله را مرتباً اعلام دارند.مدیرکل اداره سوم ـ ثابتی‌» 
در پی تظاهرات طلاب علوم دینیه در 15 خرداد ماه 1354 در مدرسه فیضیه قم که به پاسداشت قیام 15 خرداد 1342 انجام یافته بود ساواک در روز 17 خرداد با اعزام گارد شاهنشاهی و یورش مسلحانه به مدرسه فیضیه به سرکوب شدید طلاب پرداخته جمع کثیری را شدیداً زخمی و تمامی طلاب حاضر در مدرسه را که حدود 400 نفر می‌شد پس از ضرب و شتم شدید به زندان اوین منتقل و مدرسه فیضیه را نیز تعطیل نمود. از سوی دیگر درصدد شناسایی عاملین و محرکین برآمد در این راستا استاد مطهری را نیز مورد مراقبت بیشتر قرار داده و او را نیز جزء محرکین این واقعه قلمداد می‌نماید .
در همین زمان ، اداره کل امنیت داخلی ساواک با تنظیم یک بولتن سه برگی خطاب به نصیری ‌، ضمن ارائه شرح مختصری از فعالیتهای استاد در پایان چنین اعلام نظر می‌کند :
« با عرض مراتب بالا و اینکه اولاً دستگیری روحانی یاد شده موجبات بزرگ شدن وی و بالا رفتن وجهه او در بین عناصر متعصب مذهبی و دانشجویان افراطی خواهد شد. ثانیاً قرار گرفتن این شخص در رأس گروه فلسفة دانشکده الهیات‌، اصولاً وجود وی در دانشگاه‌، با توجه به مقاصد سوء این شخص‌، به هیچ‌وجه به مصلحت نمی‌باشد. ثالثاً ادامه سخنرانیهای مشارالیه در محافل مذهبی صحیح نیست‌، علیهذا مستدعی است در صورت تصویب :
اولاً : به اداره کل چهارم اعلام شود که ادامه خدمت نامبرده در دانشگاه تهران به مصلحت نیست‌. ثانیاً : با همکاری شهربانی کشور از ادامه سخنرانیهای وی مخالفت به عمل آید و مراقبت از او کماکان ادامه یابد. موکول به رأی عالی است‌.»
این پیشنهاد در تاریخ 20/3/54 به رؤیت نعمت‌الله نصیری رئیس وقت ساواک می‌رسد و او در ذیل نامه می‌نویسد :
«موافقت می‌شود حضوراً در مورد این قبیل افراد مذاکره نمایید.»
سپس پرویز ثابتی مقام عالی امنیت به حضور رئیس ساواک شتافته و او را متقاعد به انجام تصمیمات فوق می‌نماید و در تاریخ 22/3/54 یعنی دو روز بعد ذیل نامه دستور زیر را صادر می‌کند :
«مذاکره شد طبق نظریه اقدام شود ثابتی 22/3/54»
از این تاریخ استاد مطهری ممنوع‌المنبر شده و جهت پایان خدمت او در دانشگاه نیز اقداماتی به عمل آورده می‌شود.
استاد مطهری که از قبل پیش‌بینی اتخاذ چنین ترفندی را از سوی ساواک کرده بود از فرصت استفاده کرده و جهت سفر به کشورهای اسلامی به عنوان فرصت مطالعاتی درخواست مرخصی و گذرنامه می‌نماید که در تاریخ  18/10/54 ثابتی ضمن نامه‌ای چنین می‌نویسد :
«صدور گذرنامه جهت نامبرده بالا به مقصد کشورهای عربی از نظر این اداره کل به مصلحت نمی‌باشد. ثابتی »
در خردادماه 1355 ( محرم و صفر ) نیز ساواک به شهربانی و ژاندارمری طی نامه‌ای ممنوع‌المنبر بودن استاد را اعلام و درخواست جلوگیری و مراقبت از منبر وی را نمود.
دوره مشخصی از فعالیتهای او در زمینه ایدئولوژیک نیز وجهه خاصی دارد و آن بعد از ظهور گرایشهای مارکسیستی در سازمان مجاهدین خلق و انتشار آن بیانیه کذایی است که گروهی رسماً مارکسیست شدند. البته در بقیه هم گرایشهای التقاطی وجود داشت‌. بلافاصله شهید مطهری به شدت شروع به فعالیت کرد و کتابها و جزوات دو سال آخر حیاتش را تدوین کرد... کتابهایی درباره توحید، نبوت‌، قیام حضرت مهدی‌، فلسفه تاریخ‌، اقتصاد و... او به تمام شبهاتی که آن جزوات و آن گرایشها به وجود آوردند تک تک پاسخ داد...
همچنین در جریان انقلاب اسلامی تشکیلات روحانیت مبارز در هشت منطقه تهران فعالیت می‌کرد و هر منطقه زیر نظر دو نفر از روحانیون آگاه و متعهد اداره می‌شد. کل این تشکیلات دارای دو ـ سه نفر مشاور عالی بود که مخصوص منطقه خاصی نبودند و خط اصلی کارها را تعیین می‌کردند و به مناطق می‌دادند.
شهید مطهری و شهید بهشتی جزو این مشاوران عالی بودند. بسیاری از اعلامیه‌ها به قلم استاد مطهری بود. پیش‌نویس اساسنامه روحانیت مبارز را ایشان تنظیم کردند که بعد از شهادت ایشان در مجمع عمومی که به همت شهید بهشتی در کرج برگزار شد. تصویب گردید. 
در صفحات 34 و 35 کتاب سیمای استاد مطهری می خوانیم :
« جلسه‌ای بود قبل از سال 56 که یکی از دوستان به خاطر برنامه‌ریزی برای مبارزات تشکیل داده بود... آقای بهشتی و جمعی از بزرگان هم بودند. هنوز با آقای مطهری صحبت نشده بود. خبر جلسه را در نجف دادند که «... جمعی را برای پی‌ریزی بعضی مسایل تشکیل داده‌ایم‌» امام پیغام داده بودند که آقای مطهری باید در آن جمع باشند. آقای مطهری در پیروزی این انقلاب بلکه بوجود آوردن این انقلاب هم نقش بسیار مؤثر داشتند اما در مورد حراست از مرزهای ایدئولوژیک و حفظ نه شرقی و نه غربی و به خصوص التقاط زدایی از اندیشه اسلامی آقای مطهری یک فرد بی‌نظیری بود. ایشان در جامعه روحانیت مبارز شرکت داشتند و خودشان جزو مؤسسین این جامعه بودند. چرا که آن وقت در تهران مهمترین و عمده‌ترین کارها را در رابطه با اجتماعات و تظاهرات مردم‌، راهپیماییها و جلسات بزرگ سخنرانیها، جامعه روحانیت مبارز می‌کرد. مرحوم مطهری نیز در این جلسات شرکت داشتند و فعالیت مؤثر و بسزایی ایفا می‌کردند. نقش مرحوم مطهری به نظر من نقش درجه یک بود. من شهادت می‌دهم که این شهید بزرگوار در آن دوره غیبت امام وقتی که امام در زندان بودند یا در قیطریه تحت نظر که تحت نظر بودنشان هم یک زندان محترم‌تری بود، یا وقتی در ترکیه تبعید بودند و یا وقتی که به عراق تبعید شدند، در تمام این دوره‌ها مرحوم مطهری کارگشا و راه‌گشای بسیاری از مشکلات مبارزه بود و حضور ایشان این اهمیت را داشت‌. »
سابقه 35 ساله او با رهبری نهضت و اعتماد کامل امام به او وی را به صورت یکی از اصحاب سِر و رازدار انقلاب و امام تبدیل کرده بود و این ارتباط حتی پس از تبعید امام به وسیله پیک و نامه نیز برقرار بود تا اینکه در سال 1355 استاد مطهری به عتبات مشرف شد و به‌دیدار استاد خویش شتافت‌. در این دیدار امام فرمودند :
«مسائل روز را بررسی کنید و جواب بدهید. مسائلی از مکاتب چپی یا مکاتب دیگر را که انحرافی است جواب بدهید.»
پیش از آن نیز امام به او توصیه کرده بود که رابطه خود را با حوزه علمیه قم بیشتر کند و لذا او از سال 1351 تا 1357 هفته‌ای سه روز به قم می‌رفتند و در حوزه علمیة قم‌، دروس مهمی مانند شناخت اصل غائیت‌، فلسفه هگل‌، معارف قرآن‌، مارکس و مارکسیسم‌، منظومه‌، نجات و اسفار را تدریس می‌کرد.
 
به دنبال هجرت تاریخی امام به پاریس‌، مطهری نیز شتابان بدان دیار شتافت‌. «ایامی که آن شهید می‌خواست برای دیدن استادش به فرانسه برود، یادم نمی‌رود. استادی که سالهای سال به انتظار تشریف فرمایی او نشسته بود. آن روزهای آخر، گویا هیچ کاری نداشت‌. اگر از او سؤال می‌کردی می‌گفت که آمادگی پاسخگویی ندارد. اصلاً مثل عاشقی بود که وعده وصلش نزدیک شده باشد.
خود استاد مطهری در بازگشت از سفر پاریس طی سخنانی در وصف امام می‌گوید :
«من که قریب دوازده سال در خدمت این مرد بزرگ تحصیل کرده‌ام‌، باز وقتی که در سفر اخیر به پاریس به ملاقات و زیارت ایشان رفتم‌، چیزهایی از روحیة او درک کردم که نه فقط بر حیرت من‌، بلکه بر ایمانم نیز اضافه کرد. وقتی برگشتم‌، دوستانم گفتند : «چه دیدی‌؟» گفتم چهار تا «آمَن‌َ» دیدم‌. آمن بهدفه ـ به هدفش ایمان دارد. دنیا اگر جمع بشود، نمی‌تواند او را از هدفش منصرف کند. آمن بسبیله ـ به راهی که انتخاب کرده‌، ایمان دارد. امکان ندارد بتوان او را از این راه منصرف کرد. شبیه همان ایمانی که پیغمبر به هدفش و به راهش داشت‌. آمن بقوله ـ در میان همة رفقا و دوستانی که سراغ دارم‌، احدی مثل ایشان به روحیة مردم ایمان ندارد. به ایشان نصیحت می‌کنند که : «آقا! کمی یواشتر. مردم دارند سرد می‌شوند، مردم دارند از پای در می‌آیند.» می‌گوید : «نه‌. مردم اینجور نیستند که شما می‌گویید. من مردم را بهتر می‌شناسم‌.» و ما می‌بینیم که روز به روز صحت سخن ایشان بهتر آشکار می‌شود. و بالاخره‌، بالاتر از همه‌;آمن بربّه ـ در یک جلسة خصوصی‌، ایشان به من می‌گفت : «فلانی‌! این ما نیستیم که چنین می‌کنیم‌. من دست خدا را به وضوح حس می‌کنم‌.»
آدمی که دست خدا و عنایت خدا را حس می‌کند و در راه خدا به وضوح قدم برمی‌دارد، خدا هم مصداق «اِن تَنصُرُوااللهَ یَنصُرکُم‌» بر نصرت او اضافه می‌کند .
بی‌شک از جان گذشتگی و مبارزة خستگی‌ناپذیر با ظلم و ظالم و دفاع سرسختانه از مظلوم و صداقت و صراحت و شجاعت و سازش ناپذیری این رهبر، در انتخاب او به مقام رهبری نقش داشته‌. اما مطلب اساسی چیز دیگری است و آن این که ندای امام خمینی از قلب فرهنگ و از اعماق تاریخ و از ژرفای روح این ملت برمی‌خاست‌. مردمی که در طول چهارده قرن‌، حماسة محمد، علی‌، زهرا، حسنین‌، سلمان‌، ابوذر و... صدها هزار زن و مرد دیگر را شنیده بودند و این حماسه‌ها با روحشان عجین شده بود، بار دیگر همان ندای آشنا را از حلقوم این مرد شنیدند. علی را و حسین را در چهرة او دیدند. او را آیینة تمام نمای فرهنگ خود که تحقیر شده بود، تشخیص دادند. امام چه کرد؟ او به مردم ما شخصیت داد. خود واقعی و هویت اسلامی آنها را به آنان بازگرداند. آنها را از حالت «خودباختگی‌» و... خارج کرد. این بزرگترین هدیه‌ای بود که رهبر به ملت داد. او توانست ایمان از دست رفته مردم را به آنها بازگرداند و آنها را به خودشان مؤمن کند. . 
تشکیل شورای انقلاب و عضوگیری برای آن نیز از جمله فعالیتهای او در جهت پیشبرد اهداف انقلاب بود نقش مؤثر او در این شورا از بسیاری از اتفاقات ناگوار و سوءاستفاده عوامل مخالف نهضت جلوگیری کرد. رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه ای در این خصوص می فرمایند :
«آن وقتی که (شاپور) بختیار پیشنهاد کرده بود برود خدمت امام برسد یک شرحی (اعلامیه‌ای‌) را داده بود به یکی از آقایان وابسته به جبهه ملی که بیاورد شورای انقلاب که بختیار مایل است اگر شما موافقید و اگر امام هم قبول می‌کند این اعلامیه را صادر کند ! این اعلامیه می‌توانست وجهه‌ای برای بختیار درست کرده و کار را عقب بیندازد. لکن در آن جمع ما، دو نفر قاطعاً مخالفت کردند !یکی مرحوم شهید مطهری بود و دیگری مرحوم شهید بهشتی‌. این دو نفر هر کدام یک نکته‌ای را به عنوان ایراد، در این اعلامیه ذکر کردند که اگر آن نکته اصلاح می‌شد نظر بختیار برآورده نمی‌شد. لذا بود که وقتی این دو نفر اصلاحات خود را ذکر کردند و آن اعلامیه برگشت‌، بختیار مایل نشد که آن را پخش کند چرا که برایش فایده‌ای نداشت‌.»
تحصن در دانشگاه تهران یکی از مهمترین عوامل تسهیل در ورود به موقع رهبر انقلاب به وطن و خنثی شدن توطئه‌ها گردید و نقش استاد مطهری در این تحصن تأسیسی بود. آیت‌الله سید حسن طاهری خرم‌آبادی چنین می گویند :
«آقای مطهری در تحصن دانشگاه نیز نقش اساسی داشتند. یادم می‌آید شبی که در مدرسه رفاه جمع شده بودیم که چه باید بکنیم و چه نباید بکنیم‌. پیشنهاد یک تحصن مطرح شد. دکتر بهشتی و آقای مطهری‌، آقای خامنه‌ای و خیلی‌های دیگر بودند. بعضی از دوستان اعتقاد داشتند تحصن در مسجد امام فعلی (مسجد شاه سابق‌) کنار بازار باشد. اما آقای مطهری گفتند که تحصن در دانشگاه باشد و بالاخره هم همان شد. آقای مطهری از در جلو مسجد دانشگاه وارد شدند و گفتند : ما آمده‌ایم تحصن کنیم تا امام بیایند و تا وقتی که امام نیایند، ما نمی‌رویم‌.»
شهید مطهری ، ریاست کمیته استقبال از رهبر انقلاب را شخصاً عهده‌دار شد و با کمک مردم و نیروهای مخلص به احسن وجه مراتب استقبال از امام خمینی را به عمل آورد و سپس چونان مشاوری دلسوز پروانه‌وار گرد شمع وجود استاد خویش می‌چرخید.
پس از انقلاب و با ترور ناجوانمردانه سپهبد شهید ولی‌الله قره‌نی ،  حجة‌الاسلام والمسلمین سید مصطفی محقق داماد به از قول شهید مطهری چنین می گوید :
«به نظرم می‌رسد شخصیت مذهبی و روحانی که در برنامه گروه فرقان است‌، من باشم‌. یقین دارم‌، آنهایی که از استقلال فرهنگ اسلامی می‌ترسند و هراس دارند که این فرهنگ غنی اسلام گسترده شود، با کسی که بسیار دشمنی دارند و بغض او را در این زمینه دارند منم‌. من آرزو دارم که اگر می‌میرم‌، مرگی در راه عقیده‌ام داشته باشم‌، اگر مرا بکشند، یقین دارم که در راه اعتقادم و در راه آنچه سالها برایش قلم زده‌ام و فریاد کشیده‌ام کشته می‌شوم‌.» 
آیت‌الله سید عبدالکریم موسوی اردبیلی‌ نیز از روزهای آخر عمر استاد مطهری ، چنین می گویند :
« نیمه‌های شب دهم اردیبهشت مطهری پیش از موعد قیام همیشگی‌اش برای تهجد بامدادی از خواب برمی‌خیزد و پای بر زمین می‌کوبد به گونه‌ای که همسرش بیدار می‌شود و او را در حالتی خاص می‌یابد. از او می‌پرسد این چه حالت است‌؟ می‌گوید: من الان خواب عجیبی دیدم‌، دیدم که من و امام دو تایی در مسجدالحرام هستیم و در بیت شریف باز شد. پیغمبر از آنجا آمد پایین و آمد طرف من و مرا بوسید من خدمت امام بودم‌، قدری دستپاچه شدم و گفتم‌: «یا رسول‌الله ایشان فرزند شما هستند، پسر شما هستند.» حضرت فرمودند : «بله‌» و رفتند طرف امام و امام را نوازش کردند و امام را بوسیدند و مجدداً برگشتند به طرف من و لبهایشان را بر روی لبهای من گذاشتند و الآن من گرمی لبهای پیامبر را روی لبهایم احساس می‌کنم‌. به او گفتم : این خواب را چگونه تعبیر می‌کنی‌؟ گفت : تغییر بزرگی در زندگی من بوجود می‌آید. »
و سرانجام ساعت 30/22 سه‌شنبه یازدهم اردیبهشت ماه سال 1358، هنگام بازگشت از جلسه شورای انقلاب آن گاه که صدایی جز صدای بالهای ملائکی که برای پرواز روح پاک مطهری به زمین هبوط کرده بودند شنیده نمی‌شد، او از پشت سر هدف گلوله قرار گرفت‌. گلوله‌ای آتشین از زیر لاله گوش راست داخل و از بالای ابروی چپ خارج شد. گواهان بسیاری مراتب تهجد و نیایش‌های شبانه او را از سالهای نوجوانی به شهادت نشسته‌اند و آخرین گواه او ساعت کوکی اطاق استراحت او بود که رأس ساعت 2 بامداد روز دوازدهم اردیبهشت زنگ بیدارباش همیشگی‌اش را نواخت و پیوسته نواخت غافل از اینکه این بار مطهری پیش از سرعت زمان عروج عارفانه خود را آغاز کرده بود.
و فردای آن روز پیکر مطهر او بر روی دستهای مردم از تهران تا قم تشییع شد و در جوار بارگاه ملکوتی کریمه اهل بیت حضرت معصومه (ع‌) به خاک سپرده شد.